Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtggcatgaatcagctctctccgtttttactcgaaccagcagttgcctgtctactgcctggtttggactttctgcatttgatgaaaaatgcagtaatattaatatggttgcttcatttttgtttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G005493_T01
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G005493_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 16
lower sequence: LOC_Os07g47290.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
gtgagtggcatgaatcagctctctccgtttttactcgaaccagcagttgcctgtctactgcctggtttggactttctgcatttgatgaaaaatgcagtaatattaatatggttgcttcatttttgtttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
                                            |||||  |   || |   | |  | ||  |  | ||  | || |  |||    || |||| ||   ||||     ||||  | ||     ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
-----------------------------------------gtgagttgaattaataatatgttgccttgatatatt-caggtaattatcaatatgatactattcatg-agttgtaatgttttgatatggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60337180|gb|DN204153.1|DN204153
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|29130773|gb|CB381477.1|CB381477
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|76286922|gb|DV026490.1|DV026490
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|211174464|gb|FL381682.1|FL381682
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|60344318|gb|DN211291.1|DN211291
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|32836432|gb|CD976110.1|CD976110
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|211379703|gb|FL400539.1|FL400539
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|32844741|gb|CD984422.1|CD984422
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|32845281|gb|CD984962.1|CD984962
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|213179445|gb|FM183428.1|FM183428
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|33097350|gb|CF057310.1|CF057310
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|32838372|gb|CD978050.1|CD978050
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|32845336|gb|CD985017.1|CD985017
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|37385849|gb|CF630089.1|CF630089
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|60346929|gb|DN213902.1|DN213902
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|32935034|gb|CF039846.1|CF039846
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|211459151|gb|FL411539.1|FL411539
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|32844417|gb|CD984098.1|CD984098
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|211214717|gb|FL394674.1|FL394674
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|60337495|gb|DN204468.1|DN204468
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|67037452|gb|CO464268.1|CO464268
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|32844874|gb|CD984555.1|CD984555
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|6012630|gb|AW062067.1|AW062067
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|32838758|gb|CD978439.1|CD978439
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|60353702|gb|DN220675.1|DN220675
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|110219847|gb|EC901745.1|EC901745
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|67010832|gb|CO439581.1|CO439581
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|32837235|gb|CD976913.1|CD976913
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
EST: gi|60347419|gb|DN214392.1|DN214392
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 482

GCTGGGACACGGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 516

GCTGGGACACGGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 508

GCTGGGACACGGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 768

GCTGGGACACGGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAACTGTGGTTAAGAATgtgagtggca ... ttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgatgaaaaatgcagtaatattaatatggttgcttcatttttgtttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT
                   tattaat  putative branch site (score: 768)
                                 cttcatttttgttt  putative PPT
      aaaaatgcagtaatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgagtggcatgaatcagctctctccgtttttactcgaaccagcagttgcctgtctactgcctggtttggactttctgcatttgatgaaaaatgcagtaatattaatatggttgcttcatttttgtttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG