Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atttaacaaagtgttccatgtaaaactatgatgcaatcatgcaagcatttaagtggaagtcgcttactcacatgctgtagtgctgtacaaccttctgcagCTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTGTTGCTTTTGTATTCTTCCCTTGGGGATGCCGAAGGCATTAACAAATTGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G124886_T04
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G124886_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 19
lower sequence: LOC_Os02g11840.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
-atttaacaaagtgttccatgtaaaactatgatgcaatcatgcaagcatttaagtggaagtcgcttactcacatgctgtagtgctgtacaaccttctgcagCTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTGTTGCTTTTGTATTCTTCCCTTGGGGATGCCGAAGGCATTAACAAATTGG
 | ||  | | |   |   |  |   || ||    |   |   ||     |||  |   |   | || ||  |      |    |  |  || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||| ||||| |||||  | |  |||||  
aactttgccatgctatgtttccacgcct-tggcctagatacaaaactggctaaaagagtgcaccatattctaacctgtcaagtgtaaattactttctgcagCTTGATATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCTATGGACCTCAGTGGTTTATTACTTCTGTATTCATCCCTTGGTGATGCTGAAGGGCTAACAAAATTAA

upper sequence: GRMZM2G124886_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 19
lower sequence: LOC_Os02g11830.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 19
atttaacaaagtgttccatgtaaaactatgatgc--aatcatgcaagcatttaagtggaagtcgcttactcacatgctgtagtgctgtacaacc-ttctgcagCTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTGTTGCTTTTGTATTCTTCCCTTGGGGATGCCGAAGGCATTAACAAATTGG
 ||||| ||  | | |||||| |   |      |     ||   |   |  |   |  |||  |   ||||| || ||    ||        |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||| ||||||| |||||||| ||||| |||||  | |  |||||  
-tttaataactt-tgccatgttatgtttcagcaccttgccagatacaaaactggctaaaaga-gtgcactcatattctaacatgtcaagtgtcaattctgcagCTTGATATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCTATGGATCTCAGTGGTTTATTACTTCTGTATTCATCCCTTGGTGATGCTGAAGGGCTAACAAAATTAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33093602|gb|CF053596.1|CF053596
EST:     GTGAATCCAAGTGGAAGCAATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAATGGAAAG                         CTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTG
genomic: GTGAATCCAAGTGGAAGCAATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAATGGAAAGgtacagctac ... ccttctgcagCTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTG
EST: gi|211291669|gb|FL235609.1|FL235609
EST:     CAAATGGAAAG                         CTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTG
genomic: CAAATGGAAAGgtacagctac ... ccttctgcagCTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTG
EST: gi|67014399|gb|CO443148.1|CO443148
EST:     GTGAATCCAACTGGAAGCAATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAATGGAAAG                         CTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTG
genomic: GTGAATCCAAGTGGAAGCAATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAATGGAAAGgtacagctac ... ccttctgcagCTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTG
EST: gi|111145650|gb|EE257974.1|EE257974
EST:     GTGAATCCAAGTGGAAGCAATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAATGGAAAG                         CTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTG
genomic: GTGAATCCAAGTGGAAGCAATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAATGGAAAGgtacagctac ... ccttctgcagCTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTG
EST: gi|32929286|gb|CF034098.1|CF034098
EST:     GTGAATCCAAGTGGAAGCAATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAATGGAAAG                         CTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTG
genomic: GTGAATCCAAGTGGAAGCAATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAATGGAAAGgtacagctac ... ccttctgcagCTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTG
EST: gi|60337834|gb|DN204807.1|DN204807
EST:     GTGAATCCAAGTGGAAGCAATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAATGGAAAG                         CTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTG
genomic: GTGAATCCAAGTGGAAGCAATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAATGGAAAGgtacagctac ... ccttctgcagCTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 234

GTGATTGCTACTGAGGTGCAAAGTGAATCCAAGTGGAAGCAATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAATGGAAAGgtacagctac ... ccttctgcagCTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTGTTGCTTTTGTATTCTTCCCTTGGGGATGCCGAAGGCATTAACAAATTGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 311

GTGATTGCTACTGAGGTGCAAAGTGAATCCAAGTGGAAGCAATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAATGGAAAGgtacagctac ... ccttctgcagCTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTGTTGCTTTTGTATTCTTCCCTTGGGGATGCCGAAGGCATTAACAAATTGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 338

GTGATTGCTACTGAGGTGCAAAGTGAATCCAAGTGGAAGCAATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAATGGAAAGgtacagctac ... ccttctgcagCTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTGTTGCTTTTGTATTCTTCCCTTGGGGATGCCGAAGGCATTAACAAATTGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 295

GTGATTGCTACTGAGGTGCAAAGTGAATCCAAGTGGAAGCAATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAATGGAAAGgtacagctac ... ccttctgcagCTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTGTTGCTTTTGTATTCTTCCCTTGGGGATGCCGAAGGCATTAACAAATTGG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catttaagtggaagtcgcttactcacatgctgtagtgctgtacaaccttctgcagCTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTGTTGCTTTTGTATTCTTCCCTTGGGGATGCCGAAGGCATTAACAAATTGG
                   tactcac  putative branch site (score: 295)
                                             ccttctgc  putative PPT