1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' |
gtaacattacaaaaggtcttacaaagtaactaacattacagatgctgtagaatgtatggtccttttattgccataacttgcaagttctactttatgcagGGCTGATGGATTAGAAAACATGTCGCATGGCTTTGCACCCAAGAAGCCTAAACAATCTGATTCTATTGCAGTGAAGGAGAAATTTATTCATGCCAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G059225_T02 |
intron # | 16 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAAGAAATGTTACCTTCATCAAGCTGTGTTGACCATGGTGATATTTCAAG GGCTGATGGATTAGAAAACATGTCGCATGGCTTTGCACCCAAGAAGCCTAAEST: gi|31361423|gb|CD445780.1|CD445780
genomic: GAAGAAATGTTACCTTCATCAAGCTGTGTTGACCATGGTGATATTTCAAGgtaacattac ... ctttatgcagGGCTGATGGATTAGAAAACATGTCGCATGGCTTTGCACCCAAGAAGCCTAA
EST: GAAGAAATGTTACCTTCATCAAGCTGTGTTGACCATGGTGATATTTCAAG GGCTGATGGATTAGAAAACATGTCGCATGGCTTTGCACCCAAGAAGCCTAAEST: gi|93016491|gb|EB642011.1|EB642011
genomic: GAAGAAATGTTACCTTCATCAAGCTGTGTTGACCATGGTGATATTTCAAGgtaacattac ... ctttatgcagGGCTGATGGATTAGAAAACATGTCGCATGGCTTTGCACCCAAGAAGCCTAA
EST: GAAGAAATGTTACCTTCATCAAGCTGTGTTGACCATGGTGATATTTCAAG GGCTGATGGATTAGAAAACATGTCGCATGGCTTTGCACCCAAGAAGCCTAAEST: gi|60338936|gb|DN205909.1|DN205909
genomic: GAAGAAATGTTACCTTCATCAAGCTGTGTTGACCATGGTGATATTTCAAGgtaacattac ... ctttatgcagGGCTGATGGATTAGAAAACATGTCGCATGGCTTTGCACCCAAGAAGCCTAA
EST: GAAGAAATGTTACCTTCATCAAGCTGTGTTGACCATGGTGATATTTCAAG GGCTGATGGATTAGAAAACATGTCGCATGGCTTTGCACCCAAGAAGCCTAAEST: gi|60354506|gb|DN221479.1|DN221479
genomic: GAAGAAATGTTACCTTCATCAAGCTGTGTTGACCATGGTGATATTTCAAGgtaacattac ... ctttatgcagGGCTGATGGATTAGAAAACATGTCGCATGGCTTTGCACCCAAGAAGCCTAA
EST: GAAGAAATGTTACCTTCATCAAGCTGTGTTGACCATGGTGATATTTCAAG GGCTGATGGATTAGAAAACATGTCGCATGGCTTTGCACCCAAGAAGCCTAAEST: gi|60337093|gb|DN204066.1|DN204066
genomic: GAAGAAATGTTACCTTCATCAAGCTGTGTTGACCATGGTGATATTTCAAGgtaacattac ... ctttatgcagGGCTGATGGATTAGAAAACATGTCGCATGGCTTTGCACCCAAGAAGCCTAA
EST: GAAGAAATGTTACCTTCATCAAGCTGTGTTGACCATGGTGATATTTCAAG GGCTGATGGATTAGAAAACATGTCGCATGGCTTTGCACCCAAGAAGCCTAAEST: gi|60354512|gb|DN221485.1|DN221485
genomic: GAAGAAATGTTACCTTCATCAAGCTGTGTTGACCATGGTGATATTTCAAGgtaacattac ... ctttatgcagGGCTGATGGATTAGAAAACATGTCGCATGGCTTTGCACCCAAGAAGCCTAA
EST: GAAGAAATGTTACCTTCATCAAGCTGTGTTGACCATGGTGATATTTCAAG GGCTGATGGATTAGAAAACATGTCGCATGGCTTTGCACCCAAGAAGCCTAAEST: gi|60395181|gb|DN228050.1|DN228050
genomic: GAAGAAATGTTACCTTCATCAAGCTGTGTTGACCATGGTGATATTTCAAGgtaacattac ... ctttatgcagGGCTGATGGATTAGAAAACATGTCGCATGGCTTTGCACCCAAGAAGCCTAA
EST: GAAGAAATGTTACCTTCATCAAGCTGTGTTGACCATGGTGATATTTCAAG GGCTGATGGATTAGAAAACATGTCGCATGGCTTTGCACCCAAGAAGCCTAAEST: gi|50332291|gb|CO527417.1|CO527417
genomic: GAAGAAATGTTACCTTCATCAAGCTGTGTTGACCATGGTGATATTTCAAGgtaacattac ... ctttatgcagGGCTGATGGATTAGAAAACATGTCGCATGGCTTTGCACCCAAGAAGCCTAA
EST: GAAGAAATGTTACCTTCATCAAGCTGTGTTGACCATGGTGATATTTCAAG GGCTGATGGATTAGAAAACATGTCGCATGGCTTTGCACCCAAGAAGCCTAA
genomic: GAAGAAATGTTACCTTCATCAAGCTGTGTTGACCATGGTGATATTTCAAGgtaacattac ... ctttatgcagGGCTGATGGATTAGAAAACATGTCGCATGGCTTTGCACCCAAGAAGCCTAA
ctgtagaatgtatggtccttttattgccataacttgcaagttctactttatgcagGGCTGATGGATTAGAAAACATGTCGCATGGCTTTGCACCCAAGAAGCCTAAACAATCTGATTCTATTGCAGTGAAGGAGAAATTTATTCATGCCAAG
ccataac putative branch site (score: 167)
ttctacttt putative PPT
ttttatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaacattacaaaaggtcttacaaagtaactaacattacagatgctgtagaatgtatggtccttttattgccataacttgcaagttctactttatgcagGGCTGATGGATTAGAAAACATGTCGCATGGCTTTGCACCCAAGAAGCCTAAACAATCTGATTCTATTGCAGTGAAGGAGAAATTTATTCATGCCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA