Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atttggcctttttcttccactattctttgaaaaatacatgtagaaacacggaacaataataaatggtaacatgagaacctcactggttctatttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGATCGTGGGATAGCATTACATAAGATGATTAGACTTATCACAATGGGTTTAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G032628_T01
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G032628_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 16
lower sequence: LOC_Os02g32660.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
atttggcctttttcttccactattctttgaaaaatacatgtagaaacacg--------gaacaataataaatggtaacatgagaacctcactggttctatttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGATCGTGGGATAGCATTACATAAGATGATTAGACTTATCACAATGGGTTTAG
       ||||   ||  |  ||| ||   ||||| ||| || |  || |        |||   |||| |||  |  ||||||||||||||    | || |||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||  |||| |||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
------tctttgagtttta--attgttgagaaaatgcatatacatgcagGATATGTATGAATTTTAATGAATACTGGCATGAGAACCTCACATACTGTACTTATGCAGGATATGTATGATTTTATGGCTCTGGACAGACCGGCAACACCTAGCATTGATCGTGGAATAGCATTGCATAAAATGATTAGACTTATCACAATGGGGTTAG

upper sequence: GRMZM2G032628_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 16
lower sequence: GLYMA19G37750.2 (Glycine max), 3'ss of exon 16
--atttggcctttttcttccactattctttgaaaaatacatgtagaaacacggaacaataataaatggtaacatgagaacctcactggttctatttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGATCGTGGGATAGCATTACATAAGATGATTAGACTTATCACAATGGGTTTAG
   |       | |     ||||  | ||||    |||  ||||      | |      | |  |     |  | |  |     |||  |    |    |||||||||||||| ||||||||  | || ||||| || |||||||  || |||||||| ||||| || || || |||||||| ||||| || |||||  | |
ctgtcaaattatatgaggacacttatgtttgctttataagtgtattgctgcagtttgccatttgacatatattttactaatgttctg--ttggctgcgtcagGATATGTATGACTTCATGGCTTTAGACAGACCATCCACTCCTATTATAGATCGTGGTATAGCGTTGCACAAAATGATTAGGCTTATTACCATGGGCCTTG

upper sequence: GRMZM2G032628_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 16
lower sequence: AT5G03650.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 16
atttggcctttttcttccactattctttgaaaaatacatgtagaaacacggaacaataataaatggtaac-atgagaacctcactggttctatttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGATCGTGGGATAGCATTACATAAGATGATTAGACTTATCACAATGGGTTTAG
                       | |    | | || |    |    ||   | | | || | |   |   ||| || |     || |    ||    |||||||||||||||||||||||  | || ||||| |||||||||   || ||| | || ||||| || || || |||||||| ||||| || ||||| ||||
----------------------gtatagatagattagacaccgttttacattaaactcattattaaaagttatgtgagcggtgttgttcgggttc---cagGATATGTATGATTTCATGGCAGTAGACAGACCATCAACTCCTCTTATCGATAGAGGAATAGCTTTGCACAAAATGATTAGGCTTATAACTATGGGATTAG

upper sequence: GRMZM2G032628_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 16
lower sequence: Vv08s0007g03750.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 16
--atttggcctttttc--ttccactattctttgaaaaatacatgtagaaacacggaacaataataaatggtaacatgagaacctcactggttctatttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGATCGTGGGATAGCATTACATAAGATGATTAGACTTATCACAATGGGTTTAG
   |   |    || |  |     ||| ||   |||| | ||| |   |   |   | | |   | ||  |||  | | |   | |  |  | ||||| | |||||||||||||| ||||||||  | ||||| ||  |||||||| | || |||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| || ||||| ||||
tggtcaagatagttacagtgtgtttatgctaccaaaagtgcatatgacaggcctatatattttgacattttaatcttata---ttatggaatttattttt-cagGATATGTATGAATTCATGGCTTTGGATAGGCCAACAACTCCTGCTATAGATCGTGGAATAGCATTACACAAAATGATCAGACTTATTACCATGGGCTTAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31354152|gb|CD438509.1|CD438509
EST:     AGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTCGTTGGACAAG                         GATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
genomic: AGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAGgttaccctac ... atttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
EST: gi|67017922|gb|CO446671.1|CO446671
EST:     ATCAATCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAG                         GATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
genomic: ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAGgttaccctac ... atttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
EST: gi|6578060|gb|AW244197.1|AW244197
EST:     ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAG                         GATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
genomic: ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAGgttaccctac ... atttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
EST: gi|67042631|gb|CO468886.1|CO468886
EST:     ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAG                         GATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
genomic: ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAGgttaccctac ... atttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
EST: gi|31360518|gb|CD444875.1|CD444875
EST:     ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAG                         GATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCA-CTCCTACCATTGAT
genomic: ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAGgttaccctac ... atttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
EST: gi|67022063|gb|CO450812.1|CO450812
EST:     ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAG                         GATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
genomic: ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAGgttaccctac ... atttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
EST: gi|32838173|gb|CD977851.1|CD977851
EST:     ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAG                         GATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
genomic: ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAGgttaccctac ... atttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
EST: gi|67032923|gb|CO461672.1|CO461672
EST:     ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAG                         GATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCA-CTCCTACCATTGAT
genomic: ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAGgttaccctac ... atttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
EST: gi|31358648|gb|CD443005.1|CD443005
EST:     ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAG                         GATATGTATGATTTCATGGCCCTGGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
genomic: ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAGgttaccctac ... atttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
EST: gi|31361510|gb|CD445867.1|CD445867
EST:     ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAG                         GATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
genomic: ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAGgttaccctac ... atttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
EST: gi|67034885|gb|CO463418.1|CO463418
EST:     ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAG                         GATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCT-CAACTCCTACAATTGAT
genomic: ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAGgttaccctac ... atttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
EST: gi|67023243|gb|CO451992.1|CO451992
EST:     ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAG                         GATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
genomic: ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAGgttaccctac ... atttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
EST: gi|67018661|gb|CO447410.1|CO447410
EST:     ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAG                         GATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
genomic: ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAGgttaccctac ... atttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
EST: gi|91873181|gb|EB403138.1|EB403138
EST:     ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAG                         GATATGTATGATTTC
genomic: ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAGgttaccctac ... atttatgcagGATATGTATGATTTC
EST: gi|31357480|gb|CD441837.1|CD441837
EST:     ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAG                         GATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
genomic: ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAGgttaccctac ... atttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
EST: gi|31360077|gb|CD444434.1|CD444434
EST:     ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAG                         GATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTTAACTCCTACCATTGAT
genomic: ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAGgttaccctac ... atttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
EST: gi|67011365|gb|CO440114.1|CO440114
EST:     ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAG                         GATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
genomic: ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAGgttaccctac ... atttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
EST: gi|24765115|gb|CA400276.1|CA400276
EST:     ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAG                         GATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
genomic: ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAGgttaccctac ... atttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
EST: gi|67018905|gb|CO447654.1|CO447654
EST:     ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAG                         GATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
genomic: ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAGgttaccctac ... atttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
EST: gi|31362258|gb|CD446615.1|CD446615
EST:     TCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGAT-GACAAGG                         GATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGA
genomic: TCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAA-Ggttaccctac ... atttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGA
EST: gi|31355884|gb|CD440241.1|CD440241
EST:     ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAG                         GATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT
genomic: ATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAGgttaccctac ... atttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 46 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 119

GACAAATAGGAGGTGGTTAGAGAAGTGTGTAACTTATGCTGAAAGTCATGATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAGgttaccctac ... atttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGATCGTGGGATAGCATTACATAAGATGATTAGACTTATCACAATGGGTTTAG


Block sizes: 19 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 21

GACAAATAGGAGGTGGTTAGAGAAGTGTGTAACTTATGCTGAAAGTCATGATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAGgttaccctac ... atttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGATCGTGGGATAGCATTACATAAGATGATTAGACTTATCACAATGGGTTTAG


Block sizes: 27 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 19

GACAAATAGGAGGTGGTTAGAGAAGTGTGTAACTTATGCTGAAAGTCATGATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAGgttaccctac ... atttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGATCGTGGGATAGCATTACATAAGATGATTAGACTTATCACAATGGGTTTAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 429

GACAAATAGGAGGTGGTTAGAGAAGTGTGTAACTTATGCTGAAAGTCATGATCAAGCATTAGTCGGCGACAAGACTATTGCGTTTTGGTTGATGGACAAGgttaccctac ... atttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGATCGTGGGATAGCATTACATAAGATGATTAGACTTATCACAATGGGTTTAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acacggaacaataataaatggtaacatgagaacctcactggttctatttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGATCGTGGGATAGCATTACATAAGATGATTAGACTTATCACAATGGGTTTAG
                                         ttctattt  CT-rich tract
         aataataaatggtaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atttggcctttttcttccactattctttgaaaaatacatgtagaaacacggaacaataataaatggtaacatgagaacctcactggttctatttatgcagGATATGTATGATTTCATGGCCCTCGATAGACCTTCAACTCCTACCATTGATCGTGGGATAGCATTACATAAGATGATTAGACTTATCACAATGGGTTTAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
- - - - - - -cttccac
- - - - - - - - - - - - - - - - -atacatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaacacg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aacaata