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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgattcgagatactatgtttgcaccacagttgtaacctttgcactgaacttacgctgcattaatctttctctagCTACCAAGCTTCCAAGGATGACTTGGCTGTCTACACTTCGTTTTCGGCTGCTCCCTCGTCCAAGTATATCAACGTAGCAAGGTGGTTTAACCACATTGAT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G031545_T03
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211374885|gb|FL313296.1|FL313296
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EST: gi|30087167|gb|CB885375.1|CB885375
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EST: gi|32841716|gb|CD981397.1|CD981397
EST:     GTACCTTCTCACTCGCAGCTACATCACTGG                         CTACCAAGCTTCCAAGGATGACTTGGCTGTCTACACTTCGTTTTCGTCTGC
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EST: gi|211404328|gb|FL336236.1|FL336236
EST:     GGGCTTAAAAAGCTTGATGAGTACCTTCTCACTCGCAGCTACATCACTGG                         CTACCAAGCTTCCAAGGATGACTTGGCTGTCTACACTTCGTTTTCGTCTGC
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EST: gi|32858845|gb|CD998526.1|CD998526
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EST:     GGGCTTAAAAAGCTTGATGAGTACCTTCTCACTCGCAGCTACATCACTGG                         CTACCAAGCTTCCAAGGATGACTTGGCTGTCTACACTTCGTTTTCGGCTGC
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EST:     GGGCTTAAAAAGCTTGATGAGTACCTTCTCACTCGCAGCTACATCACTGG                         CTACCAAGCTTCCAAGGATGACTTGGCTGTCTACACTTCGTTTTCGTCTGC
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EST: gi|211394441|gb|FL356665.1|FL356665
EST:     GGGCTTAAAAAGCTTGATGAGTACCTTCTCACTCGCAGCTACATCACTGG                         CTACCAAGCTTCCAAGGATGACTTGGCTGTCTACACTTCGTTTTCGGCTGC
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EST:     GGGCTTAAAAAGCTTGATGAGTACCTTCTCACTCGCAGCTACATCACTGG                         CTACCAAGCTTCCAAGGATGACTTGGCTGTCTACACTTCGTTTTCGGCTGC
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genomic: GGGCTTAAAAAGCTTGATGAGTACCTTCTCACTCGCAGCTACATCACTGGgtatgtgatt ... ctttctctagCTACCAAGCTTCCAAGGATGACTTGGCTGTCTACACTTCGTTTTCGGCTGC
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genomic: GGGCTTAAAAAGCTTGATGAGTACCTTCTCACTCGCAGCTACATCACTGGgtatgtgatt ... ctttctctagCTACCAAGCTTCCAAGGATGACTTGGCTGTCTACACTTCGTTTTCGGCTGC
EST: gi|116821488|gb|EC864801.1|EC864801
EST:     GGGCTTAAAAAGCTTGATGAGTACCTTCTCACTCGCAGCTACATCACTGG                         CTACCAAGCTTCCAAGGATGACTTGGCTGTCTACACTTCGTTTTCGGCTGC
genomic: GGGCTTAAAAAGCTTGATGAGTACCTTCTCACTCGCAGCTACATCACTGGgtatgtgatt ... ctttctctagCTACCAAGCTTCCAAGGATGACTTGGCTGTCTACACTTCGTTTTCGGCTGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgcaccacagttgtaacctttgcactgaacttacgctgcattaatctttctctagCTACCAAGCTTCCAAGGATGACTTGGCTGTCTACACTTCGTTTTCGGCTGCTCCCTCGTCCAAGTATATCAACGTAGCAAGGTGGTTTAACCACATTGAT
                                            tctttctct  CT-rich tract
                                       attaatcttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtgattcgagatactatgtttgcaccacagttgtaacctttgcactgaacttacgctgcattaatctttctctagCTACCAAGCTTCCAAGGATGACTTGGCTGTCTACACTTCGTTTTCGGCTGCTCCCTCGTCCAAGTATATCAACGTAGCAAGGTGGTTTAACCACATTGAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG