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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacccacttaccttgcgcatcctggagaattctgcttctgttcgaactctgcaatctgtctaacgtgtggcctctctgtttgatccgtttgcagAGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G008726_T01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211040038|gb|FK962663.1|FK962663
EST:     ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGG                         AGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
genomic: ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGGgtacccactt ... ccgtttgcagAGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
EST: gi|211166478|gb|FK962667.1|FK962667
EST:     ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGG                         AGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
genomic: ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGGgtacccactt ... ccgtttgcagAGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
EST: gi|211166479|gb|FK962668.1|FK962668
EST:     ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGG                         AGTGATTCCGAGAGCACTCATTCCGCTTGAG
genomic: ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGGgtacccactt ... ccgtttgcagAGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
EST: gi|211166480|gb|FK962669.1|FK962669
EST:     ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGG                         AGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
genomic: ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGGgtacccactt ... ccgtttgcagAGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
EST: gi|211166481|gb|FK962670.1|FK962670
EST:     ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGG                         AGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
genomic: ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGGgtacccactt ... ccgtttgcagAGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
EST: gi|211040035|gb|FK962660.1|FK962660
EST:     ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGG                         AGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
genomic: ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGGgtacccactt ... ccgtttgcagAGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
EST: gi|32823039|gb|CD962748.1|CD962748
EST:     ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGG                         GGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
genomic: ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGGgtacccactt ... ccgtttgcagAGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
EST: gi|211040039|gb|FK962664.1|FK962664
EST:     ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGG                         AGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
genomic: ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGGgtacccactt ... ccgtttgcagAGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
EST: gi|211040036|gb|FK962661.1|FK962661
EST:     ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGG                         AGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
genomic: ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGGgtacccactt ... ccgtttgcagAGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
EST: gi|211040034|gb|FK962659.1|FK962659
EST:     ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGG                         AGTGATTCCGAGAGCACTCATTCCGCTTGAG
genomic: ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGGgtacccactt ... ccgtttgcagAGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
EST: gi|211040037|gb|FK962662.1|FK962662
EST:     ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGG                         AGTGATTCCGAGAGCACTCATTCCGCTTGAG
genomic: ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGGgtacccactt ... ccgtttgcagAGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
EST: gi|32824305|gb|CD964027.1|CD964027
EST:     ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGG                         GGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
genomic: ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGGgtacccactt ... ccgtttgcagAGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
EST: gi|211166482|gb|FK962671.1|FK962671
EST:     ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGG                         AGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
genomic: ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGGgtacccactt ... ccgtttgcagAGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
EST: gi|211040041|gb|FK962666.1|FK962666
EST:     ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGG                         AGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
genomic: ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGGgtacccactt ... ccgtttgcagAGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
EST: gi|211040040|gb|FK962665.1|FK962665
EST:     ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGG                         AGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
genomic: ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGGgtacccactt ... ccgtttgcagAGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
EST: gi|211040031|gb|FK962656.1|FK962656
EST:     ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGG                         AGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAK
genomic: ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGGgtacccactt ... ccgtttgcagAGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
EST: gi|211040032|gb|FK962657.1|FK962657
EST:     ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGG                         AGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
genomic: ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGGgtacccactt ... ccgtttgcagAGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
EST: gi|211040033|gb|FK962658.1|FK962658
EST:     ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGG                         AGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
genomic: ATGGGCCTGATCGCGCAGACGGTCCTTGGTGGCGGCTGCAGTGTCCTCGGgtacccactt ... ccgtttgcagAGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttcgaactctgcaatctgtctaacgtgtggcctctctgtttgatccgtttgcagAGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG
                                            tccgttt  CT-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtacccacttaccttgcgcatcctggagaattctgcttctgttcgaactctgcaatctgtctaacgtgtggcctctctgtttgatccgtttgcagAGTGATTCCGAGAGCACTCATGCCGCTTGAG

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