1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...ttaatgatcttaattaaaagtgtctaaaatgaaagattactataatatatgtgcttttatatcttgtatcctaacaatcacgctggatcgaaattttcagGTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCCCAGAACACCCCCCAACAAACCCTTGTATTCCCAAAGGGGAATGCAATTC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G023232_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCTTCAGTGTGCTATTCTCAGCCCCACTTTCAAAGTGCGAGAATTCCAG GTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCCEST: gi|60348239|gb|DN215212.1|DN215212
genomic: CTCTTCAGTGTGCTATTCTCAGCCCCACTTTCAAAGTGCGAGAATTCCAGgtatcagctc ... aaattttcagGTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCC
EST: CTCTTCAGTGTGCTATTCTCAGCCCCACTTTCAAAGTGCGAGAATTCCAG GTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGATACTCCEST: gi|211491249|gb|FK959664.1|FK959664
genomic: CTCTTCAGTGTGCTATTCTCAGCCCCACTTTCAAAGTGCGAGAATTCCAGgtatcagctc ... aaattttcagGTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCC
EST: CTCTTCAGTGTGCTATTCTCAGCCCCACTTTCAAAGTGCGAGAATTCCAG GTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCCEST: gi|211491250|gb|FK959665.1|FK959665
genomic: CTCTTCAGTGTGCTATTCTCAGCCCCACTTTCAAAGTGCGAGAATTCCAGgtatcagctc ... aaattttcagGTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCC
EST: CTCTTCAGTGTGCTATTCTCAGCCCCACTTTCAAAGTGCGAGAATTCCAG GTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCCEST: gi|32939254|gb|CF044073.1|CF044073
genomic: CTCTTCAGTGTGCTATTCTCAGCCCCACTTTCAAAGTGCGAGAATTCCAGgtatcagctc ... aaattttcagGTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCC
EST: CTCTTCAGTGTGCTATTCTCAGCCCCACTTTCAAAGTGCGAGAATTCCAG GTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCCEST: gi|18175444|gb|BM350773.1|BM350773
genomic: CTCTTCAGTGTGCTATTCTCAGCCCCACTTTCAAAGTGCGAGAATTCCAGgtatcagctc ... aaattttcagGTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCC
EST: CTCTTCAGTGTGCTATTCTCAGCCCCACTTTCAAAGTGCGAGAATTCCAG GTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCCEST: gi|18163486|gb|BM333325.1|BM333325
genomic: CTCTTCAGTGTGCTATTCTCAGCCCCACTTTCAAAGTGCGAGAATTCCAGgtatcagctc ... aaattttcagGTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCC
EST: CTCTTCAGTGTGCTATTCTCAGCCCCACTTTCAAAGTGCGAGAATTCCAG GTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCCEST: gi|211494120|gb|FK959666.1|FK959666
genomic: CTCTTCAGTGTGCTATTCTCAGCCCCACTTTCAAAGTGCGAGAATTCCAGgtatcagctc ... aaattttcagGTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCC
EST: CTCTTCAGTGTGCTATTCTCAGCCCCACTTTCAAAGTGCGAGAATTCCAG GTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCCEST: gi|211491247|gb|FK959662.1|FK959662
genomic: CTCTTCAGTGTGCTATTCTCAGCCCCACTTTCAAAGTGCGAGAATTCCAGgtatcagctc ... aaattttcagGTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCC
EST: CTCTTCAGTGTGCTATTCTCAGCCCCACTTTCAAAGTGCGAGAATTCCAG GTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCCEST: gi|22520708|gb|BU079519.1|BU079519
genomic: CTCTTCAGTGTGCTATTCTCAGCCCCACTTTCAAAGTGCGAGAATTCCAGgtatcagctc ... aaattttcagGTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCC
EST: CTCTTCAG-GTGCTATTCTCAGCCCCACTTTCAAAGTGCGAGAATTCCAG GTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCCEST: gi|21987845|gb|BQ779373.1|BQ779373
genomic: CTCTTCAGTGTGCTATTCTCAGCCCCACTTTCAAAGTGCGAGAATTCCAGgtatcagctc ... aaattttcagGTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCC
EST: CTCTTCAGTGTGCTATTCTCAGCCCCACTTTCAAAGTGCGAGAATTCCAG GTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCCEST: gi|78106114|gb|DV524532.1|DV524532
genomic: CTCTTCAGTGTGCTATTCTCAGCCCCACTTTCAAAGTGCGAGAATTCCAGgtatcagctc ... aaattttcagGTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCC
EST: CTCTTCAGTGTGCTATTCTCAGCCCCACTTTCAAAGTGCGAGAATTCCAG GTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCC
genomic: CTCTTCAGTGTGCTATTCTCAGCCCCACTTTCAAAGTGCGAGAATTCCAGgtatcagctc ... aaattttcagGTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCC
tatatgtgcttttatatcttgtatcctaacaatcacgctggatcgaaattttcagGTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCCCAGAACACCCCCCAACAAACCCTTGTATTCCCAAAGGGGAATGCAATTC
tcctaac putative branch site (score: 300)
ttttc putative PPT
ttttatatcttgtat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttaatgatcttaattaaaagtgtctaaaatgaaagattactataatatatgtgcttttatatcttgtatcctaacaatcacgctggatcgaaattttcagGTTAATGATGGGTTTCCTTTCTCAATTGCATTGTCATGGAATGGAGACTCCCAGAACACCCCCCAACAAACCCTTGTATTCCCAAAGGGGAATGCAATTC
- - - - - - - - - - - - - aaatgaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtatcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctggatc