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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgatacttctgttcttttgttgctttcatgtgaatcatataataattgatctttcttccagATATCAAAAAGCGAATACTGAAGGACATATCCAGAGAAGACGATGTAGAATCCAGCACGAGAAAGCTTGTTAATCAGGTTGCTAAGATAAATGATGAGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G440916_T02
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78075394|gb|DV503828.1|DV503828
EST:     TGCGATGAGATACCACAAGAAGACACGAGAAGAGATACAAAGACGTGTTG                         ATATCAAAAAGCGAATACTGAAGGACATATCCAGAGAAGACGATGTAGAAT
genomic: TGCGATGAGATACCACAAGAAGACACGAGAAGAGATACAAAGACGTGTTGgtatgatact ... tttcttccagATATCAAAAAGCGAATACTGAAGGACATATCCAGAGAAGACGATGTAGAAT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttctgttcttttgttgctttcatgtgaatcatataataattgatctttcttccagATATCAAAAAGCGAATACTGAAGGACATATCCAGAGAAGACGATGTAGAATCCAGCACGAGAAAGCTTGTTAATCAGGTTGCTAAGATAAATGATGAGAG
                                     aattgat  putative branch site (score: 4)
                                       ttgatctttcttcc  CT-rich tract
                          aatcatataataattg  TA-rich tract