1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtatatctcagctgcatacatcaaaactaattctacaacaacttaaattcttatgactgagtttgatggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAAGGTCAAGAGTTCAACTTCACGATTAAAAGAGGGGTGAGCAC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G033526_T03 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG GGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCEST: gi|148969007|gb|EE019707.2|EE019707
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGC
EST: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG GGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAAEST: gi|211060152|gb|FL052194.1|FL052194
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAA
EST: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG GGTCCTGAAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAEST: gi|211063106|gb|FL052207.1|FL052207
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCCTGAA-GTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGA
EST: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG GGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTEST: gi|211063103|gb|FL052204.1|FL052204
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCT
EST: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG GGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCEST: gi|33467027|gb|CF244076.1|CF244076
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTC
EST: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG GGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAAEST: gi|211060143|gb|FL052185.1|FL052185
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAA
EST: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG GGTCCTGAAGTTAGAAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGAAEST: gi|211063109|gb|FL052210.1|FL052210
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAA-GTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGA
EST: TGCACAGAACACTGATGGGCA-TGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG GGTCCCTGAAGT-AGAANGTGGGGATGTTCCAGAGCCA-TCATGCTCAAGGEST: gi|211063104|gb|FL052205.1|FL052205
genomic: TGCACAGAACACTGATGG-CAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCC-TGAAGTTAGAA-GTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGG
EST: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG GGTCCTGAAGTTAGEST: gi|211478135|gb|FL462853.1|FL462853
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAG
EST: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG GGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAA
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAA
tcaaaactaattctacaacaacttaaattcttatgactgagtttgatggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAAGGTCAAGAGTTCAACTTCACGATTAAAAGAGGGGTGAGCAC
aacttaaattcttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatatctcagctgcatacatcaaaactaattctacaacaacttaaattcttatgactgagtttgatggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAAGGTCAAGAGTTCAACTTCACGATTAAAAGAGGGGTGAGCAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG