Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatatctcagctgcatacatcaaaactaattctacaacaacttaaattcttatgactgagtttgatggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAAGGTCAAGAGTTCAACTTCACGATTAAAAGAGGGGTGAGCACTGAAGACA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G033526_T02
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G033526_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os10g42100.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
gtatatctcagctgcatacatcaaaact--aattctacaacaacttaaattcttatgactgagtttgatggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAAGGTCAAGAGTTCAACTTCACGATTAAAAGAGGGGTGAGCACTGAAGACA
|||||   | | || | |||| |||  |  ||| || || ||| |  |  | | ||||  ||  || |  |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||  ||||||
gtatactgccgttgaacacatgaaattttgaatgctgcagcaaat-gagctgtgatgatcgaacttcagtgatgcagGGTCCAGAAGTGAGAAGTGGGGATGTTCCAGAACCAATCATGCTCGAGGAAGGTCAAGAGTTCAATTTTACTATTAAAAGAGGGGTGAGCACCAAAGACA

upper sequence: GRMZM2G033526_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA01G40860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
---------------------------------------------------------------------------------------------gtatatctcagctgcatacatcaaaactaattctaca----acaacttaaattcttatgac-tgagtttgatggatgc-----agGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAAGGTCAAGAGTTCAACTTCACGATTAAAAGAGGGGTGAGCACTGAAGACA
                                                                                                 |||     ||   | ||   ||    |  ||      |       ||||  | ||   |||| |||     |||     ||||||||||||||||||||||||||||  |  | || ||  | || || || || ||||| |||   ||||| | ||  |||||||| |||||  | ||||
gtcaactcatttttcccataacatccattttcgtcggttttagctgaagctagttttgtctgttgacatttttaatttcaatgttagcatcaaactcatcattattgttcatattcgaatgcttcttatgtttgatggtggtaattaatgtgttgtgagcttgtaacttgctttgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTAGCTCAACCTATTTTACTTAAAGAGGGACAAGAATTCTGTTTCACCACTATGAGAGGGGTTAGCACACATGACA

upper sequence: GRMZM2G033526_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv02s0012g01170.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
----------------------gtatatctcagctgcatacatcaaaactaattctacaacaacttaaattcttatgactgagtttgatggatg---cagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAAGGTCAAGAGTTCAACTTCACGATTAAAAGAGGGGTGAGCACTGAAGACA
                       | | ||||| |   ||   |    | |  |  | |   |     |||| | ||  |    ||  | |       ||||||||||| || |||||||| ||||| ||  | ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||| | ||| |||
actcatttttatcttttcaactttctttctcatcaatattgtttcttatttctgttcctggagtaataattgtaatatcatgcttctacgttcttcccagGGTCCTGAGGTCAGAAGTGGAGATGTCCCTAAACCAATCATGCTTAAGGAGGGACAAGAATTCAACTTCACTATTAAAAGAGGAGTCAGCTCAGAAAACA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|109179220|gb|EC379875.1|EC379875
EST:     ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTCATTGCCATTATGCTGGACACAAAG                         GGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAA
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAA
EST: gi|211060152|gb|FL052194.1|FL052194
EST:     ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG                         GGTCCTGAAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGA
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCCTGAA-GTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGA
EST: gi|211060146|gb|FL052188.1|FL052188
EST:     ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG                         GGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGC
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGC
EST: gi|148996370|gb|EE035657.2|EE035657
EST:     ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG                         GGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAA
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAA
EST: gi|148969007|gb|EE019707.2|EE019707
EST:     ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG                         GGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAA
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAA
EST: gi|33467027|gb|CF244076.1|CF244076
EST:     ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG                         GGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAA
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAA
EST: gi|148948014|gb|EC893515.2|EC893515
EST:     ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG                         GGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAA
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAA
EST: gi|211063108|gb|FL052209.1|FL052209
EST:     ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG                         GGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAAGAA
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAA
EST: gi|211511544|gb|FL285063.1|FL285063
EST:     ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG                         GGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAA
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAA
EST: gi|149071582|gb|EE159974.2|EE159974
EST:     ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG                         GGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAA
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAA
EST: gi|148986175|gb|EE029941.2|EE029941
EST:     ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG                         GGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAA
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAA
EST: gi|76287861|gb|DV027429.1|DV027429
EST:     ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG                         GGTCCTGAAGTTAGGAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAA
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAA
EST: gi|211063106|gb|FL052207.1|FL052207
EST:     ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG                         GGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCT
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCT
EST: gi|211063103|gb|FL052204.1|FL052204
EST:     ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG                         GGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTC
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTC
EST: gi|211060143|gb|FL052185.1|FL052185
EST:     ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG                         GGTCCTGAAGTTAGAAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGAA
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAA-GTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGA
EST: gi|211063109|gb|FL052210.1|FL052210
EST:     TGCACAGAACACTGATGGGCA-TGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG                         GGTCCCTGAAGT-AGAANGTGGGGATGTTCCAGAGCCA-TCATGCTCAAGG
genomic: TGCACAGAACACTGATGG-CAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCC-TGAAGTTAGAA-GTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGG
EST: gi|211063104|gb|FL052205.1|FL052205
EST:     ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAG                         GGTCCTGAAGTTAG
genomic: ATGCACAGAACACTGATGGCAATGTTATTGCCATTATGCTGGACACAAAGgtatatctca ... atggatgcagGGTCCTGAAGTTAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcaaaactaattctacaacaacttaaattcttatgactgagtttgatggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAAGGTCAAGAGTTCAACTTCACGATTAAAAGAGGGGTGAGCACTGAAGACA
                   aacttaaattcttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatatctcagctgcatacatcaaaactaattctacaacaacttaaattcttatgactgagtttgatggatgcagGGTCCTGAAGTTAGAAGTGGGGATGTTCCAGAGCCAATCATGCTCAAGGAAGGTCAAGAGTTCAACTTCACGATTAAAAGAGGGGTGAGCACTGAAGACA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA