Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtcatgttttttactacttatcatttaggactaaattgttccatctatgcatttcaattttccataaattgagtctttttgctttttcatccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGTGTTGTCCCAGACGGTAAATGATACCCGTGTCTTGTTTGGAGGCGGATGG

Basic information

species Zea mays
transcript EF517601.1_FGT012
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: EF517601.1_FGT012 (Zea mays), 3'ss of exon 17
lower sequence: LOC_Os03g42220.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
gtatgtcatgttttttactacttatcatt-taggactaaattgttccatctatgcatttcaattttccataaattgagtctttttgctttttcatccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGTGTTGTCCCAGACGGTAAATGATACCCGTGTCTTGTTTGGAGGCGGATGG
||||| | | ||| ||   ||  ||| || |    |  |||| |   || |    || |   ||||  |   | |   | | | || ||||   |  || ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| || ||| | |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || || |||
gtatgccttttttgttcacacgcatccttgtgtagcataattttgtaattttcatatgt---ttttatacgtactatatttatgtgtttttgt-tttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGTGCTTTCCCAGACAGTAAATGACACCCGTGTCTTATTTGGGGGTGGTTGG

upper sequence: EF517601.1_FGT012 (Zea mays), 3'ss of exon 17
lower sequence: GLYMA11G19220.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
gtatgtcatgttttttactacttatcatttaggactaaattgttccatctatgcatttcaattttccataaattgagtctttttgctttttcatccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGTGTTGTCCCAGACGGTAAATGATACCCGTGTCTTGTTTGGAGGCGGATGG
|  |    ||  |      || | |  |||   |  ||| ||    ||  |||  |||   |  |       || ||| |      | |    |   | |||  | ||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | || ||||| || ||||| |   | || ||| ||||||| || |||
gctttctttgcatgggtagacatcttttttttcaacaaactgga--atgaatgtttttttttcatttgctctttaagtatgacatatctacttttgtttcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAAAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGCGTGCTATCTCAGACTGTCAATGACAGTAGAGTGTTGCTTGGAGGTGGGTGG

upper sequence: EF517601.1_FGT012 (Zea mays), 3'ss of exon 17
lower sequence: GLYMA12G09250.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
---gtatgtcatgttttttactacttatcatttaggactaaattgttccatctatgcatttcaatttt-ccataaattgagtctttttgctttttcatccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGTGTTGTCCCAGACGGTAAATGATACCCGTGTCTTGTTTGGAGGCGGATGG
    ||||      |    |    || |  |||   || || |||    |  | |   ||||| ||   |  ||| |    | | | | |||||       |||||  | ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | || ||||| || ||||| | | | || ||| ||||||| || |||
tttctatgcatgaatagacatcttttttttttttcaacaaacttgaatgaa-tgtttttttcatttgcactctaagtatgatatgtctacttttgt-----tgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGTGCTATCTCAGACTGTCAATGACAGCAGGGTGTTGCTTGGAGGTGGGTGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32840684|gb|CD980365.1|CD980365
EST:     TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAG                         TGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
genomic: TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
EST: gi|21390061|gb|BQ528110.1|BQ528110
EST:     TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAG                         TGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
genomic: TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
EST: gi|211264489|gb|FL417908.1|FL417908
EST:     TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAG                         TGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
genomic: TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
EST: gi|211254800|gb|FL420515.1|FL420515
EST:     TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAG                         TGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
genomic: TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
EST: gi|211486981|gb|FL134662.1|FL134662
EST:     TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAG                         TGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCC
genomic: TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCC
EST: gi|32839735|gb|CD979416.1|CD979416
EST:     TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAG                         TGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
genomic: TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
EST: gi|211119928|gb|FL373605.1|FL373605
EST:     TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAG                         TGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
genomic: TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
EST: gi|211486984|gb|FL134665.1|FL134665
EST:     TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAG                         TGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
genomic: TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
EST: gi|211489858|gb|FL134672.1|FL134672
EST:     TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAG                         TGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGA
genomic: TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGA
EST: gi|20803237|gb|BQ294287.1|BQ294287
EST:     TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAG                         TGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
genomic: TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
EST: gi|60343692|gb|DN210665.1|DN210665
EST:     TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAG                         TGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
genomic: TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
EST: gi|211238232|gb|FL378073.1|FL378073
EST:     TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAG                         TGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
genomic: TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
EST: gi|67015042|gb|CO443791.1|CO443791
EST:     TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAG                         TGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
genomic: TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
EST: gi|28931187|gb|CB334548.1|CB334548
EST:     TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAG                         TGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
genomic: TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
EST: gi|32841461|gb|CD981142.1|CD981142
EST:     TCTGGGGTTGCGATGGGGCGGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAG                         TGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
genomic: TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
EST: gi|78110436|gb|DV528848.1|DV528848
EST:     TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAG                         TGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
genomic: TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
EST: gi|211486988|gb|FL134669.1|FL134669
EST:     TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAG                         TGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
genomic: TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
EST: gi|32841168|gb|CD980849.1|CD980849
EST:     TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAG                         TGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
genomic: TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
EST: gi|22542125|gb|BU092563.1|BU092563
EST:     TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAG                         TGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
genomic: TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
EST: gi|31364541|gb|CD448896.1|CD448896
EST:     TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAG                         TGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
genomic: TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
EST: gi|32841127|gb|CD980808.1|CD980808
EST:     TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAG                         TGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
genomic: TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
EST: gi|14883531|gb|BI273400.1|BI273400
EST:     TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAG                         TGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
genomic: TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
EST: gi|84976683|gb|DW475105.1|DW475105
EST:     TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAG                         TGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
genomic: TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
EST: gi|67010604|gb|CO439353.1|CO439353
EST:     TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAG                         TGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
genomic: TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
EST: gi|20507287|gb|BQ279565.1|BQ279565
EST:     TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAG                         TGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT
genomic: TCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 448

GCAAGGTCATTGAAGAGATTATGATTGGGGAGGACAGGCTAATCCATTTCTCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGTGTTGTCCCAGACGGTAAATGATACCCGTGTCTTGTTTGGAGGCGGATGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 248

GCAAGGTCATTGAAGAGATTATGATTGGGGAGGACAGGCTAATCCATTTCTCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGTGTTGTCCCAGACGGTAAATGATACCCGTGTCTTGTTTGGAGGCGGATGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 262

GCAAGGTCATTGAAGAGATTATGATTGGGGAGGACAGGCTAATCCATTTCTCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGTGTTGTCCCAGACGGTAAATGATACCCGTGTCTTGTTTGGAGGCGGATGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 216

GCAAGGTCATTGAAGAGATTATGATTGGGGAGGACAGGCTAATCCATTTCTCTGGGGTTGCGATGGGGCAGGCTTGCACCATTGTCCTAAGGGGGGCTAGgtatgtcatg ... atccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGTGTTGTCCCAGACGGTAAATGATACCCGTGTCTTGTTTGGAGGCGGATGG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctatgcatttcaattttccataaattgagtctttttgctttttcatccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGTGTTGTCCCAGACGGTAAATGATACCCGTGTCTTGTTTGGAGGCGGATGG
                              tctttttgctttttca  CT-rich tract
            aattttccataaatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtcatgttttttactacttatcatttaggactaaattgttccatctatgcatttcaattttccataaattgagtctttttgctttttcatccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGTGTTGTCCCAGACGGTAAATGATACCCGTGTCTTGTTTGGAGGCGGATGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG