1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtatgtcctcaattgagcaccctcattcttggtggtgtttattataatggcttttttcgtttccattgcagtagctagtcaactacaaacaatgatatgaagttgaaaagatattgccacttgcgtatctggattggaactttagcctgtgaattaatattgtttttcttttatttcagGTTCTCGCTATTCCCGCAATACCTTTAACCATGTCAGCTGGTCTATTATTTGGTAGTGTGACCGGTACAATTATTGTTTCAATCAGTGGAACA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G011479_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGGTCCAGCCGGATATGCTCTGTTCGTACTTGTATATGCAGGATTGGAG GTTCTCGCTATTCCCGCAATACCTTTAACCATGTCAGCTGGTCTATTATTTEST: gi|60394686|gb|DN227556.1|DN227556
genomic: ATGGTCCAGCCGGATATGCTCTGTTCGTACTTGTATATGCAGGATTGGAGgtatgtcctc ... tttatttcagGTTCTCGCTATTCCCGCAATACCTTTAACCATGTCAGCTGGTCTATTATTT
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genomic: TCCAGCCGGATATGCTCTGTTCGTACTTGTATATGCAGGATTGGAGgtatgtcctc ... tttatttcagGTTCTCGCTATTCCCGCAATACCTTTAACCATGTCAGCTGGTCTATTATTT
EST: ATGGTCCAGCCGGATATGCTCTGTTCGTACTTGTATATGCAGGATTGGAG GTTCTCGCTATTCCCGCAATACCTTTAACCATGTCAGCTGGTCTATTATTTEST: gi|91049969|gb|EB160387.1|EB160387
genomic: ATGGTCCAGCCGGATATGCTCTGTTCGTACTTGTATATGCAGGATTGGAGgtatgtcctc ... tttatttcagGTTCTCGCTATTCCCGCAATACCTTTAACCATGTCAGCTGGTCTATTATTT
EST: ATGGTCCAGCCGGATATGCTCTGTTCGTACTTGTATATGCAGGATTGGAG GTTCTCGCTATTCCCGCAATACCTTTAACCATGTCAGCTGGTCTATTATTTEST: gi|50335652|gb|CO530778.1|CO530778
genomic: ATGGTCCAGCCGGATATGCTCTGTTCGTACTTGTATATGCAGGATTGGAGgtatgtcctc ... tttatttcagGTTCTCGCTATTCCCGCAATACCTTTAACCATGTCAGCTGGTCTATTATTT
EST: ATGGTCCAGCCGGATATGCTCTGTTCGTACTTGTATATGCAGGATTGGAG GTTCTCGCTATTCCCGCAATACCTTTAACCATGTCAGCTGGTEST: gi|211348783|gb|FL410665.1|FL410665
genomic: ATGGTCCAGCCGGATATGCTCTGTTCGTACTTGTATATGCAGGATTGGAGgtatgtcctc ... tttatttcagGTTCTCGCTATTCCCGCAATACCTTTAACCATGTCAGCTGGT
EST: ATGGTCCAGCCGGATATGCTCTGGTCGTACTTGTATATGCAAGATTGGAA GTTCTCGCTATTCCCGCAATACCTTTAAACATGTCAGCTGGTCTAT
genomic: ATGGTCCAGCCGGATATGCTCTGTTCGTACTTGTATATGCAGGATTGGAGgtatgtcctc ... tttatttcagGTTCTCGCTATTCCCGCAATACCTTTAACCATGTCAGCTGGTCTAT
gtatctggattggaactttagcctgtgaattaatattgtttttcttttatttcagGTTCTCGCTATTCCCGCAATACCTTTAACCATGTCAGCTGGTCTATTATTTGGTAGTGTGACCGGTACAATTATTGTTTCAATCAGTGGAACA
aattaat putative branch site (score: 76)
ttgtttttcttttatt CT-rich tract
tgtgaattaatattgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtcctcaattgagcaccctcattcttggtggtgtttattataatggcttttttcgtttccattgcagtagctagtcaactacaaacaatgatatgaagttgaaaagatattgccacttgcgtatctggattggaactttagcctgtgaattaatattgtttttcttttatttcagGTTCTCGCTATTCCCGCAATACCTTTAACCATGTCAGCTGGTCTATTATTTGGTAGTGTGACCGGTACAATTATTGTTTCAATCAGTGGAACA
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