Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtcttctttgggtcaaccatattcttataggcctaaatgaagcttgctatttcactaacacttgtattttcctttcaattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATCAGCAAGAACATAGTCCCTGATGAAATCAAAGGGAGGGTGCTTCATCATT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G025242_T02
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G025242_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os07g32230.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
gtgagtcttctttgggtcaaccatattcttataggcctaaatgaagcttgctatttcactaacacttgtattttcctttcaattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATCAGCAAGAACATAGTCCCTGATGAAATCAAAGGGAGGGTGCTTCATCATT
||||||| | ||||||| ||||| ||||||  |   |  ||||  |        ||||||||| ||| | | ||  |||||  |||| |||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
gtgagtcct-tttgggttaaccacattcttgca---cccaatgccga-----gattcactaac-cttctctctttgtttca-ctatgtagGCTATTGCTAAGTTTATGGCACTGATGTACAGCTATTTGAATATATCTATTAGTAAGAACATAGTTCCTGATGAGATCAAAGGGAGGGTGCTTCATCATT

upper sequence: GRMZM2G025242_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv00s0404g00020.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
----gtgagtcttctttgggt-caaccatattcttat-aggcctaaatgaagcttgctatttcactaacacttgtattttcctttcaat-tatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATCAGCAAGAACATAGTCCCTGATGAAATCAAAGGGAGGGTGCTTCATCATT
    ||| || ||  |   ||  ||      | | ||  ||| |   | | | |  ||  |   || ||| ||   |  || ||    |   |||||||||||||||||||  |||| ||  |||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| || |||| ||| |||||||| |   |||| || |
gttagtgtgttttactaatgtataatttggctgtcatcgggcttctttcatgttcactcatcagctcacagttaactcatcattatgttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATCAGCAAAAACATAGTGCCAGATGGAATTAAAGGGAGAGAAATTCACCACT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15426838|gb|BI542660.1|BI542660
EST:     ATGAGGCACTG                         GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTGCAGCTACTTGAATATATCTATC
genomic: ATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: gi|32863425|gb|CF003107.1|CF003107
EST:     AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG                         GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: gi|211387059|gb|FL031628.1|FL031628
EST:     AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG                         GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: gi|32855966|gb|CD995647.1|CD995647
EST:     AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG                         GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: gi|211387062|gb|FL031631.1|FL031631
EST:     AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG                         GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: gi|211387060|gb|FL031629.1|FL031629
EST:     AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG                         GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: gi|18648719|gb|BM497538.1|BM497538
EST:     AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG                         GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: gi|211479367|gb|FL401490.1|FL401490
EST:     AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG                         GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: gi|29945106|gb|CB815472.1|CB815472
EST:     ATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG                         GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
genomic: ATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: gi|91875864|gb|EB405821.1|EB405821
EST:     AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG                         GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: gi|211387063|gb|FL031632.1|FL031632
EST:     AGACATTTTTYACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG                         GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: gi|71770673|gb|DR968610.1|DR968610
EST:     AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG                         GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: gi|211387065|gb|FL031634.1|FL031634
EST:     AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG                         GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: gi|116821502|gb|EC864822.1|EC864822
EST:     AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG                         GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: gi|18450759|gb|BM429037.1|BM429037
EST:     AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG                         GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: gi|18648718|gb|BM497537.1|BM497537
EST:     AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG                         GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cctaaatgaagcttgctatttcactaacacttgtattttcctttcaattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATCAGCAAGAACATAGTCCCTGATGAAATCAAAGGGAGGGTGCTTCATCATT
                     cactaac  putative branch site (score: 1)
                                   ttttcctttcaatt  putative PPT
                                         tttcaattat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgagtcttctttgggtcaaccatattcttataggcctaaatgaagcttgctatttcactaacacttgtattttcctttcaattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATCAGCAAGAACATAGTCCCTGATGAAATCAAAGGGAGGGTGCTTCATCATT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC