Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgcccttcacaataactgagctaaacatgttgccatagctatatataccttttatgtatgcatgatatatttcttgtgttttatgtctgcagTGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTATTCAATTTGTTGATGGGTTTTTCAGTCCCCTATATGCAAAACTTGGAATC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G046098_T02
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G046098_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g64780.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
gtacgcccttcacaataactgagctaaacatgttgccatagctatatataccttttatgtatgcatgatatatttcttgtgttttatgtctgcagTGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTATTCAATTTGTTGATGGGTTTTTCAGTCCCCTATATGCAAAACTTGGAATC
||||  | || |||  |||  || ||| |||||| ||| | | | |  ||     |    ||||||  | | ||  |    |||| | | ||||| || || || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |||
gtacatctttgacaggaaccaagttaagcatgttacca-aacaaaaagtaaaaaat---catgcattgt-tcttcttccctttttttttttgcagCGTCGTTCTGTTTCCTGTTGCTGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTATTCAATTTGTTGATGGCTTTTTCAGCCCACTATATGCAAAACTTGGGATC

upper sequence: GRMZM2G046098_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA04G39490.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
gtacgcccttcacaat-aactgagctaaacatgttgccatagctatatat-accttttatgtatgcatgatatatttcttgtgttttatgtctgcagTGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTATTCAATTTGTTGATGGGTTTTTCAGTCCCCTATATGCAAAACTTGGAATC
             ||| |||  | ||  || | |||  ||   || || | | | |   |||  |  || | ||||  ||  |||||   ||||||| ||||| ||||| || ||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||  ||||  | |  || || || 
-----------gtaatgaacaaaact--acttattgagatgattaaattttatcatcattgttggtgtgct-tattcatttagttttgaatctgcagCGTAGTTCTTTTTCCAGTTGCTGTTACCTTCTTCATTACATGGTGGTTTATTCAGTTTGTTGATGGTTTCTTTAGTCCAATATACTCCAGGCTCGGGATA

upper sequence: GRMZM2G046098_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA06G15360.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
gtacgcccttcacaata-actgagctaaacatgttgccatagctatatataccttttatgtatgcatgatatatttcttgtgttttatgtctgcagTGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTATTCAATTTGTTGATGGGTTTTTCAGTCCCCTATATGCAAAACTTGGAATC
             |||  ||  | ||  || | |||  ||   ||  | || | |   |||  |  || | ||||  ||  |||||   ||||||| ||||| ||||| || ||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||  ||||  | |  || || || 
-----------gtaatggacaaaact--acttattgagatgattaattttatcatcattgttggtgtgct-tattcatttagttttgaatctgcagCGTAGTTCTTTTTCCAGTTGCTGTTACCTTCTTCATTACATGGTGGTTTATTCAGTTTGTTGATGGTTTCTTTAGTCCAATATACTCCAGGCTCGGCATA

upper sequence: GRMZM2G046098_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv07s0031g02010.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
gtacgcccttcacaataactgagc-taaacatgttgccatagctatatataccttttatgtatgcatgat---atatttcttgtgttttatgtctgcagTGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTATTCAATTTGTTGATGGGTTTTTCAGTCCCCTATATGCAAAACTTGGAATC
    |   |   |  || ||  || | || || || | | |  | ||   |  ||||||   |          | |||   |   ||||     |||||||| || ||||| || |||||||| || || ||  | ||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||  |||||| |   ||||| |||
----gtaatatgct-tacctatgccttaatatatt-ctagatgtttactcattttttattattttccagcctaacattgagttgattttgaaattgcagTGTTGTTCTTTTTCCAGTTGCAGTTACATTTTTTGTTACATGGTGGTTTATTCAGTTCGTTGATGGTTTCTTCAGTCCATTATATGAACGGCTTGGCATC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|51871157|gb|CV126041.1|CV126041
EST:     TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
genomic: TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtacgccctt ... atgtctgcagTGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
EST: gi|40287177|gb|CK327569.1|CK327569
EST:     TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
genomic: TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtacgccctt ... atgtctgcagTGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
EST: gi|51871146|gb|CV126030.1|CV126030
EST:     TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
genomic: TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtacgccctt ... atgtctgcagTGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
EST: gi|211391866|gb|FL013594.1|FL013594
EST:     TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
genomic: TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtacgccctt ... atgtctgcagTGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
EST: gi|50336995|gb|CO532121.1|CO532121
EST:     TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
genomic: TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtacgccctt ... atgtctgcagTGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
EST: gi|50323815|gb|CO518941.1|CO518941
EST:     TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
genomic: TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtacgccctt ... atgtctgcagTGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
EST: gi|88755429|gb|DY539570.1|DY539570
EST:     TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         T-----CCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
genomic: TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtacgccctt ... atgtctgcagTGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
EST: gi|42491828|gb|CK700874.1|CK700874
EST:     TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
genomic: TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtacgccctt ... atgtctgcagTGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
EST: gi|91053372|gb|EB163790.1|EB163790
EST:     TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
genomic: TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtacgccctt ... atgtctgcagTGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
EST: gi|28910665|gb|CB331552.1|CB331552
EST:     TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
genomic: TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtacgccctt ... atgtctgcagTGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
EST: gi|76293651|gb|DV033219.1|DV033219
EST:     TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTTCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
genomic: TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtacgccctt ... atgtctgcagTGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
EST: gi|42491878|gb|CK700924.1|CK700924
EST:     TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
genomic: TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtacgccctt ... atgtctgcagTGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
EST: gi|40287192|gb|CK327584.1|CK327584
EST:     TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGNTGGGTCNNAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
genomic: TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtacgccctt ... atgtctgcagTGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
EST: gi|74239462|gb|DT647376.1|DT647376
EST:     TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
genomic: TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtacgccctt ... atgtctgcagTGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
EST: gi|148949550|gb|EC895017.2|EC895017
EST:     TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT
genomic: TGCTGTGCTGTTCTTCAAAGTTGGGTCTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtacgccctt ... atgtctgcagTGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctatatataccttttatgtatgcatgatatatttcttgtgttttatgtctgcagTGTAGTCCTTTTCCCTGTTGCAGTCACGTTCTTCATCACATGGTGGTTTATTCAATTTGTTGATGGGTTTTTCAGTCCCCTATATGCAAAACTTGGAATC
                        atgatatatttctt  TA-rich tract