1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gttctagttggccctgttggtgtccttgtgatttgacaatggtatttgcaaaaactaattgtatctgtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGATTAAACTAGTTGCTCCTCCACTTTATGTTCTGACCACACAGACCCTTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G058138_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAEST: gi|60349894|gb|DN216867.1|DN216867
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGA
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|61117523|gb|DN558484.1|DN558484
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|31406196|gb|CD484928.1|CD484928
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|32841754|gb|CD981435.1|CD981435
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCAGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|32844323|gb|CD984004.1|CD984004
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGTTGCAGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|9731744|gb|BE510496.1|BE510496
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: TTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|32845132|gb|CD984813.1|CD984813
genomic: TTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCAGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|87152809|gb|DY397598.1|DY397598
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|61117524|gb|DN558485.1|DN558485
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|5108096|gb|AI739809.1|AI739809
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: TGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|32944502|gb|CF049321.1|CF049321
genomic: TGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCAGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|32842562|gb|CD982243.1|CD982243
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGCACAGCTGAAGCTGCAGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAEST: gi|32841753|gb|CD981434.1|CD981434
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAG-AAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAA
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCAGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|19436423|gb|BM952833.1|BM952833
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CCAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|13491041|gb|BG517805.1|BG517805
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|76292257|gb|DV031825.1|DV031825
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|32845043|gb|CD984724.1|CD984724
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCAGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|4776664|gb|AI665667.1|AI665667
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAAAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|61117522|gb|DN558483.1|DN558483
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|32844128|gb|CD983809.1|CD983809
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCAGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|12969140|gb|BG266085.1|BG266085
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|29576855|gb|CB616967.1|CB616967
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|61117520|gb|DN558481.1|DN558481
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|6721022|gb|AW308659.1|AW308659
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|22491009|gb|BU050932.1|BU050932
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|32842563|gb|CD982244.1|CD982244
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCAGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|26557571|gb|CA829806.1|CA829806
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|19436422|gb|BM952832.1|BM952832
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|29543502|gb|CB603884.1|CB603884
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|26557327|gb|CA829562.1|CA829562
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|32844747|gb|CD984428.1|CD984428
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCAGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|91054913|gb|EB165331.1|EB165331
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGEST: gi|32842176|gb|CD981857.1|CD981857
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
EST: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAG CAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCAGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
genomic: CTGATATAGAGATGAAGTGCTTCCAGTTTGATGGAGTGCTCCATATTAAGgttctagttg ... gtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAG
gtccttgtgatttgacaatggtatttgcaaaaactaattgtatctgtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGATTAAACTAGTTGCTCCTCCACTTTATGTTCTGACCACACAGACCCTTG
aactaat putative branch site (score: 294)
aaaaactaattgtat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttctagttggccctgttggtgtccttgtgatttgacaatggtatttgcaaaaactaattgtatctgtatttgcagCAAGCTATGAAGAAAGCTGAAGCTGCGGGCAATGATAATTGTCCTGTGAAGATTAAACTAGTTGCTCCTCCACTTTATGTTCTGACCACACAGACCCTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC