Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacggatttctcttaagccagcatgatttagttatataatttgagcgcaactttcatctgtagccagttctttctgatcccatggcctatggtttgtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAATCTTGTTAGTCATCCAAAGTTCATCAGTGATACTAAAGTCGCTATAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G056572_T01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G056572_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os04g56450.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
--gtacggatttctcttaagccagcatgatttagttatataatttgagcgcaactttcatctgtagccagttctttctgatcccatggcctatggtttgtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAATCTTGTTAGTCATCCAAAGTTCATCAGTGATACTAAAGTCGCTATAG
  |  |  | | || | ||   | |  ||  |    |||||    |  |   |  ||  | |      | |   | || |        | ||  |||  ||| | ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | || || ||||   ||||| | || |||||||||||||||||||| || ||||| || ||||
tagggcacaatgctttaaattgaactagaagtgtggatataccaagctcttgagcttattttaggaaaaataaatgctaa-------acatacagttcattt-tatagGTCATGGTGGTGCTAAAGTAGCTGAGTATGTTAAACAGAATCTCTTCAGTCATCTTCTAAGGCATCCAAAGTTCATCAGTGACACCAAAGTGGCAATAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|87156931|gb|DY401720.1|DY401720
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|71762691|gb|DR960628.1|DR960628
EST:     TTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: TTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|211062962|gb|FL387714.1|FL387714
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|211113689|gb|FL397728.1|FL397728
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|149111016|gb|EE294515.2|EE294515
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|76931265|gb|DV172687.1|DV172687
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|5296366|gb|AI783136.1|AI783136
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGCCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|60394530|gb|DN227400.1|DN227400
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|67024109|gb|CO452858.1|CO452858
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|76917080|gb|DV166669.1|DV166669
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|149106821|gb|EE188718.2|EE188718
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|31406344|gb|CD485076.1|CD485076
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGGGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|74237808|gb|DT645722.1|DT645722
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|26558429|gb|CA830664.1|CA830664
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|94472146|gb|EB701104.1|EB701104
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|211142820|gb|FL374557.1|FL374557
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|5846990|gb|AW000069.1|AW000069
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGCCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|60351289|gb|DN218262.1|DN218262
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|91051774|gb|EB162192.1|EB162192
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|76290021|gb|DV029589.1|DV029589
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|76288715|gb|DV028283.1|DV028283
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|22133680|gb|BQ833845.1|BQ833845
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|37425087|gb|CF650279.1|CF650279
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|211187859|gb|FL425729.1|FL425729
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|50323711|gb|CO518837.1|CO518837
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|211209068|gb|FL368391.1|FL368391
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|60359261|gb|DN226234.1|DN226234
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|71448387|gb|DR829437.1|DR829437
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|67021956|gb|CO450705.1|CO450705
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|101386844|gb|EB815439.1|EB815439
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 314

GCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGCATCCATGGAAGACTTCTATGAGACAAAAATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAATCTTGTTAGTCATCCAAAGTTCATCAGTGATACTAAAGTCGCTATAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 546

GCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGCATCCATGGAAGACTTCTATGAGACAAAAATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAATCTTGTTAGTCATCCAAAGTTCATCAGTGATACTAAAGTCGCTATAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 658

GCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGCATCCATGGAAGACTTCTATGAGACAAAAATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAATCTTGTTAGTCATCCAAAGTTCATCAGTGATACTAAAGTCGCTATAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 278

GCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGCATCCATGGAAGACTTCTATGAGACAAAAATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAATCTTGTTAGTCATCCAAAGTTCATCAGTGATACTAAAGTCGCTATAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctttcatctgtagccagttctttctgatcccatggcctatggtttgtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACAATCTTGTTAGTCATCCAAAGTTCATCAGTGATACTAAAGTCGCTATAG
                     ttctgat  putative branch site (score: 278)
                                          tttgttt  putative PPT
                                          tttgttt  TA-rich tract