Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaacttaccaactcttctttcctttgtaagattctatacatgaatgccacacttgagggataatgaggatgcacaattaatgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATGGCCAAGTTTGGACCCCTAGATGATTGTGTCGTCATGAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G030902_T02
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G030902_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g71770.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
gtaacttaccaactcttctttcctttgtaagattctatacatgaatgc-------cacacttgag--------ggataatgaggatgcacaattaatgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATGGCCAAGTTTGGACCCCTAGATGATTGTGTCGTCATGAAG
|||| |   |||   ||||   |||| || ||||||||| | |||||        || | || |         | | ||||| ||      ||| ||  || |||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
gtaagtggacaatctttct---ctttttaggattctataaacgaatgtgtcctttcatagtttaatcattcatgaagaatgatgacatgagatttatttacttagGTTCTTGGAATCCCATGGGATGTGGACACTGAAGGATTAAGAGAGTACATGGGCAAGTTTGGACCCCTAGATGATTGCGTCGTCATGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211347523|gb|FL007072.1|FL007072
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|148936779|gb|EC880917.2|EC880917
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|149104347|gb|EE289792.2|EE289792
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|211347524|gb|FL007073.1|FL007073
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|31664299|gb|CD573024.1|CD573024
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|71769697|gb|DR967634.1|DR967634
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|211345125|gb|FL007061.1|FL007061
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|148955713|gb|EC901400.2|EC901400
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|211345133|gb|FL007069.1|FL007069
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|87156149|gb|DY400938.1|DY400938
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|211345132|gb|FL007068.1|FL007068
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|149096474|gb|EE182216.2|EE182216
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|211345126|gb|FL007062.1|FL007062
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|149000018|gb|EE037116.2|EE037116
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|211345131|gb|FL007067.1|FL007067
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|211345123|gb|FL007059.1|FL007059
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|6564152|gb|AW231774.1|AW231774
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|149104935|gb|EE290405.2|EE290405
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|211345130|gb|FL007066.1|FL007066
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|26558833|gb|CA831068.1|CA831068
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|22473110|gb|BU037590.1|BU037590
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGGGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|71304925|gb|DR788593.1|DR788593
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|211345135|gb|FL007071.1|FL007071
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|211345122|gb|FL007058.1|FL007058
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|31557986|gb|CD527198.1|CD527198
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|211345128|gb|FL007064.1|FL007064
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|32919564|gb|CF024376.1|CF024376
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|149080743|gb|EE169805.2|EE169805
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|9952229|gb|BE638812.1|BE638812
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|13558465|gb|BG549821.1|BG549821
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|211345134|gb|FL007070.1|FL007070
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|211345127|gb|FL007063.1|FL007063
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|60350487|gb|DN217460.1|DN217460
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
EST: gi|211345129|gb|FL007065.1|FL007065
EST:     TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTG                         GTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG
genomic: TTTTTGAACATTGATCTGTAGCCAGTGCTGCAATGGCTACAAAGCTTGTGgtaacttacc ... atgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatacatgaatgccacacttgagggataatgaggatgcacaattaatgcacctagGTTCTCGGTATCCCCTGGGATGTTGACACTGAAGGGTTACGAGAGTACATGGCCAAGTTTGGACCCCTAGATGATTGTGTCGTCATGAAG
                                        aattaat  putative branch site (score: 3)
                                      acaattaat  TA-rich tract