Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgttggcacaactatcctttcttgctcttctaactcctttgtcaaataagcatacactaattgattttggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G061928_T02
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211407096|gb|FL112927.1|FL112927
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211402002|gb|FL112896.1|FL112896
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211270185|gb|FL112868.1|FL112868
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|31356747|gb|CD441104.1|CD441104
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|31355864|gb|CD440221.1|CD440221
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|13237104|gb|BG355118.1|BG355118
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAAT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAAT
EST: gi|67014869|gb|CO443618.1|CO443618
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211402006|gb|FL112900.1|FL112900
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211402013|gb|FL112907.1|FL112907
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211404548|gb|FL112915.1|FL112915
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211270189|gb|FL112872.1|FL112872
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211091461|gb|FK999164.1|FK999164
EST:     TCTGTCCAGGAGGT-CGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211402014|gb|FL112908.1|FL112908
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211404549|gb|FL112916.1|FL112916
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211402003|gb|FL112897.1|FL112897
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211404557|gb|FL112924.1|FL112924
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211270184|gb|FL112867.1|FL112867
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211407095|gb|FL112926.1|FL112926
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTTCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|60339231|gb|DN206204.1|DN206204
EST:     CATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: CATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|60356641|gb|DN223614.1|DN223614
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211098874|gb|FK999203.1|FK999203
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211402012|gb|FL112906.1|FL112906
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211404550|gb|FL112917.1|FL112917
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|1531734|gb|AA051884.1|AA051884
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|7216723|gb|AW562845.1|AW562845
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GCCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211091460|gb|FK999163.1|FK999163
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211270194|gb|FL112877.1|FL112877
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|60343029|gb|DN210002.1|DN210002
EST:     GCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: GCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|60396650|gb|DN229518.1|DN229518
EST:     TGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCTTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|67017766|gb|CO446515.1|CO446515
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211399469|gb|FL112895.1|FL112895
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211093927|gb|FK999180.1|FK999180
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTATCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211402016|gb|FL112910.1|FL112910
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTG
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTG
EST: gi|211402015|gb|FL112909.1|FL112909
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211399460|gb|FL112886.1|FL112886
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|5846897|gb|AI999980.1|AI999980
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCGTGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211407098|gb|FL112929.1|FL112929
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCAAGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211404554|gb|FL112921.1|FL112921
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211404546|gb|FL112913.1|FL112913
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCMTGATCTTGAGATTT                         GTCCWGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211402011|gb|FL112905.1|FL112905
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|31353516|gb|CD437873.1|CD437873
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|76285559|gb|DV025127.1|DV025127
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211404552|gb|FL112919.1|FL112919
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211399457|gb|FL112883.1|FL112883
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211404547|gb|FL112914.1|FL112914
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211399465|gb|FL112891.1|FL112891
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|5325087|gb|AI783278.1|AI783278
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCGTGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211399468|gb|FL112894.1|FL112894
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|32851386|gb|CD991067.1|CD991067
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211270190|gb|FL112873.1|FL112873
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211267755|gb|FL112864.1|FL112864
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211267756|gb|FL112865.1|FL112865
EST:     TMTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|60351510|gb|DN218483.1|DN218483
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211270187|gb|FL112870.1|FL112870
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211399467|gb|FL112893.1|FL112893
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|60339839|gb|DN206812.1|DN206812
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211399455|gb|FL112881.1|FL112881
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211407097|gb|FL112928.1|FL112928
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211270193|gb|FL112876.1|FL112876
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211399459|gb|FL112885.1|FL112885
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|14243411|gb|BG841076.2|BG841076
EST:     TGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|13237307|gb|BG355321.1|BG355321
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|31355702|gb|CD440059.1|CD440059
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|78104562|gb|DV522980.1|DV522980
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|31349512|gb|CD433869.1|CD433869
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211404553|gb|FL112920.1|FL112920
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|5325092|gb|AI783283.1|AI783283
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCGTGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|32919374|gb|CF024186.1|CF024186
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTGTTG
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTGTTG
EST: gi|33090854|gb|CF050848.1|CF050848
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTAAAAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211399456|gb|FL112882.1|FL112882
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211404558|gb|FL112925.1|FL112925
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|31909409|gb|CD650904.1|CD650904
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211270186|gb|FL112869.1|FL112869
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|60358335|gb|DN225308.1|DN225308
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211399461|gb|FL112887.1|FL112887
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211399464|gb|FL112890.1|FL112890
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211270197|gb|FL112880.1|FL112880
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GGCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGNT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|33770718|gb|CF273012.1|CF273012
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCGTGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
EST: gi|211270195|gb|FL112878.1|FL112878
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCG                         GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATCGgtacgttggc ... ggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctcttctaactcctttgtcaaataagcatacactaattgattttggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT
                                  taattgatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtacgttggcacaactatcctttcttgctcttctaactcctttgtcaaataagcatacactaattgattttggttatacagGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT