Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaggtgaattactagggattgtctcacagtgcctatttgatgggtcacatcaaactgctgttgatacttaagtttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGCCCCGAAATTATTTGCTTCTGGCATGCCATGCTTCCAATGAAAGCGTCCA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G062289_T01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G062289_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os08g31830.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
------------gtaggtgaattactagggattgtctcacagtgcctatttgatg--ggtcacatcaaactgctgttgatactta--agtttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGCCCCGAAATTATTTGCTTCTGGCATGCCATGCTTCCAATGAAAGCGTCCA
            |||  |   |  ||    ||      |  | ||  | |   ||  | |    ||||          |||   |  |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || || || ||||||||||| || || || ||||| |||||||| ||
cccttaggggctgtaattttttccctcaatatcaataaaatgggcacaatctgtgccgatttgttcaaggaaaaaaaaataaccactatgttttgtgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCGTGGATGGTACAACCGCGGAACTACTTGCTTCTGGCTTGTCACGCCTCCAACGAAAGCGTTCA

upper sequence: GRMZM2G062289_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA20G24310.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
----gtagg-tgaattactagggattgtct-cacagtgcctatttgatgggtcacatcaaactgctgttgatacttaagttt--ttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGCCCCGAAATTATTTGCTTCTGGCATGCCATGCTTCCAATGAAAGCGTCCA
    || |  |   || |||   | |||        | | |     ||||    |  |  | |||   |  |  ||    ||  |  |||||| |||||||| ||||| | | | || ||||| |||||||||||||||||||| || || ||| | ||| | || || ||||| |||||||| |  || ||
gtttgtcgtctctgttcctacaaaatgttgatttttttcttggcatatggtatgctgcttattgcatctcttgtttgttgttaatgctgcagCAATGTGTGTCTATTCAGCATTGTTCATGAGATTTGCATGGATGGTACAGCCACGGAACTATCTACTTTTTGCTTGTCATGCCTCCAATGAGACTGTTCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211035874|gb|FL217659.1|FL217659
EST:     GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAG                         CCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
genomic: GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAGgtaggtgaat ... ttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
EST: gi|211035875|gb|FL217660.1|FL217660
EST:     GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAG                         CCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
genomic: GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAGgtaggtgaat ... ttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
EST: gi|211420452|gb|FL472942.1|FL472942
EST:     GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAG                         CCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
genomic: GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAGgtaggtgaat ... ttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
EST: gi|211101991|gb|FL255798.1|FL255798
EST:     GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAG                         CCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
genomic: GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAGgtaggtgaat ... ttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
EST: gi|60349122|gb|DN216095.1|DN216095
EST:     GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAG                         CCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
genomic: GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAGgtaggtgaat ... ttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
EST: gi|18175649|gb|BM350886.1|BM350886
EST:     GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAG                         CCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
genomic: GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAGgtaggtgaat ... ttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
EST: gi|211035871|gb|FL217656.1|FL217656
EST:     GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAG                         CCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
genomic: GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAGgtaggtgaat ... ttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
EST: gi|211035870|gb|FL217655.1|FL217655
EST:     GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAG                         CCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
genomic: GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAGgtaggtgaat ... ttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
EST: gi|211101993|gb|FL255800.1|FL255800
EST:     GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAG                         CCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTNCATGGATGGTACAGC
genomic: GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAGgtaggtgaat ... ttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
EST: gi|60339491|gb|DN206464.1|DN206464
EST:     GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAG                         CCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
genomic: GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAGgtaggtgaat ... ttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
EST: gi|211104465|gb|FL255813.1|FL255813
EST:     GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAA                         CCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
genomic: GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAGgtaggtgaat ... ttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
EST: gi|4624432|gb|AI615265.1|AI615265
EST:     GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAG                         CCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
genomic: GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAGgtaggtgaat ... ttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
EST: gi|9794648|gb|BE552956.1|BE552956
EST:     GGTTGACATGAACAAGCCTCTTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAG                         CCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
genomic: GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAGgtaggtgaat ... ttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
EST: gi|211035876|gb|FL217661.1|FL217661
EST:     GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAG                         CCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
genomic: GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAGgtaggtgaat ... ttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
EST: gi|18162322|gb|BM332161.1|BM332161
EST:     GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAG                         CCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
genomic: GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAGgtaggtgaat ... ttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
EST: gi|211104468|gb|FL255816.1|FL255816
EST:     GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAG                         CCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
genomic: GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAGgtaggtgaat ... ttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
EST: gi|14548408|gb|BI096737.1|BI096737
EST:     GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAG                         CCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGNTTGCATGGATGGTACAGC
genomic: GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAGgtaggtgaat ... ttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
EST: gi|211035873|gb|FL217658.1|FL217658
EST:     GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAG                         CCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
genomic: GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAGgtaggtgaat ... ttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
EST: gi|9824845|gb|BE575152.1|BE575152
EST:     GGTTGACATGAGCAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAG                         CCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC
genomic: GGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAGgtaggtgaat ... ttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 217

GGTTTGGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAGgtaggtgaat ... ttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGCCCCGAAATTATTTGCTTCTGGCATGCCATGCTTCCAATGAAAGCGTCCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 686

GGTTTGGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAGgtaggtgaat ... ttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGCCCCGAAATTATTTGCTTCTGGCATGCCATGCTTCCAATGAAAGCGTCCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 523

GGTTTGGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAGgtaggtgaat ... ttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGCCCCGAAATTATTTGCTTCTGGCATGCCATGCTTCCAATGAAAGCGTCCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 585

GGTTTGGTTGACATGAACAAGCCTCCTGAAATGATATCTGGCAATATGACAGCAGgtaggtgaat ... ttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGCCCCGAAATTATTTGCTTCTGGCATGCCATGCTTCCAATGAAAGCGTCCA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgcctatttgatgggtcacatcaaactgctgttgatacttaagtttttatgcagCCATGTGTGTGTATTCTGGACTCTTTATGAGGTTTGCATGGATGGTACAGCCCCGAAATTATTTGCTTCTGGCATGCCATGCTTCCAATGAAAGCGTCCA
                              tgttgat  putative branch site (score: 585)
                                            tttttat  putative PPT
                                   atacttaagtttttat  TA-rich tract