1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtgagcattatggtcttaaactattttttcttattttattgaagttcatgtatggagttaacatttccttacctgttcttatttggctgcaaaatgcagGTCTGGCTCTGTATGTTTAGATGTCATAAACCAAACATGGAGCCCAATGTTTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G053764_T06 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCGTCCATCGGCTTCATCAACAAGATTTATCACCCTAATGTCGATGAGAT GTCTGGCTCTGTATGTTTAGATGTCATAAACCAAACATGGAGCCCAATGTTEST: gi|76294184|gb|DV033752.1|DV033752
genomic: CCGTCCATCGGCTTCATCAACAAGATTTATCACCCTAATGTCGATGAGATgtgagcatta ... caaaatgcagGTCTGGCTCTGTATGTTTAGATGTCATAAACCAAACATGGAGCCCAATGTT
EST: CCGTCCATCGGCTTCATCAACAAGATTTATCACCCTAATGTCGATGAGAT GTCTGGCTCTGTATGTTTAGATGTCATAAACCAAACATGGAGCCCAATGTT
genomic: CCGTCCATCGGCTTCATCAACAAGATTTATCACCCTAATGTCGATGAGATgtgagcatta ... caaaatgcagGTCTGGCTCTGTATGTTTAGATGTCATAAACCAAACATGGAGCCCAATGTT
ttcatgtatggagttaacatttccttacctgttcttatttggctgcaaaatgcagGTCTGGCTCTGTATGTTTAGATGTCATAAACCAAACATGGAGCCCAATGTTTG
tccttac putative branch site (score: 2)
ttaacattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagcattatggtcttaaactattttttcttattttattgaagttcatgtatggagttaacatttccttacctgttcttatttggctgcaaaatgcagGTCTGGCTCTGTATGTTTAGATGTCATAAACCAAACATGGAGCCCAATGTTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA