Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtggcatgaactagctctctccctttttactcaaatccacagtttgcctatgtacttcctggttgcactcatataagctgctgcatttttgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G081682_T01
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G081682_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 16
lower sequence: LOC_Os07g47290.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
gtgagtggcatgaactagctctctccctttttactcaaatccacagtttgcctatgtacttcctggttgcactcatataagctgctgcatttttgtttaac---agGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
    |||   |||| ||    | |      ||  |  | ||      ||  | || |  | |        | ||||   || ||     ||||  | |      ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
----gtgagttgaattaataatatgttgccttgatatattcaggtaattatcaatatgatact-------attcatg--agttgtaatgttttgatatggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32908733|gb|CF013546.1|CF013546
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|211073602|gb|FL380705.1|FL380705
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|5762062|gb|AI967110.1|AI967110
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|24764290|gb|CA399456.1|CA399456
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|211046951|gb|FL455967.1|FL455967
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|6095640|gb|AW120307.1|AW120307
EST:     TGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGCCTTGCACCTGGTGGTTTCANACTTTAATGCCAAATT
genomic: TGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCA-ACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|4688570|gb|AI637240.1|AI637240
EST:     CATTGCA-AGGCTA-TTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCNCCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: CATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|26559536|gb|CA831771.1|CA831771
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGG-GGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|32916469|gb|CF021281.1|CF021281
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|6194746|gb|AW146850.1|AW146850
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|87155905|gb|DY400694.1|DY400694
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|211046948|gb|FL455964.1|FL455964
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|7145170|gb|AW506651.1|AW506651
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|211046950|gb|FL455966.1|FL455966
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|32866939|gb|CF006621.1|CF006621
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|33104022|gb|CF063982.1|CF063982
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|74232803|gb|DT640717.1|DT640717
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|5846747|gb|AI999830.1|AI999830
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGC
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGC
EST: gi|60358930|gb|DN225903.1|DN225903
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|22715090|gb|BU197572.1|BU197572
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|22715088|gb|BU197571.1|BU197571
EST:     ATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCCCCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: ATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|60398484|gb|DN231300.1|DN231300
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|211313620|gb|FL416741.1|FL416741
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|32909378|gb|CF014190.1|CF014190
EST:     GACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: GACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|31250143|gb|CD219167.1|CD219167
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|21331635|gb|BQ487016.1|BQ487016
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACCTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|76014001|gb|DT941171.1|DT941171
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|211371193|gb|FL385803.1|FL385803
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|211434578|gb|FL418942.1|FL418942
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTNAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgcctatgtacttcctggttgcactcatataagctgctgcatttttgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
                                         tttttgttt  CT-rich tract
                                        atttttgtttaaca  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgagtggcatgaactagctctctccctttttactcaaatccacagtttgcctatgtacttcctggttgcactcatataagctgctgcatttttgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG