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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...actaaccttgaactttgcagattttcgaaatccatcctgagtaatttactaaagcgtattgtatgatgtatttagcaatttggtattgattgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGCTGCGCCAAGAGTTCCATGTTGCTGCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G030784_T01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G030784_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g05490.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
-------------------------------actaaccttgaactttgcagattttcgaaatccatcctgagtaatttactaaag---cgtattgtatgatgtatttagcaatttggtattgattgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGCTGCGCCAAGAGTTCCATGTTGCTGCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGG
                                 |||    ||  ||| | | ||||   | |||  |   |    | ||| |||     | || ||| ||  |  ||| |||| ||| |   ||||   ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||  ||| |||| |||||||||||||| || ||||||||||||||
gtatgtgggactacgttgcagattgattccttttaagtgcgatattttctgtttttatcattcccacgaaatctgtatacaaaaaaactgcatggtaggacatgcttatcaatctggaacc-attgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGCTGCGCCCGGAGATCCAAGTTGCTGCTCAGAATTGTTGGGTGAAGAAGGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71325325|gb|DR799341.1|DR799341
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|6021111|gb|AW066039.1|AW066039
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGGTCCCCCTTCAGATGTTGTTG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTGTGGCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|211522695|gb|FL104750.1|FL104750
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|211525699|gb|FL104762.1|FL104762
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTTG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|211525698|gb|FL104761.1|FL104761
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|14569384|gb|BI097707.1|BI097707
EST:     GA-TGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|211419268|gb|FL091406.1|FL091406
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTCG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|5296085|gb|AI782960.1|AI782960
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|21331670|gb|BQ487051.1|BQ487051
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|13198659|gb|BG354461.1|BG354461
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|213178228|gb|FM191284.1|FM191284
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|116828082|gb|EC872041.1|EC872041
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTCG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|7216447|gb|AW562569.1|AW562569
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|211331048|gb|FL104687.1|FL104687
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTCG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|71323015|gb|DR798174.1|DR798174
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|211324555|gb|FL104646.1|FL104646
EST:     ATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCKGTCAGATGTTGTCG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: ATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCC-TTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|211531696|gb|FL104786.1|FL104786
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|76294301|gb|DV033869.1|DV033869
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|211534316|gb|FL091475.1|FL091475
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTCG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|31355717|gb|CD440074.1|CD440074
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTCG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|116821141|gb|EC864427.1|EC864427
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAACGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTTG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|211331053|gb|FL104692.1|FL104692
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|6021490|gb|AW066418.1|AW066418
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|74236492|gb|DT644406.1|DT644406
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|211324554|gb|FL104645.1|FL104645
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTCG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|67021074|gb|CO449823.1|CO449823
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|61236882|gb|DN586594.1|DN586594
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTTG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|31355497|gb|CD439854.1|CD439854
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTCG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|74235418|gb|DT643332.1|DT643332
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|67034586|gb|CO463136.1|CO463136
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|211331054|gb|FL104693.1|FL104693
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTCG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|21760002|gb|BQ635543.1|BQ635543
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|211331046|gb|FL104685.1|FL104685
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTCG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|211335381|gb|FL104715.1|FL104715
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTCG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|193503181|gb|AM937593.1|AM937593
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|211326717|gb|FL104658.1|FL104658
EST:     AATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTCG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: AATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|32865187|gb|CF004869.1|CF004869
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|40337088|gb|CK371158.1|CK371158
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|31353766|gb|CD438123.1|CD438123
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTCG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|67020068|gb|CO448817.1|CO448817
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|211331043|gb|FL104682.1|FL104682
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTCG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|67012349|gb|CO441098.1|CO441098
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|211335377|gb|FL104711.1|FL104711
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTCG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|32906873|gb|CF011686.1|CF011686
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
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genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|32908761|gb|CF013574.1|CF013574
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|93283118|gb|EB675382.1|EB675382
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|211537328|gb|FL091492.1|FL091492
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTCG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|67035472|gb|CO464005.1|CO464005
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|211331050|gb|FL104689.1|FL104689
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTCG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|211324558|gb|FL104649.1|FL104649
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTCG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|211328888|gb|FL104673.1|FL104673
EST:     AATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTCG                         AGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: AATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1208

AATGGAACCACAGATCAGGTCGAGAAGATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGCTGCGCCAAGAGTTCCATGTTGCTGCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 2424

AATGGAACCACAGATCAGGTCGAGAAGATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGCTGCGCCAAGAGTTCCATGTTGCTGCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1676

AATGGAACCACAGATCAGGTCGAGAAGATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGCTGCGCCAAGAGTTCCATGTTGCTGCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 2111

AATGGAACCACAGATCAGGTCGAGAAGATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGACAGGTTCCCCCTTCAGATGTTGTGGgtacggacac ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGCTGCGCCAAGAGTTCCATGTTGCTGCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttactaaagcgtattgtatgatgtatttagcaatttggtattgattgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGCTGCGCCAAGAGTTCCATGTTGCTGCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGG
                    atgtattta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
actaaccttgaactttgcagattttcgaaatccatcctgagtaatttactaaagcgtattgtatgatgtatttagcaatttggtattgattgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGCTGCGCCAAGAGTTCCATGTTGCTGCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - ctttgca
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