1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtgagcattatggtcttaaactatttttcttattttattgaagttcatgcatggagttaacatttccttacctgttcttatttgactgcaaaatgcagGTCTGGCTCTGTATGTTTAGATGTCATAAACCAAACATGGAGCCCAATGTTTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G053764_T05 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCGTCCATCGGCTTCATCAACAAGATTTATCACCCAAATGTCGATGAGAT GTCTGGCTCTGTATGTTTAGATGTCATAAACCAAACATGGAGCCCAATGTTEST: gi|60396538|gb|DN229407.1|DN229407
genomic: CCGTCCATCGGCTTCATCAACAAGATTTATCACCCAAATGTCGATGAGATgtgagcatta ... caaaatgcagGTCTGGCTCTGTATGTTTAGATGTCATAAACCAAACATGGAGCCCAATGTT
EST: CCGTCCATCGGCTTCATCAACAAGATTTATCACCCAAATGTCGATGAGAT GTCTGGCTCTGTATGTTTAGATGTCATAAACCAAACATGGAGCCCAATGTTEST: gi|5608383|gb|AI901960.1|AI901960
genomic: CCGTCCATCGGCTTCATCAACAAGATTTATCACCCAAATGTCGATGAGATgtgagcatta ... caaaatgcagGTCTGGCTCTGTATGTTTAGATGTCATAAACCAAACATGGAGCCCAATGTT
EST: CATCAACAAGATTTATCACCCTAATGTCGATGAGAT GTCTGGCTCTGTCTGTTTAGATGTCATAAACCAAACATGGAGCCCAATGTTEST: gi|87156694|gb|DY401483.1|DY401483
genomic: CATCAACAAGATTTATCACCCAAATGTCGATGAGATgtgagcatta ... caaaatgcagGTCTGGCTCTGTATGTTTAGATGTCATAAACCAAACATGGAGCCCAATGTT
EST: CCGTCCATCGGCTTCATCAACAAGATTTATCACCCTAATGTCGATGAGAT GTCTGGCTCTGTCTGTTTAGATGTCATAAACCAAACATGGAGCCCAATGTT
genomic: CCGTCCATCGGCTTCATCAACAAGATTTATCACCCAAATGTCGATGAGATgtgagcatta ... caaaatgcagGTCTGGCTCTGTATGTTTAGATGTCATAAACCAAACATGGAGCCCAATGTT
ttcatgcatggagttaacatttccttacctgttcttatttgactgcaaaatgcagGTCTGGCTCTGTATGTTTAGATGTCATAAACCAAACATGGAGCCCAATGTTTG
ttaacattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagcattatggtcttaaactatttttcttattttattgaagttcatgcatggagttaacatttccttacctgttcttatttgactgcaaaatgcagGTCTGGCTCTGTATGTTTAGATGTCATAAACCAAACATGGAGCCCAATGTTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA