Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ccttaggtttaacaaatagtgatccatgtaaaactatgatgcaatcatgcaaacatttaagttgaaatcgcttactcacttgccatacaactttctgcagCTTGAGATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCTATGGACCTCAGTGGTTTGTTGCTTTTGTATTCTTCCCTTGGGGATGCTGAAGGCATTAACAAATTGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G141587_T01
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G141587_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 19
lower sequence: LOC_Os02g11840.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
ccttaggtttaacaaatagtgat-ccatgtaa-aactatgatgcaatcatgcaaacatttaagttgaaatcgcttactcacttgccataca--actttctgcagCTTGAGATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCTATGGACCTCAGTGGTTTGTTGCTTTTGTATTCTTCCCTTGGGGATGCTGAAGGCATTAACAAATTGG
    |  |||  ||     || | ||| |      |   ||| |||   ||   | |     |    |    || ||          || |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||| |||||||||||  | |  |||||  
----aactttgccatgctatgtttccacgccttggcctagatacaaaactggctaaaagagtgcaccatattctaacctgtcaagtgtaaattactttctgcagCTTGATATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCTATGGACCTCAGTGGTTTATTACTTCTGTATTCATCCCTTGGTGATGCTGAAGGGCTAACAAAATTAA

upper sequence: GRMZM2G141587_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 19
lower sequence: LOC_Os02g11830.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 19
--ccttaggtttaacaaatagtgatcca-tgtaaaactatgatgcaatcatgcaaacatttaagttgaaatcgcttactcacttgccatacaact-ttctgcagCTTGAGATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCTATGGACCTCAGTGGTTTGTTGCTTTTGTATTCTTCCCTTGGGGATGCTGAAGGCATTAACAAATTGG
     ||  |||  ||  |  || | ||        | | ||| |||   ||   | |   |   || | ||   | || || || ||     |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| ||||||| |||||||| |||||||||||  | |  |||||  
tttaataactttgccatgttatgtttcagcaccttgcca-gatacaaaactggctaaa---agagtgcactcatattctaacatgtcaagtgtcaattctgcagCTTGATATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCTATGGATCTCAGTGGTTTATTACTTCTGTATTCATCCCTTGGTGATGCTGAAGGGCTAACAAAATTAA

upper sequence: GRMZM2G141587_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 19
lower sequence: Vv11s0016g04180.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 19
ccttaggtttaacaaatagtgatccatgtaaa-actatgatgcaatcatgcaaacatttaagttgaaatcgcttact-cacttgccatacaactttctgcagCTTGAGATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCTATGGACCTCAGTGGTTTGTTGCTTTTGTATTCTTCCCTTGGGGATGCTGAAGGCATTAACAAATTGG
  |  |   ||    ||| || | ||  | |  || |     |   |       | |||   ||  |||  |||| |  |  | |   |    ||  ||||| |||||||||| ||||| || ||| |||| || |||||| | ||||||||||||||  | ||||||||  |||| |||||  | || ||    ||| | |
--tatgtcctagatcatattgcttcagatgaccaccactccccttccccctcctcttttttattccaatgtcttaatgtatgtactggaattgttaatgcagTTTGAGATGGCTGAGGAATGCCTTTTACACGCCATGGACTTGAGTGGTTTGTTGCTCCTCTATTCTTCTTTTGGTGATGCCAATGGAATATCAAAACTTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211291668|gb|FL235608.1|FL235608
EST:     GTGAGTCCAAGTGGAAGATATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAGTGGAAAG                         CTTGAGATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCTATGGACCTCAGTGGTTTG
genomic: GTGAGTCCAAGTGGAAGATATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAGTGGAAAGgtacagctac ... ctttctgcagCTTGAGATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCTATGGACCTCAGTGGTTTG
EST: gi|56382379|gb|CV985048.1|CV985048
EST:     GTGAGTCCAAGTGGAAGATATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAGTGGAAAG                         CTTGAGATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCTATGGACCTCAGTGGTTTG
genomic: GTGAGTCCAAGTGGAAGATATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAGTGGAAAGgtacagctac ... ctttctgcagCTTGAGATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCTATGGACCTCAGTGGTTTG
EST: gi|60337474|gb|DN204447.1|DN204447
EST:     GTGAGTCCAAGTGGAAGATATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAGTGGAAAG                         CTTGAGATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCTATGGACCTCAGTGGTTTG
genomic: GTGAGTCCAAGTGGAAGATATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAGTGGAAAGgtacagctac ... ctttctgcagCTTGAGATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCTATGGACCTCAGTGGTTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catgcaaacatttaagttgaaatcgcttactcacttgccatacaactttctgcagCTTGAGATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCTATGGACCTCAGTGGTTTGTTGCTTTTGTATTCTTCCCTTGGGGATGCTGAAGGCATTAACAAATTGG
                           tactcac  putative branch site (score: 1)
                                             ctttctgc  putative PPT
         atttaagttgaaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ccttaggtttaacaaatagtgatccatgtaaaactatgatgcaatcatgcaaacatttaagttgaaatcgcttactcacttgccatacaactttctgcagCTTGAGATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCTATGGACCTCAGTGGTTTGTTGCTTTTGTATTCTTCCCTTGGGGATGCTGAAGGCATTAACAAATTGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG