Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atttaacaaagtgttccatgtaaaactatgatgcaatcatgcaagcatttaagtggaagtcgcttactcacatgctgtagtgctgtacaaccttctgcagCTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTGTTGCTTTTGTATTCTTCCCTTGGGGATGCCGAAGGCATTAACAAATTGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G124886_T02
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G124886_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 19
lower sequence: LOC_Os02g11840.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
-atttaacaaagtgttccatgtaaaactatgatgcaatcatgcaagcatttaagtggaagtcgcttactcacatgctgtagtgctgtacaaccttctgcagCTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTGTTGCTTTTGTATTCTTCCCTTGGGGATGCCGAAGGCATTAACAAATTGG
 | ||  | | |   |   |  |   || ||    |   |   ||     |||  |   |   | || ||  |      |    |  |  || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||| ||||| |||||  | |  |||||  
aactttgccatgctatgtttccacgcct-tggcctagatacaaaactggctaaaagagtgcaccatattctaacctgtcaagtgtaaattactttctgcagCTTGATATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCTATGGACCTCAGTGGTTTATTACTTCTGTATTCATCCCTTGGTGATGCTGAAGGGCTAACAAAATTAA

upper sequence: GRMZM2G124886_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 19
lower sequence: LOC_Os02g11830.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 19
atttaacaaagtgttccatgtaaaactatgatgc--aatcatgcaagcatttaagtggaagtcgcttactcacatgctgtagtgctgtacaacc-ttctgcagCTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTGTTGCTTTTGTATTCTTCCCTTGGGGATGCCGAAGGCATTAACAAATTGG
 ||||| ||  | | |||||| |   |      |     ||   |   |  |   |  |||  |   ||||| || ||    ||        |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||| ||||||| |||||||| ||||| |||||  | |  |||||  
-tttaataactt-tgccatgttatgtttcagcaccttgccagatacaaaactggctaaaaga-gtgcactcatattctaacatgtcaagtgtcaattctgcagCTTGATATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCTATGGATCTCAGTGGTTTATTACTTCTGTATTCATCCCTTGGTGATGCTGAAGGGCTAACAAAATTAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33093602|gb|CF053596.1|CF053596
EST:     GTGAATCCAAGTGGAAGCAATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAATGGAAAG                         CTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTG
genomic: GTGAATCCAAGTGGAAGCAATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAATGGAAAGgtacagctac ... ccttctgcagCTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTG
EST: gi|67014399|gb|CO443148.1|CO443148
EST:     GTGAATCCAACTGGAAGCAATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAATGGAAAG                         CTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTG
genomic: GTGAATCCAAGTGGAAGCAATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAATGGAAAGgtacagctac ... ccttctgcagCTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTG
EST: gi|211291669|gb|FL235609.1|FL235609
EST:     CAAATGGAAAG                         CTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTG
genomic: CAAATGGAAAGgtacagctac ... ccttctgcagCTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTG
EST: gi|111145650|gb|EE257974.1|EE257974
EST:     GTGAATCCAAGTGGAAGCAATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAATGGAAAG                         CTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTG
genomic: GTGAATCCAAGTGGAAGCAATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAATGGAAAGgtacagctac ... ccttctgcagCTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTG
EST: gi|32929286|gb|CF034098.1|CF034098
EST:     GTGAATCCAAGTGGAAGCAATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAATGGAAAG                         CTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTG
genomic: GTGAATCCAAGTGGAAGCAATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAATGGAAAGgtacagctac ... ccttctgcagCTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTG
EST: gi|60337834|gb|DN204807.1|DN204807
EST:     GTGAATCCAAGTGGAAGCAATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAATGGAAAG                         CTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTG
genomic: GTGAATCCAAGTGGAAGCAATTAGGGGAGTTAGCTATGTCAAATGGAAAGgtacagctac ... ccttctgcagCTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catttaagtggaagtcgcttactcacatgctgtagtgctgtacaaccttctgcagCTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTGTTGCTTTTGTATTCTTCCCTTGGGGATGCCGAAGGCATTAACAAATTGG
                   tactcac  putative branch site (score: 1)
                                             ccttctgc  putative PPT
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atttaacaaagtgttccatgtaaaactatgatgcaatcatgcaagcatttaagtggaagtcgcttactcacatgctgtagtgctgtacaaccttctgcagCTTGAAATGGCAGAGGAGTGTCTTCTACATGCAATGGACCTCAGTGGTTTGTTGCTTTTGTATTCTTCCCTTGGGGATGCCGAAGGCATTAACAAATTGG

- -taacaaa
- - - - - - - - catgtaa
- - - - - - - - - - - - - - tgatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcaagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgctgt