Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttcttactgttttggtaactatttgttttgttgagtggaattttcctttgctatggaagtaatgccattttaattgaaacagGTACAACAGCAAGTTATAGAGGTCAACACCTATATTGCCTCGACTGTAAACAAATTTCCAAAGCGATGTGTGGTTTTATGCCTTCTTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G068755_T03
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G068755_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 19
lower sequence: LOC_Os01g60040.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 19
gttcttactgttttggtaactatttgttttgttgagtggaattttcctttgctatggaagtaatgc--------cattttaattgaaacagGTACAACAGCAAGTTATAGAGGTCAACACCTATATTGCCTCGACTGTAAACAAATTTCCAAAGCGATGTGTGGTTTTATGCCTTCTTG
             |  | | || |  || |||  |||| |||  |  |||  | || | | ||||          ||| | |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| || ||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
------------gtaattattaataattgtgtcaagtgaaatgcttatttcttctgtaggcaatgtgatatatatattatgattgaaacagGTTCAACAGCAAGTTATTGAGGTCAGCACATACATTGCTTCAACTGTAAACAGATTTCCAAAGCGATGTGTGGTTCTATGCCTTCTTG
















RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 199

CAAACAAGAGGTGGAAAATCTTACGGAACTTGATAAGTCTGCTGAACTTCTGATTCGTTTGTTGTGTGCTGTGCCTGGATGGAGCGAAAAGAATGTTCAGgttcttactg ... attgaaacagGTACAACAGCAAGTTATAGAGGTCAACACCTATATTGCCTCGACTGTAAACAAATTTCCAAAGCGATGTGTGGTTTTATGCCTTCTTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 42 (downstream exon)
Score: 60

CAAACAAGAGGTGGAAAATCTTACGGAACTTGATAAGTCTGCTGAACTTCTGATTCGTTTGTTGTGTGCTGTGCCTGGATGGAGCGAAAAGAATGTTCAGgttcttactg ... attgaaacagGTACAACAGCAAGTTATAGAGGTCAACACCTATATTGCCTCGACTGTAAACAAATTTCCAAAGCGATGTGTGGTTTTATGCCTTCTTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 89

CAAACAAGAGGTGGAAAATCTTACGGAACTTGATAAGTCTGCTGAACTTCTGATTCGTTTGTTGTGTGCTGTGCCTGGATGGAGCGAAAAGAATGTTCAGgttcttactg ... attgaaacagGTACAACAGCAAGTTATAGAGGTCAACACCTATATTGCCTCGACTGTAAACAAATTTCCAAAGCGATGTGTGGTTTTATGCCTTCTTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 189

CAAACAAGAGGTGGAAAATCTTACGGAACTTGATAAGTCTGCTGAACTTCTGATTCGTTTGTTGTGTGCTGTGCCTGGATGGAGCGAAAAGAATGTTCAGgttcttactg ... attgaaacagGTACAACAGCAAGTTATAGAGGTCAACACCTATATTGCCTCGACTGTAAACAAATTTCCAAAGCGATGTGTGGTTTTATGCCTTCTTG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgttgagtggaattttcctttgctatggaagtaatgccattttaattgaaacagGTACAACAGCAAGTTATAGAGGTCAACACCTATATTGCCTCGACTGTAAACAAATTTCCAAAGCGATGTGTGGTTTTATGCCTTCTTG
                                        ttttaat  putative branch site (score: 189)
                                       attttaattgaaaca  TA-rich tract