Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gctcaatttactaattagttaccactagtattttgatgtgtctgagtgtctccaatacctgttccgaatgtaaaatttggtttgtggttttctattccagTTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGAAAAACTTGCGTTGTGTCCATAACAATTCTCAAGGGAGAAATATTCCAGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G006468_T03
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G006468_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os08g26870.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
--------gctcaatttactaattagttaccactagtattttgatgtgtctgagtgtctccaatacctgttccgaatgtaaaatttggtttgtggttttctattccagTTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGAAAAACTTGCGTTGTGTCCATAACAATTCTCAAGGGAGAAATATTCCAGA
        || || |   |||||  |||   |  |||||| ||     | ||  | |||| ||||  | || |||  ||||   ||  ||||   ||| || | ||||||||||||||||||||  | || |||||||| || |||||||||||||||||||||||| | ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||
cgatgattgccca-tcagctaatctgttgatagcagtattctgg---atttgcttctctc-aatagttatttcgacggtaaccctt--tttgct-tttactctcccagTTGAGGTGAGAAGTGGGGCAGAGGGATATGTAATCAAGATGCGAGATGGGAAAAACTTGAGATGTGTGCACAATAATTCTCAAGGGAGAAATATTCCAGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60399773|gb|DN232583.1|DN232583
EST:     CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAG                         TTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
genomic: CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAGgtaattcttc ... tctattccagTTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
EST: gi|211186705|gb|FL252850.1|FL252850
EST:     CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAG                         TTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
genomic: CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAGgtaattcttc ... tctattccagTTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
EST: gi|5895762|gb|AW037008.1|AW037008
EST:     CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAG                         TTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
genomic: CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAGgtaattcttc ... tctattccagTTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
EST: gi|211522061|gb|FL312388.1|FL312388
EST:     CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAG                         TTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
genomic: CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAGgtaattcttc ... tctattccagTTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
EST: gi|14242681|gb|BG840373.2|BG840373
EST:     CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAG                         TTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
genomic: CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAGgtaattcttc ... tctattccagTTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
EST: gi|211436012|gb|FL361903.1|FL361903
EST:     CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAG                         TTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
genomic: CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAGgtaattcttc ... tctattccagTTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
EST: gi|211186703|gb|FL252848.1|FL252848
EST:     CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAG                         TTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
genomic: CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAGgtaattcttc ... tctattccagTTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
EST: gi|211316809|gb|FL363634.1|FL363634
EST:     CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAG                         TTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
genomic: CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAGgtaattcttc ... tctattccagTTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
EST: gi|13178078|gb|BG349336.1|BG349336
EST:     TATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAG                         TTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
genomic: TATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAGgtaattcttc ... tctattccagTTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
EST: gi|211453015|gb|FL324462.1|FL324462
EST:     CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAG                         TTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
genomic: CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAGgtaattcttc ... tctattccagTTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
EST: gi|211186707|gb|FL252852.1|FL252852
EST:     CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAG                         TTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
genomic: CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAGgtaattcttc ... tctattccagTTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
EST: gi|76010926|gb|DT938096.1|DT938096
EST:     CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAG                         TTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
genomic: CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAGgtaattcttc ... tctattccagTTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
EST: gi|60355084|gb|DN222057.1|DN222057
EST:     CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAG                         TTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
genomic: CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAGgtaattcttc ... tctattccagTTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
EST: gi|13178341|gb|BG349599.1|BG349599
EST:     CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAG                         TTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
genomic: CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAGgtaattcttc ... tctattccagTTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
EST: gi|211134484|gb|FL356345.1|FL356345
EST:     CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAG                         TTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
genomic: CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAGgtaattcttc ... tctattccagTTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
EST: gi|74242180|gb|DT650094.1|DT650094
EST:     CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAG                         TTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
genomic: CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAGgtaattcttc ... tctattccagTTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
EST: gi|32918930|gb|CF023742.1|CF023742
EST:     CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAG                         TTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
genomic: CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAGgtaattcttc ... tctattccagTTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
EST: gi|71774337|gb|DR972215.1|DR972215
EST:     CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAG                         TTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
genomic: CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAGgtaattcttc ... tctattccagTTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
EST: gi|78113266|gb|DV531659.1|DV531659
EST:     CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAG                         TTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA
genomic: CTTTAGCGACAGTGATGAAGATTATGTTAATTCTACTGTGCTAGAAGCAGgtaattcttc ... tctattccagTTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgtctccaatacctgttccgaatgtaaaatttggtttgtggttttctattccagTTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGAAAAACTTGCGTTGTGTCCATAACAATTCTCAAGGGAGAAATATTCCAGA
                                          ttttctattcc  CT-rich tract
                     aatgtaaaattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gctcaatttactaattagttaccactagtattttgatgtgtctgagtgtctccaatacctgttccgaatgtaaaatttggtttgtggttttctattccagTTGAGGTGAGAAGTGGATCGGAAGGATATGTGATAAAGATGCGAGATGGGAAAAACTTGCGTTGTGTCCATAACAATTCTCAAGGGAGAAATATTCCAGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA