1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtaagtttcgtcaatcatgtttactcgtcaatctttaactgctctttcagattttctgcccttcttttttcagTTATGATGTTTACTCGTTTTCTATGGTTCCGGCTATTGGAGAGCTGGTTGCTGGTGATCGGCAGTCGTACCAATACTTGGTTGAGAGCATCCGTCGGTTT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G065210_T04 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCCTATGCTTGGAGTTGAGTCATGTGGATGTCCCTATTTTTAAAGAGAT TTATGATGTTTACTCGTTTTCTATGGTTCCGGCTATTGGAGAGCTGGTTGCEST: gi|50328496|gb|CO523622.1|CO523622
genomic: TTCCTATGCTTGGAGTTGAGTCATGTGGATGTCCCTATTTTTAAAGAGATgtaagtttcg ... cttttttcagTTATGATGTTTACTCGTTTTCTATGGTTCCGGCTATTGGAGAGCTGGTTGC
EST: TTCCTATGCTTGGAGTTGAGTCATGTGGATGTCCCTATTTTTAAAGAGAT TTATGATGTTTACTCGTTTTCTATGGTTCCGGCTATTGGAGAGCTGGTTGCEST: gi|32910228|gb|CF015040.1|CF015040
genomic: TTCCTATGCTTGGAGTTGAGTCATGTGGATGTCCCTATTTTTAAAGAGATgtaagtttcg ... cttttttcagTTATGATGTTTACTCGTTTTCTATGGTTCCGGCTATTGGAGAGCTGGTTGC
EST: TTCCTATGCTTGGAGTTGAGTCATGTGGATGTCCCTATTTTTAAAGAGAT TTATGATGTTTACTCCTTTTCTATGGTTCCGGCTATTGGAGAGCTGGTTGCEST: gi|60339694|gb|DN206667.1|DN206667
genomic: TTCCTATGCTTGGAGTTGAGTCATGTGGATGTCCCTATTTTTAAAGAGATgtaagtttcg ... cttttttcagTTATGATGTTTACTCGTTTTCTATGGTTCCGGCTATTGGAGAGCTGGTTGC
EST: TTCCTATGCTTGGAGTTGAGTCATGTGGATGTCCCTATTTTTAAAGAGAT TTATGATGTTTACTCGTTTTCTATGGTTCCGGCTATTGGAGAGCTGGTTGCEST: gi|149107477|gb|EE189357.2|EE189357
genomic: TTCCTATGCTTGGAGTTGAGTCATGTGGATGTCCCTATTTTTAAAGAGATgtaagtttcg ... cttttttcagTTATGATGTTTACTCGTTTTCTATGGTTCCGGCTATTGGAGAGCTGGTTGC
EST: TTCCTATGCTTGGAGTTGAGTCATGTGGATGTCCCTATTTTTAAAGAGAT TTATGATGTTTACTCGTTTTCTATGGTTCCGGCTATTGGAGAGCTGGTTGC
genomic: TTCCTATGCTTGGAGTTGAGTCATGTGGATGTCCCTATTTTTAAAGAGATgtaagtttcg ... cttttttcagTTATGATGTTTACTCGTTTTCTATGGTTCCGGCTATTGGAGAGCTGGTTGC
gtttactcgtcaatctttaactgctctttcagattttctgcccttcttttttcagTTATGATGTTTACTCGTTTTCTATGGTTCCGGCTATTGGAGAGCTGGTTGCTGGTGATCGGCAGTCGTACCAATACTTGGTTGAGAGCATCCGTCGGTTT
ctttaac putative branch site (score: 3)
ctctttcagattttct putative PPT
aatctttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtttcgtcaatcatgtttactcgtcaatctttaactgctctttcagattttctgcccttcttttttcagTTATGATGTTTACTCGTTTTCTATGGTTCCGGCTATTGGAGAGCTGGTTGCTGGTGATCGGCAGTCGTACCAATACTTGGTTGAGAGCATCCGTCGGTTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA