Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtaatggacaacattttaatttttctggtcttttcaaattttctgtagtctatgaaatgcgaataaaaccagattgattttcttaggcttatgtcctagttgttctgctgaaggaacatgaattggcttcaatctttttgaattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAATCCCAACAAGGAGGTTCTCGAGAGTTGGGCTGCAGCAAATGGAATAAGTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G861300_T01
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G861300_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 16
lower sequence: LOC_Os01g46750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
gtatgtaatggacaacattttaatttttctggtcttttcaaattttctgtagtctatgaaatgcgaataaaaccagattgattttcttaggcttatgtcctagttgttctgctgaaggaacatgaa----------ttggcttcaatctttttgaattt---tttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAATCCCAACAAGGAGGTTCTCGAGAGTTGGGCTGCAGCAAATGGAATAAGTG
|||| |      |  | ||| || || |||| || ||  |  | |||||     |      |||   |        ||  ||       || | ||  |||  |  ||||||| ||  ||  ||||           ||  ||   | ||||||||  |   || |||||||| |||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |   | ||||| |||||||||||||||||||| ||||
gtatatggctatctgc-tttaaagttctctgctccttaaatttattctgcgacattgtttttgcctttttggtatcataaatgactgatgggtcattaccttctgtttctgctaaaacaatttgaaaaactttcctctgttttttttttttttgaacatctgttcagATATGGGTATATGGGAATAGCTTTGAGTCATTCCTTGTTGCTGTGGTCAATCCAAACAAGGAAGCATTGGAGAGCTGGGCTGCAGCAAATGGAATCAGTG

upper sequence: GRMZM5G861300_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 16
lower sequence: AT4G11030.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 16
-----------------------gtatgtaatggacaacattttaat--ttttctggtcttttcaaattttctgt-agtctatgaaatgcgaataaaaccagatt---gattt--tcttaggcttatgtcctagttgttctgctgaaggaacatgaattggcttcaatctttttgaattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAATCCCAACAAGGAGGTTCTCGAGAGTTGGGCTGCAGCAAATGGAATAAGTG
                        | | |||| |  |   ||| | |  ||| |  |||    | ||||  |  | ||| |||   |||  | | | |   || |   ||| |  |||||  || ||||   | |  |     |   |   | |  ||   | ||||| | ||    ||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  | |  || ||   | |  |   ||| ||  | |||||||  |  |||||| | | ||
gtaagttgaactctaccccattgatttataattgtta-tgtttcactggtttccaagtcaaaactaattggcaatgagtatattgtatgtcatttatatatgactctagatctcctcttactctcatgtgagattcctaagaatattgtttcttacatcttcatcaatatgtt----tttattagATATGGGTATATGGAAACAGCTTTGAGTCCTTCCTTGTCGCAATCGCTAACCCGGCCCAACAAACTCTTGAACGATGGGCTGTGGAGAATGGAGTGAATG

upper sequence: GRMZM5G861300_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 16
lower sequence: Vv02s0025g01410.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 16
gtatgtaatggacaacattttaatttttctggtcttttcaaattttctgtagtctatgaaat-gcgaataaaaccagattgattttcttaggcttatgtcctagttgttctgctgaaggaacatgaattggcttcaatctttttgaattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAATCCCAACAAGGAGGTTCTCGAGAGTTGGGCTGCAGCAAATGGAATAAGTG
                                                   ||  ||    | ||  ||          |||| || ||   || ||     |  |||  || |  |       ||| |   | |  ||||||      ||  |||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||| |  || |||||  || | |  || ||  | ||||||  ||  ||    ||   ||
--------------------------------------------------ggtaaataggtttgctgatttttggttcctgatattgttccactcatcagaaatctgtagtgtttgactc-tgagaactatttcccctcttttaa----ttgcagATATGGATTTACGGCAACAGCTTTGAGTCCTTCCTTGTTGCTGTTGCTAACCCCAATCAGCAAGCACTTGAACGGTGGGCTAAAGAGAACAATATTTCTG

upper sequence: GRMZM5G861300_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 16
lower sequence: EFJ25426 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 16
gtatgtaatggacaacattttaatttttctggtcttttcaaattttctgtagtctatgaaatgcgaataaaaccagattgattttcttaggcttatgtcctagttgttctgctgaaggaacatgaattggcttcaatctttttgaattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAATCCCAACAAGGAGGTTCTCGAGAGTTGGGCTGCAGCAAATGGAATAAGTG
                                                                                            |||  | | |   |  |    ||     |    |||  || |   | ||| ||    |  ||||||||||||||||||||||||| || || ||  | || || || || |  || ||| |||  |  |||||   ||||||    | ||| |   | |  |
-------------------------------------------------------------------------------------------gttagttgccatgcgagc-atcgagattgccaatattaactgctgccctttcga----tccagATATGGATATATGGGAACAGCTTCGAATCTTTCTTGGTCGCCGTTGTTATCCCGAACGAGGCAGCGCTCGATGCTTGGGCCAAGGAAAACGACGTCAAGG

upper sequence: GRMZM5G861300_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 16
lower sequence: EFJ23443 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 16
gtatgtaatggacaacattttaatttttctggtcttttcaaattttctgtagtctatgaaatgcgaataaaaccagattgattttcttaggcttatgtcctagttgttctgctgaaggaacatgaattggcttcaatctttttgaattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAATCCCAACAAGGAGGTTCTCGAGAGTTGGGCTGCAGCAAATGGAATAAGTG
                                                                                            |||  | | |   |  |    ||     |    |||  || |     ||| ||    |  ||||||||||||||||||||||||| || || ||  | || || || || |  || ||| |||  |  |||||   ||||||    | ||| |   | |  |
-------------------------------------------------------------------------------------------gttagttgccatgcgagc-atcgagattgccaatattaactgctgatctttcga----tccagATATGGATATATGGGAACAGCTTCGAATCTTTCTTGGTCGCCGTTGTTATCCCGAACGAGGCAGCGCTCGATGCTTGGGCCAAGGAAAACGATGTCAAGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32930132|gb|CF034944.1|CF034944
EST:     CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCG                         ATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
genomic: CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCGgtatgtaatg ... aattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
EST: gi|32867684|gb|CF007366.1|CF007366
EST:     CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCG                         ATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
genomic: CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCGgtatgtaatg ... aattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
EST: gi|60354962|gb|DN221935.1|DN221935
EST:     CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCG                         ATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
genomic: CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCGgtatgtaatg ... aattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
EST: gi|60349480|gb|DN216453.1|DN216453
EST:     CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCG                         ATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
genomic: CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCGgtatgtaatg ... aattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
EST: gi|37375449|gb|CF624162.1|CF624162
EST:     AG-TGNAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCG                         ATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
genomic: AGTTG-AAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCGgtatgtaatg ... aattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
EST: gi|5871186|gb|AW017657.1|AW017657
EST:     CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGACTTGTTTCTGCTATAGACTCG                         ATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
genomic: CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCGgtatgtaatg ... aattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
EST: gi|32933924|gb|CF038736.1|CF038736
EST:     CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCG                         ATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
genomic: CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCGgtatgtaatg ... aattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
EST: gi|60341396|gb|DN208369.1|DN208369
EST:     CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCG                         ATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
genomic: CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCGgtatgtaatg ... aattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
EST: gi|9825060|gb|BE575262.1|BE575262
EST:     ATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCG                         ATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
genomic: ATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCGgtatgtaatg ... aattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
EST: gi|60348658|gb|DN215631.1|DN215631
EST:     CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCG                         ATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
genomic: CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCGgtatgtaatg ... aattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
EST: gi|60348666|gb|DN215639.1|DN215639
EST:     CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCG                         ATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
genomic: CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCGgtatgtaatg ... aattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
EST: gi|5650372|gb|AI920732.1|AI920732
EST:     CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGACTTGTTTCTGCTATAGACTCG                         ATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
genomic: CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCGgtatgtaatg ... aattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
EST: gi|21987161|gb|BQ778689.1|BQ778689
EST:     CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCG                         ATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
genomic: CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCGgtatgtaatg ... aattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
EST: gi|71431663|gb|DR812713.1|DR812713
EST:     CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCG                         ATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
genomic: CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCGgtatgtaatg ... aattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
EST: gi|7227832|gb|AW566473.1|AW566473
EST:     TCTGCTATAGACTCG                         ATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
genomic: TCTGCTATAGACTCGgtatgtaatg ... aattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
EST: gi|60355518|gb|DN222491.1|DN222491
EST:     CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCG                         ATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
genomic: CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCGgtatgtaatg ... aattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
EST: gi|26558144|gb|CA830379.1|CA830379
EST:     CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCC                         ATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
genomic: CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCGgtatgtaatg ... aattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
EST: gi|32868239|gb|CF007921.1|CF007921
EST:     CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCG                         ATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
genomic: CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCGgtatgtaatg ... aattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
EST: gi|32867685|gb|CF007367.1|CF007367
EST:     CAGGTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCG                         ATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
genomic: CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCGgtatgtaatg ... aattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
EST: gi|28982597|gb|BQ538182.2|BQ538182
EST:     CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCG                         ATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT
genomic: CAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCGgtatgtaatg ... aattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 90

CATAGACCGTAAAAAGAATATATTCAAACTTTCACAGGGTGAATATGTGGCAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCGgtatgtaatg ... aattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAATCCCAACAAGGAGGTTCTCGAGAGTTGGGCTGCAGCAAATGGAATAAGTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 146

CATAGACCGTAAAAAGAATATATTCAAACTTTCACAGGGTGAATATGTGGCAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCGgtatgtaatg ... aattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAATCCCAACAAGGAGGTTCTCGAGAGTTGGGCTGCAGCAAATGGAATAAGTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 119

CATAGACCGTAAAAAGAATATATTCAAACTTTCACAGGGTGAATATGTGGCAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCGgtatgtaatg ... aattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAATCCCAACAAGGAGGTTCTCGAGAGTTGGGCTGCAGCAAATGGAATAAGTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 66

CATAGACCGTAAAAAGAATATATTCAAACTTTCACAGGGTGAATATGTGGCAGTTGAAAATTTGGAGAATGTTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGACTCGgtatgtaatg ... aattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAATCCCAACAAGGAGGTTCTCGAGAGTTGGGCTGCAGCAAATGGAATAAGTG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctagttgttctgctgaaggaacatgaattggcttcaatctttttgaattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAATCCCAACAAGGAGGTTCTCGAGAGTTGGGCTGCAGCAAATGGAATAAGTG
                                               tttttt  CT-rich tract
                                ttcaatctttttgaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtaatggacaacattttaatttttctggtcttttcaaattttctgtagtctatgaaatgcgaataaaaccagattgattttcttaggcttatgtcctagttgttctgctgaaggaacatgaattggcttcaatctttttgaattttttagATATGGATATATGGGAACAGCTTTGAGTCCTTTCTTGTTGCTGTGGTCAATCCCAACAAGGAGGTTCTCGAGAGTTGGGCTGCAGCAAATGGAATAAGTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG