Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagttcttatttaatgtagttccagtttttttataaatattaacagaaaaattgaaaaaaaaacatgcactggtttcagGTCCTTAATTTGTCAGAACAAGATGCTGTTGGTCCAATCTTAATAAATCTCTTAGTAAGGCTGCGAAATCTTCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G086093_T02
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G086093_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 17
lower sequence: LOC_Os03g05330.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 23
gtgagttctt--atttaatgtagttccagtt-------tttttataaatatt-------aacagaaaaattgaa----aaaaaaacatgcactggtttcagGTCCTTAATTTGTCAGAACAAGATGCTGTTGGTCCAATCTTAATAAATCTCTTAGTAAGGCTGCGAAATCTTCAG
||||||||||  ||| | |  | | | | ||       |||  ||  || ||        || ||| |||||||    || |   |||| ||   |||||||| |||||| ||||||||||||||||  |||  ||| | ||||| ||||| ||||||||||| || ||||| |||
gtgagttcttcaattgattacaatgcaaattgcctccatttccatttattttccaatttgactgaataattgaatgccaatatgccatgaaccactttcagGTTCTTAATGTGTCAGAACAAGATGCCATTGACCCAGTTTTAATCAATCTTTTAGTAAGGCTACGCAATCTCCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67025348|gb|CO454097.1|CO454097
EST:     TCAATTAACTGCTGTCCAATGCTTGTTAAAT                         GTCCTTAATTTGTCAGAACAAGATGCTGTTGGTCCAATCTTAATAAATCTC
genomic: TCAATTAACTGCTGTCCAATGCTTGTTAAATgtgagttctt ... ctggtttcagGTCCTTAATTTGTCAGAACAAGATGCTGTTGGTCCAATCTTAATAAATCTC
EST: gi|31354548|gb|CD438905.1|CD438905
EST:     AAGACCCCAACGAGTCTGTTCAATTAACTGCTGTCCAATGCTTGTTAAAT                         GTCCTTAATTTGTCAGAACAAGATGCTGTTGGTCCAATCTTAATAAATCTC
genomic: AAGACCCCAACGAGTCTGTTCAATTAACTGCTGTCCAATGCTTGTTAAATgtgagttctt ... ctggtttcagGTCCTTAATTTGTCAGAACAAGATGCTGTTGGTCCAATCTTAATAAATCTC
EST: gi|67021578|gb|CO450327.1|CO450327
EST:     CGAGTCTGTTCAATTAACTGCTGTCCAATGCTCGTTAAAT                         GTCCTTAATTTGTCAGAACAAGATGCTGTTGGTCCAATCTTAATAAATCTC
genomic: CGAGTCTGTTCAATTAACTGCTGTCCAATGCTTGTTAAATgtgagttctt ... ctggtttcagGTCCTTAATTTGTCAGAACAAGATGCTGTTGGTCCAATCTTAATAAATCTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttttttataaatattaacagaaaaattgaaaaaaaaacatgcactggtttcagGTCCTTAATTTGTCAGAACAAGATGCTGTTGGTCCAATCTTAATAAATCTCTTAGTAAGGCTGCGAAATCTTCAG
             tattaac  putative branch site (score: 1)
     tttataaatattaaca  TA-rich tract