Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacggatttctcttaagccagcatgatttagttatataatttgagcgcaactttcatctgtagccagttctttctgatcccatggcctatggtttgtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAATCTTGTTAGTCATCCAAAGTTCATCAGTGATACTAAAGTCGCTATAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G056572_T05
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G056572_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os04g56450.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
--gtacggatttctcttaagccagcatgatttagttatataatttgagcgcaactttcatctgtagccagttctttctgatcccatggcctatggtttgtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAATCTTGTTAGTCATCCAAAGTTCATCAGTGATACTAAAGTCGCTATAG
  |  |  | | || | ||   | |  ||  |    |||||    |  |   |  ||  | |      | |   | || |        | ||  |||  ||| | ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | || || ||||   ||||| | || |||||||||||||||||||| || ||||| || ||||
tagggcacaatgctttaaattgaactagaagtgtggatataccaagctcttgagcttattttaggaaaaataaatgctaa-------acatacagttcattt-tatagGTCATGGTGGTGCTAAAGTAGCTGAGTATGTTAAACAGAATCTCTTCAGTCATCTTCTAAGGCATCCAAAGTTCATCAGTGACACCAAAGTGGCAATAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|26558429|gb|CA830664.1|CA830664
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|76917080|gb|DV166669.1|DV166669
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|5846990|gb|AW000069.1|AW000069
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGCCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|76288715|gb|DV028283.1|DV028283
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|60351289|gb|DN218262.1|DN218262
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|31406344|gb|CD485076.1|CD485076
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGGGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|101386844|gb|EB815439.1|EB815439
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|211062962|gb|FL387714.1|FL387714
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|149106821|gb|EE188718.2|EE188718
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|71448387|gb|DR829437.1|DR829437
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|5296366|gb|AI783136.1|AI783136
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGCCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|91051774|gb|EB162192.1|EB162192
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|149111016|gb|EE294515.2|EE294515
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|74237808|gb|DT645722.1|DT645722
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|32796634|gb|CD948870.1|CD948870
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTA
EST: gi|37425087|gb|CF650279.1|CF650279
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|211187859|gb|FL425729.1|FL425729
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|60394530|gb|DN227400.1|DN227400
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|22133680|gb|BQ833845.1|BQ833845
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|211113689|gb|FL397728.1|FL397728
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|211209068|gb|FL368391.1|FL368391
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|211142820|gb|FL374557.1|FL374557
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|50323711|gb|CO518837.1|CO518837
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|76931265|gb|DV172687.1|DV172687
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctttcatctgtagccagttctttctgatcccatggcctatggtttgtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAATCTTGTTAGTCATCCAAAGTTCATCAGTGATACTAAAGTCGCTATAG
                     ttctgat  putative branch site (score: 3)
                                          tttgttt  putative PPT
                                          tttgttt  TA-rich tract