Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgtagagaaatttgcttgtacaattctttttaggcatgccaagttgccaacattcttctagtgtcagtctgttttctaactttgtcttctaattatacagGACTATTAATCCTGATGATAAGTATGGTCAACTGTTTGTTTTCTCACTCAGACTTGCATTGTGGATGCAAATCATTGGGTTTTCAGTCAGGTTTTTGTCT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G017634_T04
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G017634_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os07g12220.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
------tgtagagaaatttgcttgtacaattctttttaggcatgccaagttgccaacattcttctagtgtcagtctgttttctaactttgtcttctaattatacagGACTATTAATCCTGATGATAAGTATGGTCAACTGTTTGTTTTCTCACTCAGACTTGCATTGTGGATGCAAATCATTGGGTTTTCAGTCAGGTTTTTGTCT
        | || | ||||||   |||| ||||||||    || |   |      | | | || |  | |    | |  || |||  |  | || || |||||||||| ||||| |||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||||||||               
gatggacatggaaatatttgccaatacacttcttttttaagatacaggg------agaatattttgatattgtacagagttttaatctaatattatatttatacagGAATATTACTCCTGAAGAGAAGTATGGTCAACTTTTCGTTTTATCACTCAAACTAGCGTTGTGGATGCAAATTATTGGGTTTTCA---------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|94479313|gb|EB708271.1|EB708271
EST:     GCTGTCGTCCTTGACGTTGCTTGGTTTATACTCTTCTCACATGCTATCTG                         GACTATTAATCCTGATGATAAGTATGGTCAACTGTTTGTTTTCTCACTCAG
genomic: GCTGTCGTCCTTGACGTTGCTTGGTTTATACTCTTCTCACATGCTATCTGgtatgtcttc ... aattatacagGACTATTAATCCTGATGATAAGTATGGTCAACTGTTTGTTTTCTCACTCAG
EST: gi|149079851|gb|EE168853.2|EE168853
EST:     GCTGTCGTCCTTGACGTTGCTTGGTTTATACTCTTCTCACATGCTATCTG                         GACTATTAATCCTGATGATAAGTATGGTCAACTGTTTGTTTTCTCACTCAG
genomic: GCTGTCGTCCTTGACGTTGCTTGGTTTATACTCTTCTCACATGCTATCTGgtatgtcttc ... aattatacagGACTATTAATCCTGATGATAAGTATGGTCAACTGTTTGTTTTCTCACTCAG
EST: gi|31354452|gb|CD438809.1|CD438809
EST:     GTTGCTTGGTTTATACTCTTCTCACATGCTATCTG                         GACTATTAATCCTGATGATAAGTATGGTCAACTGTTTGTTTTCTCACTCAG
genomic: GTTGCTTGGTTTATACTCTTCTCACATGCTATCTGgtatgtcttc ... aattatacagGACTATTAATCCTGATGATAAGTATGGTCAACTGTTTGTTTTCTCACTCAG
EST: gi|71320454|gb|DR796972.1|DR796972
EST:     GCTGTCGTCCTTGACGTTGCTTGGTTTATACTCTTCTCACATGCTATCTG                         GACTATTAATCCTGATGATAAGTATGGTCAACTGTTTGTTTTCTCACTCAG
genomic: GCTGTCGTCCTTGACGTTGCTTGGTTTATACTCTTCTCACATGCTATCTGgtatgtcttc ... aattatacagGACTATTAATCCTGATGATAAGTATGGTCAACTGTTTGTTTTCTCACTCAG
EST: gi|33467011|gb|CF244060.1|CF244060
EST:     GCTGTCGTCCTTGACGTTGCTTGGTTTATACTCTTCTCACATGCTATCTG                         GACTATTAATCCTGATGATAAGTATGGTCAACTGTTTGTTTTCTCACTCAG
genomic: GCTGTCGTCCTTGACGTTGCTTGGTTTATACTCTTCTCACATGCTATCTGgtatgtcttc ... aattatacagGACTATTAATCCTGATGATAAGTATGGTCAACTGTTTGTTTTCTCACTCAG
EST: gi|31355617|gb|CD439974.1|CD439974
EST:     GTTGCTTGGTTTATACTCTTCTCACATGCTATCTG                         GACTATTAATCCTGATGATAAGTATGGTCAACTGTTTGTTTTCTCACTCAG
genomic: GTTGCTTGGTTTATACTCTTCTCACATGCTATCTGgtatgtcttc ... aattatacagGACTATTAATCCTGATGATAAGTATGGTCAACTGTTTGTTTTCTCACTCAG
EST: gi|149090318|gb|EE179623.2|EE179623
EST:     GCTGTCGTCCTTGACGTTGCTTGGTTTATACTCTTCTCACATGCTATCTG                         GACTATTAATCCTGATGATAAGTATGGTCAACTGTTTGTTTTCTCACTCAG
genomic: GCTGTCGTCCTTGACGTTGCTTGGTTTATACTCTTCTCACATGCTATCTGgtatgtcttc ... aattatacagGACTATTAATCCTGATGATAAGTATGGTCAACTGTTTGTTTTCTCACTCAG
EST: gi|50332889|gb|CO528015.1|CO528015
EST:     GCTGTCGTCCTTGACGTTGCTTGGTTTATACTCTTCTCACATGCTATCTG                         GACTATTAATCCTGATGATAAGTATGGTCAACTGTTTGTTTTCTCACTCAG
genomic: GCTGTCGTCCTTGACGTTGCTTGGTTTATACTCTTCTCACATGCTATCTGgtatgtcttc ... aattatacagGACTATTAATCCTGATGATAAGTATGGTCAACTGTTTGTTTTCTCACTCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gccaacattcttctagtgtcagtctgttttctaactttgtcttctaattatacagGACTATTAATCCTGATGATAAGTATGGTCAACTGTTTGTTTTCTCACTCAGACTTGCATTGTGGATGCAAATCATTGGGTTTTCAGTCAGGTTTTTGTCT
                                       tcttcta  CT-rich tract
                                         ttctaattata  TA-rich tract