1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...cagttctctgtttctttatgttgagctgtacttgtgttgcttaaacaataaaccatttttttcaataattttccctttatcccctgcatttatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATATCACA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G060870_T02 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCATATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|32832496|gb|CD972174.1|CD972174
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|211377987|gb|FK983378.1|FK983378
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|211301817|gb|FK983369.1|FK983369
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCATATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|211301822|gb|FK983374.1|FK983374
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|32867862|gb|CF007544.1|CF007544
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|45567822|gb|CK985763.1|CK985763
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|78113898|gb|DV532287.1|DV532287
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|22542222|gb|BU092660.1|BU092660
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|211377984|gb|FK983375.1|FK983375
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCATATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|60401114|gb|DN233921.1|DN233921
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|6223799|gb|AW154930.1|AW154930
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCATATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|211301814|gb|FK983366.1|FK983366
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|211301815|gb|FK983367.1|FK983367
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCATATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|32866745|gb|CF006427.1|CF006427
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|211377989|gb|FK983380.1|FK983380
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|211453293|gb|FL230455.1|FL230455
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|87157246|gb|DY402035.1|DY402035
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|26559123|gb|CA831358.1|CA831358
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: CTCAACAAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|60401080|gb|DN233887.1|DN233887
genomic: CTC-ACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|31359252|gb|CD443609.1|CD443609
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|211301812|gb|FK983364.1|FK983364
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|211301816|gb|FK983368.1|FK983368
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|211301818|gb|FK983370.1|FK983370
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|6223801|gb|AW154932.1|AW154932
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCATATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|211377986|gb|FK983377.1|FK983377
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCATATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|211453296|gb|FL230458.1|FL230458
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|6223798|gb|AW154929.1|AW154929
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCATATCTTGCCTGTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATAEST: gi|211296159|gb|FL473353.1|FL473353
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: TCTTGCCTTTCCTGG ATAAATTTGGAGCTGGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAAT
genomic: TCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCT-GCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAAT
caataaaccatttttttcaataattttccctttatcccctgcatttatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATATCACA
ttttccctttatcccc CT-rich tract
aaccatttttttcaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cagttctctgtttctttatgttgagctgtacttgtgttgcttaaacaataaaccatttttttcaataattttccctttatcccctgcatttatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATATCACA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - tgtttct
- - - - - - - - -atgttga
- - - - - - - - - - - - gctgtac
- - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caataaa