Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtacggtatgatgttgttagcctccatgccactcctgagctcaaatactctactatatcatttgacaatggaattggttcttttttctgtggatggccagATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGAAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G460078_T01
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G460078_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 15
lower sequence: LOC_Os01g55590.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 15
gtacggtatgatgttgttagcctccatgccactcctgagctcaaatactctact---atatcatttgacaatggaattggttcttttttctgtggatggccagATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGAAAG
 ||   | || |  | ||| |    |   |    ||    ||  || |   |||   || |  ||   |  |||| ||  |||||||| || || |||   ||||||| || ||  | ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
-tatcctttgcttatattaacacgtacagcttagcttttatctgatcccgaactgaaatctttttccccgctggagttaattcttttt-ctatgcatgat-agATTCCTACGAGGTTGTACTTATGGGATTCGCTTCCTCGGAATGCCATGGGAAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6601765|gb|AW256206.1|AW256206
EST:     CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgctatt ... ggatggccagATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|5847518|gb|AW000597.1|AW000597
EST:     CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgctatt ... ggatggccagATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|87153333|gb|DY398122.1|DY398122
EST:     CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCAACAAGACTATACTTGTTGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgctatt ... ggatggccagATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|32945399|gb|CF050218.1|CF050218
EST:     CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgctatt ... ggatggccagATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|32867326|gb|CF007008.1|CF007008
EST:     CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgctatt ... ggatggccagATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|32940106|gb|CF044925.1|CF044925
EST:     CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgctatt ... ggatggccagATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|37385309|gb|CF629791.1|CF629791
EST:     CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgctatt ... ggatggccagATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|17921701|gb|BM259352.1|BM259352
EST:     CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCAACAAGACTATACTTGTTGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgctatt ... ggatggccagATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|37377992|gb|CF625646.1|CF625646
EST:     CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgctatt ... ggatggccagATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|37392249|gb|CF633373.1|CF633373
EST:     CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgctatt ... ggatggccagATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|18177865|gb|BM379075.1|BM379075
EST:     CCTTGGAAGCATTACCAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCACCAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGAAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgctatt ... ggatggccagATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|91049610|gb|EB160028.1|EB160028
EST:     AGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: AGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgctatt ... ggatggccagATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|93012881|gb|EB638401.1|EB638401
EST:     CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTTTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgctatt ... ggatggccagATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|166542217|gb|EG257978.1|EG257978
EST:     CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCAACAAGACTATAC
genomic: CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgctatt ... ggatggccagATTCCAACAAGACTATAC
EST: gi|211208064|gb|FL437175.1|FL437175
EST:     CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgctatt ... ggatggccagATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|17970088|gb|BM276854.1|BM276854
EST:     CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCAACAAGACTATACTTGTTGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgctatt ... ggatggccagATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
EST: gi|71533933|gb|DR784692.1|DR784692
EST:     CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAG                         ATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA
genomic: CCTTGGAAGCATTAACAAGTTGGTCGAAAGATAAGCTTGCTCCATACAAGgtttgctatt ... ggatggccagATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tactctactatatcatttgacaatggaattggttcttttttctgtggatggccagATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGAAAG
              atttgac  putative branch site (score: 4)
                                ttcttttttctgtg  putative PPT
        tatatcattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtacggtatgatgttgttagcctccatgccactcctgagctcaaatactctactatatcatttgacaatggaattggttcttttttctgtggatggccagATTCCAACAAGACTATACTTGTGGGATTCTCTTCCTCGGAATGCCATGGGAAAG

- - - - - -tgttgtt
- - - - - - - - - - - tccatgc
- - - - - - - - - - - - - - - -ctcctga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcatttg