Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaccatatatggcatcctagttcgaaacctgttgcatgcttttatattgtacttgtgcacaccaatttgttcaatgttgttttccctcaatttcttgcagCCATTGCCGAGCTCCTTGACAATGCAATCGATGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G030596_T01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|101395058|gb|EB819461.1|EB819461
EST:     CCCCAAGTTTCTGCACTCCAATGCGACTTCCCACAAGTGGGCTTTTGGCG                         CCATTGCCGAGCTCCTTGACAATGCAATCGATGAG
genomic: CCCCAAGTTTCTGCACTCCAATGCGACTTCCCACAAGTGGGCTTTTGGCGgtatgggacg ... tttcttgcagCCATTGCCGAGCTCCTTGACAATGCAATCGATGAG
EST: gi|76286071|gb|DV025639.1|DV025639
EST:     CCCCAAGTTTCTGCACTCCAATGCGACTTCCCACAAGTGGGCTTTTGGCG                         CCATTGCCGAGCTCCTTGACAATGCAATCGATGAG
genomic: CCCCAAGTTTCTGCACTCCAATGCGACTTCCCACAAGTGGGCTTTTGGCGgtatgggacg ... tttcttgcagCCATTGCCGAGCTCCTTGACAATGCAATCGATGAG
EST: gi|91867858|gb|EB399825.1|EB399825
EST:     CCCCAAGTTTCTGCACTCCAATGCGACTTCCCACAAGTGGGCTTTTGGCG                         CCATTGCCGAGCTCCTTGACAATGCAATCGATGAG
genomic: CCCCAAGTTTCTGCACTCCAATGCGACTTCCCACAAGTGGGCTTTTGGCGgtatgggacg ... tttcttgcagCCATTGCCGAGCTCCTTGACAATGCAATCGATGAG
EST: gi|101391099|gb|EB817483.1|EB817483
EST:     CCCCAAGTTTCTGCACTCCCATGCGACTTCCCACAAGTGGGCTTTTGGCG                         CCATTGCCGAGCTCCCTGACAATGCAATCGATGAGGTGAAC
genomic: CCCCAAGTTTCTGCACTCCAATGCGACTTCCCACAAGTGGGCTTTTGGCGgtatgggacg ... tttcttgcagCCATTGCCGAGCTCCTTGACAATGCAATCGATGAGGTGAAC
EST: gi|78121768|gb|DV540152.1|DV540152
EST:     CCCCAAGTTTCTGCACTCCAATGCGACTTCCCACAAGTGGGCTTTTGGCG                         CCATTGCCGAGCTCCTTGACAATGCAATCGATGAG
genomic: CCCCAAGTTTCTGCACTCCAATGCGACTTCCCACAAGTGGGCTTTTGGCGgtatgggacg ... tttcttgcagCCATTGCCGAGCTCCTTGACAATGCAATCGATGAG
EST: gi|78111592|gb|DV529989.1|DV529989
EST:     CCCCAAGTTTCTGCACTCCAATGCGACTTCCCACAAGTGGGCTTTTGGCG                         CCATTGCCGAGCTCCTTGACAATGCAATCGATGAG
genomic: CCCCAAGTTTCTGCACTCCAATGCGACTTCCCACAAGTGGGCTTTTGGCGgtatgggacg ... tttcttgcagCCATTGCCGAGCTCCTTGACAATGCAATCGATGAG
EST: gi|78114931|gb|DV533319.1|DV533319
EST:     CCCCAAGTTTCTGCACTCCAATGCGACTTCCCACAAGTGGGCTTTTGGCG                         CCATTGCCGAGCTCCTTGACAATGCAATCGATGAG
genomic: CCCCAAGTTTCTGCACTCCAATGCGACTTCCCACAAGTGGGCTTTTGGCGgtatgggacg ... tttcttgcagCCATTGCCGAGCTCCTTGACAATGCAATCGATGAG
EST: gi|78075870|gb|DV504304.1|DV504304
EST:     CCCCAAGTTTCTGCACTCCAATGCGACTTCCCACAAGTGGGCTTTTGGCG                         CCATTGCCGAGCTCCTTGACAATGCAATCGATGAG
genomic: CCCCAAGTTTCTGCACTCCAATGCGACTTCCCACAAGTGGGCTTTTGGCGgtatgggacg ... tttcttgcagCCATTGCCGAGCTCCTTGACAATGCAATCGATGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attgtacttgtgcacaccaatttgttcaatgttgttttccctcaatttcttgcagCCATTGCCGAGCTCCTTGACAATGCAATCGATGAG
                                  ttttccctcaatttct  CT-rich tract
                  aatttgtt  TA-rich tract