Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcacaaattatttctgaaagtttgcaggtcatgagcaatgtcgcaagtatctatataacatgctaattttatttaacagCAATGCTTATGGCAACAAGTTAAATGGAACCATTCCTCGTTCGCTGCGGAAACTTGAAAGCATGACCTATTT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G809695_T02
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G809695_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 15
lower sequence: LOC_Os06g10230.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 15
gtaagcacaaattatttctgaaagtttgcaggtcatgagcaatgtcgcaagtatctatataacatgctaattttatttaacagCAATGCTTATGGCAACAAGTTAAATGGAACCATTCCTCGTTCGCTGCGGAAACTTGAAAGCATGACCTATTT
|||||||  | ||| || | |  |||     |  |    |||| ||  | | || ||| |||  ||   ||||| |||| ||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| |||  |||  |||||||| |||||||| |||||
gtaagcatgatttaattataattgttatggtggaacttacaatttcagatgcatgtatctaatgtg--gattttcttta-cagCAATGCTTATGGCAACAGATTAAATGGGACCATTCCTCCTTCATTGCATAAACTTGAGAGCATGACTTATTT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211377235|gb|FL413744.1|FL413744
EST:     GAAGGACCAATTCCTGACAACCTAAGTTCATGTGNGAATCTCAATAGCTT                         CAATGCTTATGGCAACAAG
genomic: GAAGGACCAATTCCTGACAACCTAAGTTCATGTGTGAATCTCAATAGCTTgtaagcacaa ... tatttaacagCAATGCTTATGGCAACAAG
EST: gi|31405872|gb|CD484604.1|CD484604
EST:     GAAGGACCAATTCCTGACAACCTAAGTTCATGTGTGAATCTCAATAGCTT                         CAATGCTTATGGCAACAAGTTAAATGGAACCATTCCTCGTTCGCTGCGGAA
genomic: GAAGGACCAATTCCTGACAACCTAAGTTCATGTGTGAATCTCAATAGCTTgtaagcacaa ... tatttaacagCAATGCTTATGGCAACAAGTTAAATGGAACCATTCCTCGTTCGCTGCGGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caggtcatgagcaatgtcgcaagtatctatataacatgctaattttatttaacagCAATGCTTATGGCAACAAGTTAAATGGAACCATTCCTCGTTCGCTGCGGAAACTTGAAAGCATGACCTATTT
                                    tgctaat  putative branch site (score: 2)
                                          ttttattt  CT-rich tract
                       tatctatataacatgc  TA-rich tract