Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacaaacgagaaaattcacatgtcattgctcccctgctcaacctgcttggatagatgcagctaactacagatatttcttgccagGCTGTTTATCACATGCCCACCACTGAGAATGATATGCCCTCAGGAAGCATCCCTTTAGCTCTACAGTCACTCTTCTATAAGTTGCAGTATAATGACAGCA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G018508_T03
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G018508_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os07g06950.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
--------------------------------------------------------------gtacaaacgagaaaattcacatgtcat-tgctcccctgctcaacctgcttggatagatgcagctaactacagatatttcttgccagGCTGTTTATCACATGCCCACCACTGAGAATGATATGCCCTCAGGAAGCATCCCTTTAGCTCTACAGTCACTCTTCTATAAGTTGCAGTATAATGACAGCA
                                                              |||||||   | |  || ||  || || |  |    | || ||  |  ||| || |     ||||||   ||||| | |||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| || |||||||| ||    ||||| |||||| |                 
gtgctacttgctatatgaattctcttcttcagactctgtaccatattccatatttcagaaaggtacaaa-atgtagttttactggttatataattttgtacttaatatatttgtatggt----gctaacagTAGATAGTGCTTGTCAGGCTGTTTATCATATGCCCACAACTGAGAATGACATGCCTTCGGGAAGCATTCCATTAGCTCTGCAAAGTCTCTTTTATAAGCT-----------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|50332270|gb|CO527396.1|CO527396
EST:     ATATGAATTCTCTTCTTCAGACGCTGTACCACATCCCATATTTCAGAAAG                         GCTGTTTATCACATGCCCACCACTGAGAATGATATGCCCTCAGGAAGCATC
genomic: ATATGAATTCTCTTCTTCAGACGCTGTACCACATCCCATATTTCAGAAAGgtacaaacga ... ttcttgccagGCTGTTTATCACATGCCCACCACTGAGAATGATATGCCCTCAGGAAGCATC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcccctgctcaacctgcttggatagatgcagctaactacagatatttcttgccagGCTGTTTATCACATGCCCACCACTGAGAATGATATGCCCTCAGGAAGCATCCCTTTAGCTCTACAGTCACTCTTCTATAAGTTGCAGTATAATGACAGCA
                             agctaac  putative branch site (score: 2)
                                            tttcttgcc  putative PPT
                                         atatttctt  TA-rich tract