Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcccaaaatcacccccatatattttcatccactgctacatacatacagcactcttagctatgtaataatgtctcgatcaacagAAGAGGAAGCGGATTTGCTGAGACAATATGTTGACCAGCCTGGTTATGTTGATCTGCATTGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G052389_T02
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G052389_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os06g01390.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
-----gtcccaaaatcacccccatatattttcatccactgctacatacatacagcactcttagct-atgtaataatgtc----tcgatcaacagAAGAGGAAGCGGATTTGCTGAGACAATATGTTGACCAGCCTGGTTATGTTGATCTGCATTGG
     |||||||   |       |   | ||| |  | |   |  |         ||||||| || |||||||  |||     || || |||||||||||| ||  ||||||| || | ||| || |||||||||||||||||||||||||| |||
gtcaggtcccaatcccgtgatgcttcttcttcttttattaacaactgatcttcctactcttaactcatgtaatggtgttgttgtccattaacagAAGAGGAGGCAAATTTGCTAAGGCTATACGTGGACCAGCCTGGTTATGTTGATCTGCACTGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149085342|gb|EE174848.2|EE174848
EST:     AAGAAAAGCAGCGCATGCGTGGAAGCGGATTGTCGAGCTACGTCTTACAG                         AAGAGGAAGCGGATTTGCTGAGACAATATGTTGACCAGCCTGGTTATGTTG
genomic: AAGAAAAGCAGCGCATGCGTGGAAGCGGATTGTCGAGCTACGTCTTACAGgtcccaaaat ... cgatcaacagAAGAGGAAGCGGATTTGCTGAGACAATATGTTGACCAGCCTGGTTATGTTG
EST: gi|71429539|gb|DR810589.1|DR810589
EST:     AAGAAAAGCAGCGCATGCGTGGAAGCGGATTGTCGAGCTACGTCTTACAG                         AAGAGGAAGCGGATTTGCTGAGACAATATGTTGACCAGCCTGGTTATGTTG
genomic: AAGAAAAGCAGCGCATGCGTGGAAGCGGATTGTCGAGCTACGTCTTACAGgtcccaaaat ... cgatcaacagAAGAGGAAGCGGATTTGCTGAGACAATATGTTGACCAGCCTGGTTATGTTG
EST: gi|148931792|gb|EC875082.2|EC875082
EST:     AAGAAAAGCAGCGCATGCGTGGAAGCGGATTGTCGAGCTACGTCTTACAG                         AAGAGGAAGCGGATTTGCTGAGACAATATGTTGACCAGCCTGGTTATGTTG
genomic: AAGAAAAGCAGCGCATGCGTGGAAGCGGATTGTCGAGCTACGTCTTACAGgtcccaaaat ... cgatcaacagAAGAGGAAGCGGATTTGCTGAGACAATATGTTGACCAGCCTGGTTATGTTG
EST: gi|71438259|gb|DR819309.1|DR819309
EST:     AAGAAAAGCAGCGCATGCGTGGAAGCGGATTGTCGAGCTACGTCTTACAG                         AAGAGGAAGCGGATTTGCTGAGACAATATGTTGACCAGCCTGGTTATGTTG
genomic: AAGAAAAGCAGCGCATGCGTGGAAGCGGATTGTCGAGCTACGTCTTACAGgtcccaaaat ... cgatcaacagAAGAGGAAGCGGATTTGCTGAGACAATATGTTGACCAGCCTGGTTATGTTG
EST: gi|71435701|gb|DR816751.1|DR816751
EST:     AAGAAAAGCAGCGCATGCGTGGAAGCGGATTGTCGAGCTACGTCTTACAG                         AAGAGGAAGCGGATTTGCTGAGACAATATGTTGACCAGCCTGGTTATGTTG
genomic: AAGAAAAGCAGCGCATGCGTGGAAGCGGATTGTCGAGCTACGTCTTACAGgtcccaaaat ... cgatcaacagAAGAGGAAGCGGATTTGCTGAGACAATATGTTGACCAGCCTGGTTATGTTG
EST: gi|211132739|gb|FL016687.1|FL016687
EST:     AAGAAAAGCAGCGCATGCGTGGAAGCGGATTGTCGAGCTACGTCTTACAG                         AAGAGGAAGCGGATTTGCTGAGACAATATGTTGACCAGCCTGGTTATGTTG
genomic: AAGAAAAGCAGCGCATGCGTGGAAGCGGATTGTCGAGCTACGTCTTACAGgtcccaaaat ... cgatcaacagAAGAGGAAGCGGATTTGCTGAGACAATATGTTGACCAGCCTGGTTATGTTG
EST: gi|211132736|gb|FL016684.1|FL016684
EST:     AAGAAAAGCAGCGCATGCGTGGAAGCGGATTGTCGAGCTACGTCTTACAG                         AAGAGGAAGCGGATTTGCTGAGACAATATGTTGACCAGCCTGGTTATGTTG
genomic: AAGAAAAGCAGCGCATGCGTGGAAGCGGATTGTCGAGCTACGTCTTACAGgtcccaaaat ... cgatcaacagAAGAGGAAGCGGATTTGCTGAGACAATATGTTGACCAGCCTGGTTATGTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccactgctacatacatacagcactcttagctatgtaataatgtctcgatcaacagAAGAGGAAGCGGATTTGCTGAGACAATATGTTGACCAGCCTGGTTATGTTGATCTGCATTGG
                              tatgtaataat  TA-rich tract