Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...attttgtcgtttcttatgattgaaatgctaggctaccagaataacattctccatagtccctatttgtactatcgaggttactaatatttcttgtttgtagTTTTGCAGATGCTATGTGAATCATGTAAATTATTGCTTTGGCCAGATGCATGTACAGATCCATGAATTTCTTTATTCTTTGTTAGACTAGTCACAGTCCA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G459642_T01
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60353564|gb|DN220537.1|DN220537
EST:     TACTTCTGGCTGTGTTTATTGCAGAGAACCTGAAGATGTTCCGAACTAAG                         TTTTGCAGATGCTATGTGAATCATGTAAATTATTGCTTTGGCCAGATGCAT
genomic: TACTTCTGGCTGTGTTTATTGCAGAGAACCTGAAGATGTTCCGAACTAAGgtatgtcctt ... ttgtttgtagTTTTGCAGATGCTATGTGAATCATGTAAATTATTGCTTTGGCCAGATGCAT
EST: gi|60401545|gb|DN234352.1|DN234352
EST:     TACTTCTGGCTGTGTTTATTGCAGAGAACCTGAAGATGTTCCGAACTAAG                         TTTTGCAGATGCTATGTGAATCATGTAAATTATTGCTTTGGCCAGATGCAT
genomic: TACTTCTGGCTGTGTTTATTGCAGAGAACCTGAAGATGTTCCGAACTAAGgtatgtcctt ... ttgtttgtagTTTTGCAGATGCTATGTGAATCATGTAAATTATTGCTTTGGCCAGATGCAT
EST: gi|6539112|gb|AW225251.1|AW225251
EST:     TACTTCTGGCTGTGTTTATTGCAGAGAACCTGAAGATGTTCCGAACT-A-                         ------AGATGCTATGTGAATCATGTAAATTATTGCTTTGGCCAGATGCAT
genomic: TACTTCTGGCTGTGTTTATTGCAGAGAACCTGAAGATGTTCCGAACTAAGgtatgtcctt ... ttgtttgtagTTTTGCAGATGCTATGTGAATCATGTAAATTATTGCTTTGGCCAGATGCAT
EST: gi|4827750|gb|AI668442.1|AI668442
EST:     TACTTCTGGCTGTGTTTATTGCAGAGAACCTGAAGATGTTCCGAACTAAG                         TTTTGCAGATGCTATGTGAATCATGTAAATTATTGCTTTGGCCAGATGCAT
genomic: TACTTCTGGCTGTGTTTATTGCAGAGAACCTGAAGATGTTCCGAACTAAGgtatgtcctt ... ttgtttgtagTTTTGCAGATGCTATGTGAATCATGTAAATTATTGCTTTGGCCAGATGCAT
EST: gi|211383655|gb|FL455017.1|FL455017
EST:     TACTTCTGGCTGTGTTTATTGCAGAGAMCCTGAAGATGTTCCGAACTAAG                         TTTTGCAGATGCTATGTGAATCATGTAAATTATTGCTTTGGCCAGATGCAT
genomic: TACTTCTGGCTGTGTTTATTGCAGAGAACCTGAAGATGTTCCGAACTAAGgtatgtcctt ... ttgtttgtagTTTTGCAGATGCTATGTGAATCATGTAAATTATTGCTTTGGCCAGATGCAT
EST: gi|211459204|gb|FL184384.1|FL184384
EST:     TACTTCTGGCTGTGTTTATTGCAGAGAACCTGAAGATGTTCCGAACTAAG                         TTTTGCAGATGCTATGTGAATCATGTAAATTATTGCTTTGGCCAGATGCAT
genomic: TACTTCTGGCTGTGTTTATTGCAGAGAACCTGAAGATGTTCCGAACTAAGgtatgtcctt ... ttgtttgtagTTTTGCAGATGCTATGTGAATCATGTAAATTATTGCTTTGGCCAGATGCAT
EST: gi|60399844|gb|DN232654.1|DN232654
EST:     TACTTCTGGCTGTGTTTATTGCAGAGAACCTGAAGATGTTCCGAACTAAG                         ------A--TGCTATGTGAATCATGTAAATTATTGCTTTGGCCAGATGCAT
genomic: TACTTCTGGCTGTGTTTATTGCAGAGAACCTGAAGATGTTCCGAACTAAGgtatgtcctt ... ttgtttgtagTTTTGCAGATGCTATGTGAATCATGTAAATTATTGCTTTGGCCAGATGCAT
EST: gi|33091264|gb|CF051258.1|CF051258
EST:     TACTTCTGGCTGTGTTTATTGCAGAGAACCTGAAGATGTTCCGAACTAAG                         TTTTGCAGATGCTATGTGAATCATGTAAATTATTGCTTTGGCCAGATGCAT
genomic: TACTTCTGGCTGTGTTTATTGCAGAGAACCTGAAGATGTTCCGAACTAAGgtatgtcctt ... ttgtttgtagTTTTGCAGATGCTATGTGAATCATGTAAATTATTGCTTTGGCCAGATGCAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attctccatagtccctatttgtactatcgaggttactaatatttcttgtttgtagTTTTGCAGATGCTATGTGAATCATGTAAATTATTGCTTTGGCCAGATGCATGTACAGATCCATGAATTTCTTTATTCTTTGTTAGACTAGTCACAGTCCA
                                 tactaat  putative branch site (score: 1)
                                         tttcttgttt  CT-rich tract
                                ttactaatatttctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
attttgtcgtttcttatgattgaaatgctaggctaccagaataacattctccatagtccctatttgtactatcgaggttactaatatttcttgtttgtagTTTTGCAGATGCTATGTGAATCATGTAAATTATTGCTTTGGCCAGATGCATGTACAGATCCATGAATTTCTTTATTCTTTGTTAGACTAGTCACAGTCCA

- - - - - - - - - - tgaaatg
- - - - - - - - - - - - - - - -gctacca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cattctc