1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...gagacgaggggggatcgctgaggcatctacctccggtggcgtcgcgatagccactatgaggcagctgcactatgtaagttgtggtttttttgtatcttagACACAAAGGGATGAGGAGGTCGAAGACCTTGAAGGATTTGAGGACTTTTTGGCTTCTTTAGACGATGGCGACGTTGAGATGGGTGTGGAGGAGCAGTCTT
species | Zea mays |
transcript | AC214660.3_FGT001 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gatagccactatgaggcagctgcactatgtaagttgtggtttttttgtatcttagACACAAAGGGATGAGGAGGTCGAAGACCTTGAAGGATTTGAGGACTTTTTGGCTTCTTTAGACGATGGCGACGTTGAGATGGGTGTGGAGGAGCAGTCTT
tttttttgtatctt CT-rich tract
tttttttgtatctta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gagacgaggggggatcgctgaggcatctacctccggtggcgtcgcgatagccactatgaggcagctgcactatgtaagttgtggtttttttgtatcttagACACAAAGGGATGAGGAGGTCGAAGACCTTGAAGGATTTGAGGACTTTTTGGCTTCTTTAGACGATGGCGACGTTGAGATGGGTGTGGAGGAGCAGTCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - gctgagg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gccacta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcagctg