Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtactcagaagtcagatcttgtccttatagtgattggttgatcatgctttcctttttggactaacccccagtcatcctccttgtttgcagATGGCAAAGCAGACCATGGGTTTTTGCGGACAGGCCCTAAAATTCCGTACTGATGTAAAAGCATTCCATCTACAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G388892_T02
intron # 18
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G388892_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 18
lower sequence: LOC_Os10g35290.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 17
----------------------------------gttagtactcagaagtcagatcttgtccttatagtgattggttgatcatgctttcctttttggactaacccccagtcatcctccttgtttgcagATGGCAAAGCAGACCATGGGTTTTTGCGGACAGGCCCTAAAATTCCGTACTGATGTAAAAGCATTCCATCTACAG
                                   ||   |  || ||   | ||      |  ||| ||| || |    |   ||||  ||| | |||   |  | |  |  | | ||||||  |||||||||||||| |||||||| || || || || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
gtcagtagccagatcttcccttactgtaaatcaatttctcatgcataatgaaaattgctcacgcataatgaatgctgagac---cttttttttctagac---ctgctaacctgcttgcttgttcacagATGGCAAAGCAAACCATGGGATTCTGTGGCCAAGCTCTAAAATTCCGTACTGATGTAAAAGCATTTCATCTACAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggttgatcatgctttcctttttggactaacccccagtcatcctccttgtttgcagATGGCAAAGCAGACCATGGGTTTTTGCGGACAGGCCCTAAAATTCCGTACTGATGTAAAAGCATTCCATCTACAG
                       gactaac  putative branch site (score: 1)
                                    tcatcctccttgttt  putative PPT
                 ttttt  TA-rich tract