1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
gtaatttctttcactgcagtttggaatttttttgtatcaatcaagtgtaaaacattgcggtcatttctttacatacctgacgttgctgtataactcaatagattccctttccccctagtcccctaccactatgattcttaaaaatatgtcccttcgatgcagCTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAAAATCTTTGGTGGGCTTTCCTGTATAACATT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G315931_T01 |
intron # | 15 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAG CTTCTCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAAEST: gi|60395664|gb|DN228534.1|DN228534
genomic: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAGgtaatttctt ... ttcgatgcagCTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAA
EST: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAG CTTCTCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAAEST: gi|33094915|gb|CF054909.1|CF054909
genomic: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAGgtaatttctt ... ttcgatgcagCTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAA
EST: ACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAG CTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAAEST: gi|78104271|gb|DV522689.1|DV522689
genomic: ACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAGgtaatttctt ... ttcgatgcagCTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAA
EST: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAG CTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAAEST: gi|211347510|gb|FL460342.1|FL460342
genomic: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAGgtaatttctt ... ttcgatgcagCTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAA
EST: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAG CTTCTCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAAEST: gi|67017000|gb|CO445749.1|CO445749
genomic: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAGgtaatttctt ... ttcgatgcagCTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAA
EST: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAG CTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAAEST: gi|50324563|gb|CO519689.1|CO519689
genomic: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAGgtaatttctt ... ttcgatgcagCTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAA
EST: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAG CTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAAEST: gi|86471147|gb|DY237517.1|DY237517
genomic: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAGgtaatttctt ... ttcgatgcagCTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAA
EST: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTATTTATGGGCAACAGGTTATCCCAG CTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAAEST: gi|50324564|gb|CO519690.1|CO519690
genomic: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAGgtaatttctt ... ttcgatgcagCTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAA
EST: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAG CTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAAEST: gi|13249696|gb|BG360601.1|BG360601
genomic: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAGgtaatttctt ... ttcgatgcagCTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAA
EST: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAG CTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGTCCATGAAGACGGTGAAGCAAEST: gi|60397501|gb|DN230317.1|DN230317
genomic: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAGgtaatttctt ... ttcgatgcagCTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAA
EST: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAG CTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAAEST: gi|211347512|gb|FL460344.1|FL460344
genomic: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAGgtaatttctt ... ttcgatgcagCTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAA
EST: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAG ATTCTCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAAEST: gi|12968157|gb|BG265104.1|BG265104
genomic: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAGgtaatttctt ... ttcgatgcagCTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAA
EST: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAG CTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAAEST: gi|12968156|gb|BG265103.1|BG265103
genomic: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAGgtaatttctt ... ttcgatgcagCTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAA
EST: AGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACCAGGTTATCCCAG CTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAAEST: gi|89247265|gb|DY619051.1|DY619051
genomic: AGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAA-CAGGTTATCCCAGgtaatttctt ... ttcgatgcagCTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAA
EST: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTATTTATGGGCAACAGGTTATCCCAG CTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAAEST: gi|211170365|gb|FL103274.1|FL103274
genomic: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAGgtaatttctt ... ttcgatgcagCTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAA
EST: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAG CTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAAEST: gi|211347511|gb|FL460343.1|FL460343
genomic: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAGgtaatttctt ... ttcgatgcagCTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAA
EST: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAG CTTCTCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAAEST: gi|211170368|gb|FL103277.1|FL103277
genomic: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAGgtaatttctt ... ttcgatgcagCTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAA
EST: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAG CTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAAEST: gi|110518276|gb|EE022863.1|EE022863
genomic: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAGgtaatttctt ... ttcgatgcagCTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAA
EST: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAG CTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAA
genomic: CAGCTAGTGATGTATCTTCAGTTGTACTTATGGGCAACAGGTTATCCCAGgtaatttctt ... ttcgatgcagCTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAA
tttccccctagtcccctaccactatgattcttaaaaatatgtcccttcgatgcagCTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAAAATCTTTGGTGGGCTTTCCTGTATAACATT
tgtcccttc CT-rich tract
tatgattcttaaaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaatttctttcactgcagtttggaatttttttgtatcaatcaagtgtaaaacattgcggtcatttctttacatacctgacgttgctgtataactcaatagattccctttccccctagtcccctaccactatgattcttaaaaatatgtcccttcgatgcagCTTATCGATGCTTTAGAGTTGAGTAAAGAGACCATGAAGACGGTGAAGCAAAATCTTTGGTGGGCTTTCCTGTATAACATT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG