Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagatgacaaccgcaattcatcatctaatacgtgactattaacttcagtatgttgtttgtaacatcttatttgtattttacctcagGGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATGGAAGGAAGGTACCTCCGTGATGTATGGTGACACATCACCTCAAATAAGC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G086489_T01
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G086489_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 17
lower sequence: LOC_Os04g55960.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 17
---------------------gtagatgacaaccgca--attcatcatctaatacgtgactattaacttcagtatgt---tgtttgtaacatctta--tttgtattttacctcagGGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATGGAAGGAAGGTACCTCCGTGATGTATGGTGACAC-ATCACCTCAAATAAGC
                      |     | | |   |  ||| |||   | | |  || | | | | |   |||| |   || |  |||||  |    |||| |  ||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||| ||||     |  |   
gtagacagagagacactttgtctcatcaatatctttattatttatcgattgagagatgtcgaattagtcatgtattttcctgctcctaacacttacattttgcaccttgtttcagGGATCTTTGGATAGCTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTACAGATGGACGGCAGGTACCTCCGTGACGTATGGTGACACCATCAGAATTATCAGA-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211465903|gb|FL134195.1|FL134195
EST:     GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAG                         GGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAAAGCCTGCAGATG
genomic: GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAGgtagatgaca ... tttacctcagGGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
EST: gi|166496744|gb|EG074502.1|EG074502
EST:     CAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAG                         GGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
genomic: CAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAGgtagatgaca ... tttacctcagGGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
EST: gi|78021086|gb|DV489473.1|DV489473
EST:     GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAG                         GGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
genomic: GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAGgtagatgaca ... tttacctcagGGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
EST: gi|148970819|gb|EE021583.2|EE021583
EST:     GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAG                         GGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
genomic: GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAGgtagatgaca ... tttacctcagGGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
EST: gi|211465904|gb|FL134196.1|FL134196
EST:     GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAG                         GGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAAAAGCCTGCAGAT
genomic: GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAGgtagatgaca ... tttacctcagGGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGA-GCCTGCAGAT
EST: gi|21706290|gb|BQ635344.1|BQ635344
EST:     ACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAG                         GGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
genomic: ACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAGgtagatgaca ... tttacctcagGGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
EST: gi|6031417|gb|AW076319.1|AW076319
EST:     GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAG                         GGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
genomic: GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAGgtagatgaca ... tttacctcagGGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
EST: gi|15499663|gb|BI596176.1|BI596176
EST:     GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAG                         GGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
genomic: GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAGgtagatgaca ... tttacctcagGGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
EST: gi|67026638|gb|CO455387.1|CO455387
EST:     GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAG                         GGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
genomic: GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAGgtagatgaca ... tttacctcagGGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
EST: gi|12968725|gb|BG265671.1|BG265671
EST:     GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAG                         GGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
genomic: GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAGgtagatgaca ... tttacctcagGGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
EST: gi|60357924|gb|DN224897.1|DN224897
EST:     GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAG                         GGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
genomic: GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAGgtagatgaca ... tttacctcagGGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
EST: gi|37376046|gb|CF624519.1|CF624519
EST:     GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAG                         GGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
genomic: GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAGgtagatgaca ... tttacctcagGGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
EST: gi|15632677|gb|BI679770.1|BI679770
EST:     GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAG                         GGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
genomic: GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAGgtagatgaca ... tttacctcagGGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
EST: gi|211465906|gb|FL134198.1|FL134198
EST:     GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAG                         GGATCTTTGGA
genomic: GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAGgtagatgaca ... tttacctcagGGATCTTTGGA
EST: gi|67033233|gb|CO461982.1|CO461982
EST:     GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAG                         GGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
genomic: GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAGgtagatgaca ... tttacctcagGGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
EST: gi|37388048|gb|CF631228.1|CF631228
EST:     GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAG                         GGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
genomic: GAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAGgtagatgaca ... tttacctcagGGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
EST: gi|21809490|gb|BQ667808.1|BQ667808
EST:     AAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAG                         GGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG
genomic: AAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAGgtagatgaca ... tttacctcagGGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 355

GAACATCATCTCAAATGGTGGTTACTTATATGTTTGCGGTGATGCCAAGGGAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAGgtagatgaca ... tttacctcagGGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATGGAAGGAAGGTACCTCCGTGATGTATGGTGACACATCACCTCAAATAAGC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 503

GAACATCATCTCAAATGGTGGTTACTTATATGTTTGCGGTGATGCCAAGGGAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAGgtagatgaca ... tttacctcagGGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATGGAAGGAAGGTACCTCCGTGATGTATGGTGACACATCACCTCAAATAAGC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 676

GAACATCATCTCAAATGGTGGTTACTTATATGTTTGCGGTGATGCCAAGGGAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAGgtagatgaca ... tttacctcagGGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATGGAAGGAAGGTACCTCCGTGATGTATGGTGACACATCACCTCAAATAAGC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 671

GAACATCATCTCAAATGGTGGTTACTTATATGTTTGCGGTGATGCCAAGGGAATGGCTAGAGATGTACACAAAATGCTTCATACAATAGTCCAAGAGCAGgtagatgaca ... tttacctcagGGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATGGAAGGAAGGTACCTCCGTGATGTATGGTGACACATCACCTCAAATAAGC




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgactattaacttcagtatgttgtttgtaacatcttatttgtattttacctcagGGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATGGAAGGAAGGTACCTCCGTGATGTATGGTGACACATCACCTCAAATAAGC
                                            ttttacctc  CT-rich tract
                            taacatcttatttgta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtagatgacaaccgcaattcatcatctaatacgtgactattaacttcagtatgttgtttgtaacatcttatttgtattttacctcagGGATCTTTGGATAACTCCAAAACCGAGAGCTATGTAAAGAGCCTGCAGATGGAAGGAAGGTACCTCCGTGATGTATGGTGACACATCACCTCAAATAAGC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA