1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
gtatgatgatctcttagtgtttgcatgccaatttttgcaaacagtaaagatggggatgtttctatatatgtttgctgatatgtcatgaatgatattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCATCAGAACTGCATTGGTGGATGCTGCTAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G416120_T01 |
intron # | 15 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAATACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCAEST: gi|149073907|gb|EE162235.2|EE162235
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCAEST: gi|19770412|gb|BQ035133.1|BQ035133
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: GTTATGATGCTGCTAAAG ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCAEST: gi|31349659|gb|CD434016.1|CD434016
genomic: GTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAATACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCCGCTAA-GGTCEST: gi|32914117|gb|CF018929.1|CF018929
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCC-GCTAAAGGTC
EST: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAATACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCAEST: gi|166433143|gb|EG319961.1|EG319961
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: AAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAAG ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCEST: gi|91875568|gb|EB405525.1|EB405525
genomic: AAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCT-AAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTC
EST: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCAEST: gi|60337000|gb|DN203973.1|DN203973
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCAEST: gi|60353910|gb|DN220883.1|DN220883
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCAEST: gi|24764192|gb|CA399359.1|CA399359
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAATACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCAEST: gi|78078493|gb|DV506906.1|DV506906
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGEST: gi|67023389|gb|CO452138.1|CO452138
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGG
EST: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAATACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCAEST: gi|60347399|gb|DN214372.1|DN214372
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCAEST: gi|149077208|gb|EE165874.2|EE165874
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCAEST: gi|32858330|gb|CD998011.1|CD998011
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAATACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCAEST: gi|37374359|gb|CF623530.1|CF623530
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAATACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCAEST: gi|60397601|gb|DN230417.1|DN230417
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCAEST: gi|166508610|gb|EG293670.1|EG293670
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: AAGTCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCEST: gi|4874396|gb|AI673916.1|AI673916
genomic: AAG-CTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTC
EST: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAATACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCAEST: gi|30088021|gb|CB886226.1|CB886226
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCAEST: gi|21432198|gb|BQ547688.1|BQ547688
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAATACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCAEST: gi|28982390|gb|BQ538103.2|BQ538103
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCAEST: gi|32857688|gb|CD997369.1|CD997369
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAATACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCAEST: gi|30088022|gb|CB886227.1|CB886227
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
agatggggatgtttctatatatgtttgctgatatgtcatgaatgatattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCATCAGAACTGCATTGGTGGATGCTGCTAG
tgctgat putative branch site (score: 116)
tttctatatatgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgatgatctcttagtgtttgcatgccaatttttgcaaacagtaaagatggggatgtttctatatatgtttgctgatatgtcatgaatgatattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCATCAGAACTGCATTGGTGGATGCTGCTAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT