Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacatttttttatcacttgacaatgtgttccatggtatttgtccgtgagggaagatcccacttttactgacacgattattacgctcatgtcatactcgtgatctttttctccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTACACCCACAAGGATCTTCCTTTGCAATGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G028535_T01
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G028535_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 19
lower sequence: LOC_Os01g62900.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 19
gtacatttttttatcacttgacaatgtgttccatggtatttgtccgtgagggaagatcc-cacttttactgacacgattattacgctcatgtcatactcgtg-atc--tttttctccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTACACCCACAAGGATCTTCCTTTGCAATGAG
                        ||| |   ||  || |   | |   |  || |||   | ||||      || | || ||   |||||| |||   ||| ||   ||||||   | || ||||||||| || || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||| ||||
------------------------tgt-tattatcatactaaacagatggaaaaaatcagtagttttgtatttactactagtatcttcatgtaatatgtgtgcattggtttttcgttatatatagCATTTTACGAGGAAGTGGACAAGTAGTGAACGGCGACAAGGGAGTTGTTTACACCCACAGGGAGCTCCCTTTGCAGTGAG

upper sequence: GRMZM2G028535_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 19
lower sequence: AT3G55610.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 19
gtacatttttttatcacttgacaat-gtgttccatggtatttgtccgtgagggaagatcccacttttactgacacgattattacgctcatgtcatactcgtgatctttttctccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTACACCCACAAGGATCTTCCTTTGCAATGAG--------------------
                    ||||| | |||   | || | | ||  |     | | || |   |||    | |    | | | | | |  |  |  | |||||          |     || ||  || | || |  |||||||| ||| |||| ||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||| |   |  |                     
---------------gtactacaattgagttattttgtttctctctcttccata-gttcactgatttgtcaaaa--gctgtgaagtttaaatggttgtggtgat---------gaatgacagGATAATGAGAGGAAAGGGACAAGTTGTGGATGGAGACAATGGAATCGTTTACACCCATAAGGATCTTCCTGTCTTACAAAGGACAGAGGCTGTTGAGAAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60344250|gb|DN211223.1|DN211223
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|213188133|gb|FM182573.1|FM182573
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|32833965|gb|CD973643.1|CD973643
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|32845938|gb|CD985619.1|CD985619
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|67017479|gb|CO446228.1|CO446228
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|6564250|gb|AW231872.1|AW231872
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGNCAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|6022040|gb|AW066983.1|AW066983
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|211181079|gb|FL441227.1|FL441227
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|60355192|gb|DN222165.1|DN222165
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|101391685|gb|EB817779.1|EB817779
EST:     ATACATGCCCGCGGCCCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|6564119|gb|AW231741.1|AW231741
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGCCAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|32930909|gb|CF035721.1|CF035721
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|149066719|gb|EE286860.2|EE286860
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|211181077|gb|FL441225.1|FL441225
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|61118748|gb|DN559709.1|DN559709
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|32930810|gb|CF035622.1|CF035622
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actgacacgattattacgctcatgtcatactcgtgatctttttctccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTACACCCACAAGGATCTTCCTTTGCAATGAG
 tactgac  putative branch site (score: 1)
                                    tctttttctccacat  putative PPT
         attatta  TA-rich tract