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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gaatctctccttttgtttttttgttatgtatttagtttctattaatattaatctatgcaatgtgactatatcccataccactaccatatcatatttacagTTTCAACGATAGAATCCGTGATGCTATAAATGGTGGCAGTCCGTTTGGGAATCCACTGCAACAAGGTTTCTCTACTGGATTGTTCTTAGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G158043_T02
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60396203|gb|DN229072.1|DN229072
EST:     CGTGGGATAAATGGATCCCAGCTAAATATGAGTGGCACTGGGATTGGTAG                         TTTCAACGATAGAATCCGTGATGCTATAAATGGTGGCAGTCCGTTTGGGAA
genomic: CGTGGGATAAATGGATCCCAGCTAAATATGAGTGGCACTGGGATTGGTAGgtaagtttaa ... atatttacagTTTCAACGATAGAATCCGTGATGCTATAAATGGTGGCAGTCCGTTTGGGAA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattaatctatgcaatgtgactatatcccataccactaccatatcatatttacagTTTCAACGATAGAATCCGTGATGCTATAAATGGTGGCAGTCCGTTTGGGAATCCACTGCAACAAGGTTTCTCTACTGGATTGTTCTTAGAG
                                        atatcatatttaca  TA-rich tract