ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq
PPT, BS, UA-tract
cis-regulatory elements

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

...ctttctcacggacgaaagattgttctgttctgtcagcataatttgatttgcaggtatactgtcttcatgcactcacccttttgtgaaatacatgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGTCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCAC

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G003385_T02
intron #	2
splice site	3'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G003385_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g60190.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2

ctttctcacgg-acgaaagattgttct-gttctgtcagcataatttgatttgcaggtatactgtcttcatgcactcaccct-tttgtgaaatacatgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGTCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCAC
   |  || |    |   | |||  || || || | |   ||      |||||  | |  ||   ||||     | || || ||| |    ||||| ||  |||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |
tgattccatgttgtgttgggttgcccttgtgctatgaatttacgcc--tttgcctgcactctagtttcagcagttaactctattttttttgtacat-taaaagGGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTCTTCCTAGCGAAGATGACATGGGCAACAGCGAAGTGGGTCACAATGCTC

upper sequence: GRMZM2G003385_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA18G45120.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2

ctttctcacggacgaaagattgttctgttctgtcagcataatttgatttgcaggtatactgtcttc-atgcactcacccttttgtgaaatacatgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGTCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCAC
| | |  || || | | |||   | ||      || ||  |    || |   | ||   ||  ||  ||| | | |  |     |    |   |     |||||||||||||    |||||| | || | ||||||||| || ||||| || || ||| | || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
cctccaaaccgaaggaggatacctgtgaggaaacaacaacaaa-aatctattgctagtttgagttagatgaaattaatcaggatttttttttgtactacagGGTGCTCCTGAACGGTGGAGATTGGTCAGGGCTCATGGTACTGCTGTAGGACTTCCAACAGAAGATGACATGGGCAATAGTGAAGTTGGTCACAATGCCC

upper sequence: GRMZM2G003385_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA09G40690.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1

-----ctttctcacggacgaaagattgttctgttctgtcagcataatttgatttgcaggtatactgtcttcatgcactcacccttttgtgaaatacatgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGTCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCAC
     | || | |    |  | | |  |||      |   ||    |  ||   | | ||| ||||  |  ||| | | |  |     |   ||   | |   ||||||| |||||    |||||| | || | ||||||||| || ||||| || || ||| | || ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |
gtgtccatttttagtagccgacggtgtttcaaacagggttgc---ctccgaaccg-aagtagactggttagatgaaattaatcaggatttttat-tgtcttacagGGTGCCCCTGAACGGTGGAGATTGGTTAGGGCTCATGGTACCGCTGTAGGCCTTCCAACAGAAGATGACATGGGTAATAGTGAAGTTGGTCACAATGCTC

upper sequence: GRMZM2G003385_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1

ctttctcacggacgaaag-attgttctgttc--tgtcagcataatttgatttgcaggtatactgtct-tcatgcac-tcacccttttgtgaaatacatgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGTCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCAC
     ||| | |  |||| ||| || || |   || | || | | ||   |      |  |   ||  | |||    |||    ||| | |  | | |  |  ||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||| |  || || || || ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |
----ttcatgcattaaaggattattatgcttggtgcctgcctcacttacctcattattgaaggctcaataatgtctgtcaattgttttttattttccttcac-agGGTGCCCCTGAGAAATGGAGATTGGTTAAGGCTCATGGGAGTGCAGTAGGGCTTCCAACTGAGGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGCCATAATGCTC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|211019714|gb|FL393633.1|FL393633

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211278872|gb|FL399990.1|FL399990

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211313367|gb|FL401426.1|FL401426

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGAHTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGAMCTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGG
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGA-CTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGG

EST: gi|211219836|gb|FL409202.1|FL409202

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211099729|gb|FL381202.1|FL381202

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211210131|gb|FL414761.1|FL414761

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211121710|gb|FL408176.1|FL408176

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211199735|gb|FL411304.1|FL411304

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211488053|gb|FL402002.1|FL402002

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211351025|gb|FL403666.1|FL403666

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211440955|gb|FL371600.1|FL371600

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211234219|gb|FL407548.1|FL407548

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211215516|gb|FL427991.1|FL427991

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|78085788|gb|DV514181.1|DV514181

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211317757|gb|FL419313.1|FL419313

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|67022870|gb|CO451619.1|CO451619

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211157888|gb|FL375852.1|FL375852

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211027667|gb|FL415081.1|FL415081

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211155260|gb|FL415189.1|FL415189

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|76021242|gb|DT948412.1|DT948412

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211502486|gb|FL420285.1|FL420285

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211379258|gb|FL380070.1|FL380070

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211231748|gb|FL386170.1|FL386170

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211146070|gb|FL408651.1|FL408651

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|33101993|gb|CF061953.1|CF061953

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTACTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211490641|gb|FL393008.1|FL393008

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211311836|gb|FL427597.1|FL427597

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211444064|gb|FL415892.1|FL415892

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211236397|gb|FL403469.1|FL403469

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211397434|gb|FL369350.1|FL369350

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211298567|gb|FL375549.1|FL375549

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211392275|gb|FL373437.1|FL373437

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211445807|gb|FL398454.1|FL398454

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211166531|gb|FL421331.1|FL421331

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211219895|gb|FL414355.1|FL414355

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211106346|gb|FL370787.1|FL370787

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211005730|gb|FL388917.1|FL388917

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211513447|gb|FL380257.1|FL380257

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211485158|gb|FL401978.1|FL401978

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|9742843|gb|BE518991.1|BE518991

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|31611945|gb|CD568567.1|CD568567

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211256764|gb|FL400904.1|FL400904

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211527387|gb|FL402925.1|FL402925

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211324178|gb|FL424990.1|FL424990

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

EST: gi|211288434|gb|FL410131.1|FL410131

EST:     ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAAT                         GGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGT

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 147

GGTGGCTGTCGTCGTGCTGGACGGATGGGGCGAGGCCAACCCCGACCAGTACAACTGCATCCATGTCGCTCAGACTCCTGTCATGGACTCGTTAAAGAATgtgtgtatgc ... catgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGTCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCAC

Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 282

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 324

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 293

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttgcaggtatactgtcttcatgcactcacccttttgtgaaatacatgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGTCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCAC

                        cactcac  putative branch site (score: 293)
                                        aaatacatgtatta  TA-rich tract

Putative cis-regulatory sequences

atgc	intron	ATGC	exonic elements by Pertea et al.
ATGC	exon	atgc	putative intronic elements
		ATGC	putative exonic elements identified for retained introns

        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ctttctcacggacgaaagattgttctgttctgtcagcataatttgatttgcaggtatactgtcttcatgcactcacccttttgtgaaatacatgtattagGGTGCTCCTGAGAAATGGAGACTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTGGGTCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCAC

- - - - - - - - - - tgttctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcaggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttcatgc