Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtacatctatgtcaaatgaaaactgctgtcattgtggttgatgatattttaacatatgttttgttgcagACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGGAAACCATGCTTAACGCCATCAGTTTCTCACA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G057037_T01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211458005|gb|FL008444.1|FL008444
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         ACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... tttgttgcagACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
EST: gi|71330647|gb|DR802098.1|DR802098
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         ACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... tttgttgcagACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
EST: gi|71449457|gb|DR830507.1|DR830507
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         ACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... tttgttgcagACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
EST: gi|148967100|gb|EE018271.2|EE018271
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGACGCCTTGCGATGGACAGCT                         AC-G--G-ACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... tttgttgcagACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
EST: gi|148946102|gb|EC891397.2|EC891397
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         ACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCGTATCAGGGGTGG
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... tttgttgcagACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
EST: gi|211458006|gb|FL008445.1|FL008445
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         ACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... tttgttgcagACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
EST: gi|148971509|gb|EE022208.2|EE022208
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         ACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... tttgttgcagACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
EST: gi|211460519|gb|FL008447.1|FL008447
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         ACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... tttgttgcagACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
EST: gi|76925903|gb|DV170641.1|DV170641
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         ACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... tttgttgcagACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
EST: gi|211460518|gb|FL008446.1|FL008446
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         ACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... tttgttgcagACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
EST: gi|31359449|gb|CD443806.1|CD443806
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         ACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... tttgttgcagACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
EST: gi|211460521|gb|FL008449.1|FL008449
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAAGCCTTGCGATGGACAGCT                         ACAGACGGACAGAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... tttgttgcagACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
EST: gi|76932287|gb|DV172995.1|DV172995
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         ----ACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... tttgttgcagACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
EST: gi|71426736|gb|DR807786.1|DR807786
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         ACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... tttgttgcagACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
EST: gi|51592502|gb|CV071648.1|CV071648
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         ACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... tttgttgcagACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
EST: gi|149076222|gb|EE164820.2|EE164820
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         ----ACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... tttgttgcagACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
EST: gi|74236036|gb|DT643950.1|DT643950
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         ACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... tttgttgcagACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatgaaaactgctgtcattgtggttgatgatattttaacatatgttttgttgcagACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGGAAACCATGCTTAACGCCATCAGTTTCTCACA
                                ttttaac  putative branch site (score: 2)
                                            ttttgtt  putative PPT
                          atgatattttaacata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgagtacatctatgtcaaatgaaaactgctgtcattgtggttgatgatattttaacatatgttttgttgcagACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGGAAACCATGCTTAACGCCATCAGTTTCTCACA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA