Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tagcttgactatggttgtatcttgcatcttttcttgtaactgcatagtacttgcaacaacttcattggtttgattaccatccttctgccgttgctttcagTTTCTAACAAGGGTTGGTTTGGAATGCACTGATCTTGAGGCGATATTGGTCAAGGATCGCGTTCTTACAAATGAGT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G042074_T01
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67017525|gb|CO446274.1|CO446274
EST:     GAGATATTGAAGTCCTTAAAGGAAATGCAAACATTTCAAAAATGCGTTCT                         TTTCTAACAAGGGTTGGTTTGGAATGCACTGATCTTGAGGCGATATTGGTC
genomic: GAGATATTGAAGTCCTTAAAGGAAATGCAAACATTTCAAAAATGCGTTCTgtaagtatta ... ttgctttcagTTTCTAACAAGGGTTGGTTTGGAATGCACTGATCTTGAGGCGATATTGGTC
EST: gi|67033220|gb|CO461969.1|CO461969
EST:     GAGATATTGAAGTCCTTAAAGGAAATGCAAACATTTCAAAAATGCGCTCT                         TTTCTAACAAGGGTTGGTTTGGAATGCACTGATCTTGAGGCGATATTGGTC
genomic: GAGATATTGAAGTCCTTAAAGGAAATGCAAACATTTCAAAAATGCGTTCTgtaagtatta ... ttgctttcagTTTCTAACAAGGGTTGGTTTGGAATGCACTGATCTTGAGGCGATATTGGTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agtacttgcaacaacttcattggtttgattaccatccttctgccgttgctttcagTTTCTAACAAGGGTTGGTTTGGAATGCACTGATCTTGAGGCGATATTGGTCAAGGATCGCGTTCTTACAAATGAGT
                      gtttgat  putative branch site (score: 5)
                                             ttgctttc  putative PPT
                       tttgatta  TA-rich tract