Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaaaatattactacctttgtaaaagttttctttaatatatgtcgctttgtttggtcaataattcgtcattatcggaattgtgttatttttacattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCAATGCAACATCTTGAGCAAAAATATGAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G032628_T01
intron # 18
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G032628_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 18
lower sequence: LOC_Os02g32660.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 18
aaaaatattactacctttgta--aaagttttctttaatatatgtc--gctttgtttggtcaataattcgtcattatcggaattgtgttatttttacattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCAATGCAACATCTTGAGCAAAAATATGAA
      || | | ||||| ||   |  ||  | ||  |    | |  ||    ||    ||  | || || ||          || || |  || | ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |  || |||||   ||| ||| |||||||||  
----tcatcaattcctttttattcacattaacatttgtgcgaggccagcaacattgaaccatgattttgttatggatcagtaagttttttcattgctttgtcagGGTGATGCGGACTATCTTAGGTATCGTGGCATGCTAGAGTTTGACCGCGCGATGCAGTCTCTCGAGGAAAAATATGGG

upper sequence: GRMZM2G032628_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 18
lower sequence: GLYMA03G35020.1 (Glycine max), 3'ss of exon 18
------aaaaatattactacctttgtaaaagttttctttaatatatgtcgctttgtttggtcaataattcgtcattatcggaattgtgttattt-ttacattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCAATGCAACATCTTGAGCAAAAATATGAA
        | || |   |    | | |||||         | | |   |  |||     | ||||| |||    |||    | || | || | |  | | |  |||||||||||| |||||||| || ||||  || |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||  |||| | ||  
catacagtacatgtacttgttgtcggaaaaga-------gaaaaagaacaatttacaaaggcaatagttcaaagttacaaaacttatcttctgtactgcttaatcagGGTGATGCGGACTATCTAAGATATCGAGGGATGCAAGAATTTGATCAGGCCATGCAGCATCTAGAAGAAAAGTTTGGT

upper sequence: GRMZM2G032628_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 18
lower sequence: GLYMA19G37750.2 (Glycine max), 3'ss of exon 18
aaaaatattactacctttgtaaaagttttctttaatatatgtcgctttgtttg---gtcaataattcgtcattatcggaattgtgttattt-ttacattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCAATGCAACATCTTGAGCAAAAATATGAA
   |  ||| |      ||||    || ||   ||        |  || |||    | ||||| |||    |||    | || | || | |  | | |  |||||| ||||| |||||||| || ||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| || || ||  |||| | ||  
---agcatt-cagtacatgtacttattatcggaaaagagaaaagaattatttacaaggcaatagttcaaagttacaaaacttatcttctgtacttcttaatcagGGCGATGCGGACTATCTAAGATATCAAGGGATGCAAGAATTTGATCAGGCTATGCAGCACCTAGAAGAAAAGTTTGGT

upper sequence: GRMZM2G032628_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 18
lower sequence: AT5G03650.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 18
aaaaatattactacctttgtaaaagttttctttaatatatgtcgctttgtttggtcaataattcgtcattatcggaattgtgttatttttacattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCAATGCAACATCTTGAGCAAAAATATGAA
           ||  ||  || || |||   | | || |     | ||  |      ||  |||    |  || || |     || ||   |||    |||| |||||||| ||||| || || |  ||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||  | || || |  
----------gtaagttcttacaa-tttggctgagtaca----acattactcaagatatttttctgtgtattctgattcagaatagtt---catatatagGGGGATGCAGATTATCTCAGATACCGCGGACTACAAGAATTTGATCAGGCAATGCAACATCTTGAAGAGAATTACGGT

upper sequence: GRMZM2G032628_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 18
lower sequence: Vv08s0007g03750.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 18
aaaaatattactacctttgtaaaagttttctttaatatatgtcgctttgtttggtcaataattcgtcattatcggaattgtgttatttttacattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCAATGCAACATCTTGAGCAAAAATATGAA
     || ||     ||    | |   | | |   | |   ||    | ||   |   |  ||  | ||| |   |    | |||||| |  ||   ||||| |||||||| ||||| ||||||| |||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||  
tttcctagtatggggttgtagagaaaatacatggctttccttcttccttttctttttcttgtttttaattttaaaataattattatttatgtataaccagGGGGATGCAGAGTATCTAAGGTATCGTGGACTGCAAGAATTTGATCAGGCAATGCAGCATCTTGAAGAAAAATATGGC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37381825|gb|CF627810.1|CF627810
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|32802913|gb|CD955149.1|CD955149
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGGTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|31354152|gb|CD438509.1|CD438509
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|31352159|gb|CD436516.1|CD436516
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|67017922|gb|CO446671.1|CO446671
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|24767475|gb|CA402617.1|CA402617
EST:     AGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: AGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|24765722|gb|CA400881.1|CA400881
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|24764942|gb|CA400103.1|CA400103
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|31359215|gb|CD443572.1|CD443572
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|24764657|gb|CA399821.1|CA399821
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|67015582|gb|CO444331.1|CO444331
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|67032289|gb|CO461038.1|CO461038
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|24768732|gb|CA403861.1|CA403861
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|32838528|gb|CD978206.1|CD978206
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|67042631|gb|CO468886.1|CO468886
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|24763965|gb|CA399135.1|CA399135
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|4804600|gb|AI665623.2|AI665623
EST:     GTTATG-CAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: GTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|32848466|gb|CD988147.1|CD988147
EST:     GTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: GTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|67022063|gb|CO450812.1|CO450812
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|31348898|gb|CD433255.1|CD433255
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|31358648|gb|CD443005.1|CD443005
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|31361510|gb|CD445867.1|CD445867
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|78027354|gb|DV495741.1|DV495741
EST:     GTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: GTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|67026391|gb|CO455140.1|CO455140
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|24764776|gb|CA399938.1|CA399938
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|24763853|gb|CA399024.1|CA399024
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|67023243|gb|CO451992.1|CO451992
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|31356764|gb|CD441121.1|CD441121
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|31351548|gb|CD435905.1|CD435905
EST:     TTCCATGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|32934900|gb|CF039712.1|CF039712
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|67018661|gb|CO447410.1|CO447410
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTACGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|24769475|gb|CA404604.1|CA404604
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|31350231|gb|CD434588.1|CD434588
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|32933088|gb|CF037900.1|CF037900
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGCATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|31350932|gb|CD435289.1|CD435289
EST:     TCCAGGGAACT-TCAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TCCAGGGAA-TAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|31357480|gb|CD441837.1|CD441837
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCCAAGATTTGACCTG                         AGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|67043028|gb|CO469283.1|CO469283
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|67011365|gb|CO440114.1|CO440114
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         NGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|5343127|gb|AI795537.1|AI795537
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|24765115|gb|CA400276.1|CA400276
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|24767830|gb|CA402966.1|CA402966
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|24767251|gb|CA402395.1|CA402395
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|31349259|gb|CD433616.1|CD433616
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|31352581|gb|CD436938.1|CD436938
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|6012484|gb|AW061921.1|AW061921
EST:     TATG-CAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|83278477|gb|DV942485.1|DV942485
EST:     GGAATAACAACAGTTATGACAAATTTCGTGGAAGATTTGACCTG                         GGGGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: GGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|31362258|gb|CD446615.1|CD446615
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|6564265|gb|AW231887.1|AW231887
EST:     CGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: CGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|213168446|gb|FM189757.1|FM189757
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
EST: gi|31355884|gb|CD440241.1|CD440241
EST:     TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTG                         GGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA
genomic: TTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 43 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 89

ATGGATAGATTTTCCAAGAGGTCCGCAAAGACTTCCAAGTGGTAAGTTTATTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCAATGCAACATCTTGAGCAAAAATATGAA


Block sizes: 43 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 13

ATGGATAGATTTTCCAAGAGGTCCGCAAAGACTTCCAAGTGGTAAGTTTATTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCAATGCAACATCTTGAGCAAAAATATGAA


Block sizes: 43 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 15

ATGGATAGATTTTCCAAGAGGTCCGCAAAGACTTCCAAGTGGTAAGTTTATTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCAATGCAACATCTTGAGCAAAAATATGAA


Block sizes: 43 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 316

ATGGATAGATTTTCCAAGAGGTCCGCAAAGACTTCCAAGTGGTAAGTTTATTCCAGGGAATAACAACAGTTATGACAAATGTCGTCGAAGATTTGACCTGgtaaactttc ... acattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCAATGCAACATCTTGAGCAAAAATATGAA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgtttggtcaataattcgtcattatcggaattgtgttatttttacattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCAATGCAACATCTTGAGCAAAAATATGAA
                                        tttttac  CT-rich tract
                              aattgtgttattttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aaaaatattactacctttgtaaaagttttctttaatatatgtcgctttgtttggtcaataattcgtcattatcggaattgtgttatttttacattgtcagGGTGATGCAGACTATCTTAGGTATCATGGTATGCAAGAGTTTGATCAGGCAATGCAACATCTTGAGCAAAAATATGAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
aaaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgtgtt